Theo quyết định, thời kỳ thanh tra 2 dự án Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức, Bạch Mai cơ sở 2 từ ngày 1/1/2014 đến ngày 31/12/2024; khi cần thiết có thể xem xét trước hoặc sau thời kỳ nêu trên.
Thời hạn thanh tra là 40 ngày làm việc (không kể Chủ nhật, ngày nghỉ lễ, tết) kể từ ngày công bố quyết định thanh tra.
Phó Tổng Thanh tra Chính phủ Nguyễn Văn Cường, chủ trì buổi công bố cho biết, đây là cuộc thanh tra có tính chất đặc biệt quan trọng, yêu cầu cao về công việc và cấp bách về tiến độ. Mục đích của cuộc thanh tra là đánh giá việc chấp hành pháp luật trong triển khai thực hiện 2 dự án; phát hiện những hạn chế, khuyết điểm, vi phạm (nếu có); xác định rõ trách nhiệm của tập thể, cá nhân có liên quan; phát hiện những bất cập, sơ hở của pháp luật; qua đó có biện pháp chấn chỉnh, xử lý và đề xuất hoàn thiện cơ chế, chính sách.
Với tính chất quan trọng của cuộc thanh tra, Phó Tổng Thanh tra Nguyễn Văn Cường yêu cầu Bộ Y tế, chủ đầu tư 2 dự án (Ban quản lý Dự án trọng điểm Bộ Y tế) và các tổ chức, cá nhân có liên quan chỉ có thể cung cấp hồ sơ tài liệu sớm hơn theo yêu cầu của đoàn thanh tra, không được muộn. Ngay từ thời điểm này, cần chủ động tập hợp, sắp xếp khoa học, có danh mục cụ thể toàn bộ hồ sơ tài liệu, sẵn sàng cung cấp cho đoàn thanh tra ngay khi có yêu cầu. Ngoài các hồ sơ tài liệu đoàn yêu cầu, cần chủ động cung cấp thêm các hồ sơ, tài liệu cần thiết để giúp làm sáng tỏ vấn đề, nội dung được thanh tra.
Về làm việc với đoàn, cần phối hợp chặt chẽ với đoàn thanh tra, đặc biệt cần phân công bố trí người biết rõ việc. Trong quá trình làm việc, cần nêu cao tính trách nhiệm, tính chủ động.
Phó Tổng Thanh tra Nguyễn Văn Cường cũng đưa ra yêu cầu nghiêm ngặt đối với đoàn thanh tra, theo đó, phải nghiêm túc chấp hành các quy định của pháp luật, quy định của Tổng Thanh tra Chính phủ khi tiến hành hoạt động thanh tra trực tiếp. Trưởng đoàn thanh tra phổ biến kế hoạch tiến hành thanh tra và phân công cho các thành viên rõ người, rõ việc, rõ yêu cầu; xác định chính xác trọng tâm, trọng điểm các nội dung kiểm tra xác minh. Thành viên đoàn thanh tra chấp hành nghiêm sự phân công của trưởng đoàn, phát huy tinh thần trách nhiệm, tính chủ động trong thực hiện nhiệm vụ; phương pháp làm việc phải khoa học, đặc biệt phải đúng pháp luật, làm đâu gọn đấy, đảm bảo kết quả, hạn chế ảnh hưởng đến hoạt động bình thường của đối tượng thanh tra.
Các nội dung phát hiện được qua thanh tra phải được báo cáo đầy đủ, chính xác, khách quan, có căn cứ pháp luật và kèm theo đủ tài liệu chứng minh. Trong quá trình thanh tra, nếu có các vấn đề phát sinh phải kịp thời báo cáo trưởng đoàn.
Từ cuối năm 2014, cơ sở 2 của Bệnh viện Bạch Mai và Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức được khởi công xây dựng tại thành phố Phủ Lý, tỉnh Hà Nam với kỳ vọng đây sẽ là hai bệnh viện hiện đại lớn nhất từ trước đến nay. Sau 4 năm xây dựng, tháng 10/2018, khu khám bệnh của cả 2 cơ sở này được khánh thành. Tuy nhiên, chỉ có khu khám bệnh của Bệnh viện Bạch Mai cơ sở 2 được đưa vào sử dụng từ tháng 3/2019 đến tháng 3/2020, rồi thông báo tạm thời dừng hoạt động. Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức cơ sở 2 chỉ tạm dừng ở cắt băng khánh thành, chưa tiếp nhận bệnh nhân. Đây là 2 dự án điển hình về tình trạng lãng phí gây bức xúc trong dư luận.
Thanh tra Chính phủ chỉ ra nhiều vi phạm trong quản lý về thủy lợi, đê điều và phòng chống thiên tai 
Thanh tra Chính phủ đề nghị Bộ Y tế thực hiện kiểm điểm trách nhiệm lãnh đạo, người đứng đầu 
