Theo cơ quan chức năng, linh mục Nguyễn Hồng Lĩnh được bổ nhiệm làm quản nhiệm chuẩn giáo xứ Đông Sơn, thị xã Kỳ Anh, Hà Tĩnh vào tháng 12/2018. Từ đó đến nay, linh mục Nguyễn Hồng Lĩnh đã có những hành vi gây mất an ninh, trật tự tại địa phương như kích động giáo dân biểu tình, gây rối sau vụ Công ty Formosa xả thải gây ô nhiễm môi trường biển; lấn chiếm, cơi nới các công trình trái phép; viết bài sai trái trên mạng xã hội và còn “khoe” nhận được tài trợ từ các tổ chức phản động bên ngoài. Trong thời gian lực lượng Công an tập trung làm căn cước công dân cho người dân thì tháng 3/2021, Nguyễn Hồng Lĩnh lại lên mạng kêu gọi giáo dân tẩy chay, không đi làm căn cước. Đây là hành động vi phạm pháp luật, cản trở quyền công dân theo Hiến định.
Trong khi đó, dù bận nhiều công việc tại Giáo phận Vinh nhưng Giáo sư, linh mục Nguyễn Vĩnh Tâm và nhiều linh mục khác vẫn dành thời gian, vượt hơn 100km về xã Điền Mỹ, huyện Hương Khê (Hà Tĩnh) để làm căn cước. Tại các xã, phường, thị trấn, các giáo dân cũng tích cực đi làm căn cước công dân, đảm bảo đúng quy định và thời hạn mà chính quyền địa phương đề ra.
Là một người quản xứ nhưng linh mục Nguyễn Hồng Lĩnh lại phủ nhận những kết quả mà các cấp, chính quyền địa phương tiến hành trong thời gian qua. Cùng với cả nước, tỉnh Hà Tĩnh ra sức phòng, chống dịch bệnh COVID-19, nhất là khi tại địa phương xuất hiện nhiều ca nhiễm phức tạp đòi hỏi mọi tổ chức, cá nhân đều phải nêu cao tinh thần trách nhiệm phòng, chống dịch, ngăn chặn sự lây lan trong cộng đồng.
Tuy nhiên, linh mục Lĩnh vẫn theo đuổi việc kích động người dân tụ tập đông người, tham gia khiếu kiện nhằm gây rối theo chỉ đạo của số đối tượng chống đối ngoài nước như Nancy Bùi, Nguyễn Văn Hùng…, tán phát các video, nội dung sai sự thật, xuyên tạc tình hình trong nước. Ngày 27/8/2021, ông ta kích động tụ tập hàng chục giáo dân, bất chấp quy định phòng, chống dịch tại nhà máy nước ở xã Kỳ Lợi, thị xã Kỳ Anh.
Theo phản ánh của nhân dân và chính quyền xã Kỳ Khang, huyện Kỳ Anh, từ tháng 3, tháng 4/2021, linh mục Phạm Thế Hưng (quản xứ Dũ Thành, xã Kỳ Khang) đã chỉ đạo Ban hành giáo xứ Dũ Thành kích động hàng chục giáo dân tổ chức đào đất, lấn chiếm đất, xây dựng công trình trái phép tại khu vực Cồn Soi, xã Kỳ Khang với diện tích 1.890m2 khi chưa được các cơ quan chức năng cho phép. Với thái độ thiếu hợp tác, linh mục Hưng đã nhiều lần kêu gọi, ép giáo dân ra khu vực đất nói trên để tiến hành xây dựng công trình.
Mặc dù chính quyền, MTTQ huyện Kỳ Anh và UBND xã Kỳ Khang đã nhiều lần làm việc, đối thoại và yêu cầu chấp hành nghiêm các quy định Luật Đất đai nhưng linh mục này vẫn bất chấp, thiếu hợp tác với chính quyền. Theo biên bản ghi nhận tại hiện trường, nhiều giáo dân đã sử dụng cát sỏi, xây kè tại khu vực đất lấn chiếm. UBND xã Kỳ Khang cũng đã làm việc với đại diện giáo xứ là ông Nguyễn Công Bính và đề nghị giáo xứ, giáo dân chấp hành nghiêm các quy định pháp luật về đất đai, không được phép thực hiện các hành vi lấn chiếm trên phần diện tích chưa được cơ quan chức năng cấp phép. Mặc dù là linh mục mới về mục vụ nhưng Phạm Thế Hưng tỏ thái độ thiếu hợp tác với chính quyền địa phương, nhất là giải quyết các vấn đề liên quan đến đất đai trên địa bàn huyện.
Hồi tháng 6/2021, để phòng, chống COVID-19, UBND tỉnh Hà Tĩnh có văn bản quy định dừng tổ chức các nghi lễ tôn giáo, hoạt động tập trung đông người. Cùng với đó, Tòa giám mục Giáo phận Hà Tĩnh cũng đã có nhiều thông báo tạm hoãn các buổi thánh lễ và sinh hoạt chưa thực sự cần thiết. Thế nhưng, linh mục Phạm Thế Hưng vẫn ngang nhiên tổ chức hành lễ với hàng trăm người tham gia. Không những tập trung đông người mà tại nhà thờ nơi hành lễ không hề thực hiện các biện pháp phòng dịch như giữ khoảng cách, nhiều bà con giáo dân đến nhà thờ không đeo khẩu trang y tế phòng dịch.
Khi chính quyền xã Kỳ Khang và lực lượng chức năng ở Hà Tĩnh đến làm việc thì linh mục Phạm Thế Hưng đã không hợp tác, không chịu ký vào biên bản làm việc. Hành vi của linh mục Phạm Thế Hưng là hết sức nguy hiểm, tiềm ẩn nguy cơ lây lan dịch bệnh COVID-19 trên địa bàn, đi ngược lại chỉ đạo của Chính phủ, các cấp chính quyền tỉnh Hà Tĩnh và của Tòa Giám mục Giáo phận Hà Tĩnh.
Cũng thời gian đó, linh mục Bùi Khiêm Cường, Quản xứ Kẻ Đọng, xã Sơn Tiến, huyện Hương Sơn cũng tổ chức thánh lễ kết thúc tháng dâng hoa trong khuôn viên nhà thờ Giáo xứ Kẻ Đọng với rất đông người tham dự mà không đeo khẩu trang, không giữ đúng khoảng cách, gây nguy cơ lây lan dịch bệnh COVID-19.
Mặc dù chính quyền địa phương đã nhắc nhở và người dân lên án hành vi coi thường dịch bệnh nhưng tối 1/6/2021, linh mục Bùi Khiêm Cường lại tiếp tục tổ chức ngày hội thiếu nhi và khánh thành thư viện sách thiếu nhi với rất đông người tham gia, bất chấp các quy định về phòng, chống dịch COVID-19. UBND huyện Hương Sơn đã ra quyết định xử phạt hành chính 7,5 triệu đồng với linh mục Bùi Khiêm Cường về hành vi không thực hiện các biện pháp phòng, chống dịch bệnh truyền nhiễm.
Trước đó, chính quyền các địa phương ở huyện Đức Thọ, Hương Khê, Can Lộc, Thạch Hà (Hà Tĩnh) cũng đã xử lý vi phạm, xử phạt hành chính đối với 7 linh mục, 1 linh mục bị nhắc nhở về hành vi tổ chức hành lễ với sự tham gia của đông giáo dân, bất chấp các quy định về phòng, chống dịch COVID -19.
Thời gian gần đây, trên các trang mạng của tổ chức khủng bố Việt Tân và nhiều trang mạng thù địch phát tán những bài viết, hình ảnh, clip xuyên tạc, cho rằng chính quyền chưa có sự hỗ trợ kịp thời cho người dân, việc chưa triển khai tiêm chủng vaccine rộng rãi bằng nguồn vốn từ Quỹ vaccine là “để tiền gửi ngân hàng lấy lãi”, vu là người dân sẽ không được tiếp cận, sử dụng theo đúng mục đích của Quỹ mà phải bỏ tiền mua, tự cứu lấy mình! Chúng còn phát động “chiến dịch vận động cho người dân trong nước”, yêu cầu viết thư kiến nghị tới các cấp chính quyền để đòi hỗ trợ khẩn cấp, chỉ đạo các đối tượng đồng loạt thay đổi ảnh đại diện Facebook cá nhân với khẩu hiệu “dân cần vaccine và bánh mì” để tăng cường kích động tư tưởng chống đối chính quyền.
Các thành viên của Việt Tân xuyên tạc việc giãn cách xã hội để phòng, chống sự lây lan dịch bệnh tại TP Hồ Chí Minh, vu cáo việc thực hiện siết chặt giãn cách là “biện pháp sai lầm, phi khoa học, sẽ là thảm họa”; không thể coi “chống dịch như chống giặc”, cho rằng virus vô hình lan truyền trong không khí, việc chốt chặt, lập hàng rào thép gai, cách ly y tế… không ngăn chặn được virus mà “để tra tấn dân”, từ đó vu cáo cách làm này “chỉ làm dịch lan rộng, dân chưa chết vì dịch bệnh thì đã chết vì đói”…
Với các luận điệu sai trái như trên, lẽ ra linh mục với vị trí là chức sắc tôn giáo phải đề cao cảnh giác, khuyến cáo bà con tín đồ cảnh giác, không nghe theo thì một số người lại có hành vi ngược lại, tìm cách cổ suý, chia sẻ các bài viết, hình ảnh sai trái. Một số linh mục còn viết bài, rao giảng với nội dung sai sự thật, gây bất ổn trong cộng đồng và bị chính những linh mục khác cùng giáo dân trên địa bàn lên án.
Đảm bảo quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo, ngăn chặn hành vi lợi dụng phạm pháp 
Phát huy vai trò các chức sắc tôn giáo trong công tác phòng, chống dịch 
Các cơ sở tôn giáo tích cực tham gia phòng, chống dịch COVID-19 
