Vào thời Lê, Mạc phân tranh, năm 1539, vua thứ hai của nhà Mạc là Mạc Đăng Doanh phong cho danh tướng Lê Bá Ly tước Khiêm quận công. Bá Ly nguyên quán xã Cổ Phạm, hạt Đông Sơn (nay là xã Thiệu Khánh, thành phố Thanh Hóa) sau chuyển đến ở tại làng Thịnh Liệt, huyện Thanh Trì (nay là quận Hoàng Mai, Hà Nội).
Ông nổi tiếng là người tài dũng, khi làm quan thời Vua Lê Chiêu Tông đã được phong tước Mai Xuyên bá, là bạn thân cũ của Mạc Đăng Dung. Khi Mạc Đăng Dung giết Vua Lê Chiêu Tông, tiếm ngôi của Lê Cung Hoàng, cho Bá Ly giữ vệ Kim Ngô, tiến phong tước hầu, lại gả em gái là Lương Thượng Công chúa cho. Đến thời Mạc Đăng Doanh càng thêm tín nhiệm Bá Ly, thăng cho chức Đông quân đô đốc, tước quận công.
Sau khi Mạc Đăng Doanh chết, con là Phúc Hải lên kế vị. Được 7 năm, Mạc Phúc Hải chết, họ Mạc đưa Mạc Phúc Nguyên lên làm vua. Phạm Tử Nghi muốn dựng vua lớn tuổi là Mạc Chính Trung (con Mạc Đăng Dung), nhưng Khiêm vương của nhà Mạc là Mạc Kính Điển, em thứ ba của Mạc Đăng Doanh đã hợp binh đánh Tử Nghi, hẹn với Phụng quốc công Lê Bá Ly giúp sức. Bá Ly liền sai Phổ quận công Khắc Thận truyền hịch cho Quảng quận công Nguyễn Khải Khang, và Phú quận công Mạc hữu mệnh ở phương Tây; Khổng toàn hầu và Khan phụ hầu ở phương Bắc, hợp các đạo quân đánh phá tàn quân của Mạc Chính Trung ở Ngự Thiên.
“Đại Việt sử ký toàn thư”, phần “Bản kỷ tục biên” do các sử thần thời Lê mạt viết ngắn gọn về câu chuyện của Lê Bá Ly như sau: “Năm Canh Tuất, (1550), Mạc Phúc Nguyên nghe lời gièm pha của cha con Phạm Quỳnh, Phạm Dao, cho nên tướng Nam đạo, Thái tể Phụng quốc công Lê Bá Ly và con là Phổ quận công Lê Khắc Thận; văn thần là Lại bộ thượng thư Ngự sử đài Đô ngự sử, Đông các đại học sĩ nhập thị kinh diên Thư quận công Nguyễn Thiến và con là Nguyễn Quyện, Nguyễn Phủ, mỗi người đem hơn trăm quân bản bộ đi đêm trốn vào cửa ải Thanh Hóa xin hàng. Vua cho hàng. Bọn họ đến cửa khuyết lạy chào. Vua cả mừng, ban thưởng và uý lạo cho. Từ đó, hào kiệt các nơi kéo đến hưởng ứng như mây trời quần tụ, ai cũng vui lòng”.
Sách “Đại Việt thông sử” của Lê Quý Đôn thì kể về câu chuyện của vị lão tướng này chi tiết hơn, cho biết, câu chuyện bắt đầu từ năm 1548, khi Vua Mạc Phúc Nguyên phong Phạm Quỳnh tước Vinh quận công, phong con trai Quỳnh là Phạm Dao tước Phú Xuyên hầu. Phạm Quỳnh nguyên quán ở làng Đặng Xá, huyện Thanh Lâm (Nam Sách, Hải Dương ngày nay), đến ngụ cư tại thôn Bùi Tây, xã Thịnh Liệt, cùng xã với Lê Bá Ly, do cảnh nghèo nên làm nghề bán trà. Khi Mạc Kính Điển lên 2 tuổi, thường đau ốm quặt quẹo, muốn tìm người vú nuôi, Lê Bá Ly bèn sai vợ Phạm Quỳnh vào cung làm vú sữa nuôi Kính Điển. Đến khi Kính Điển được giữ chính quyền, nghĩ tới nghĩa nuôi dưỡng của vợ Phạm Quỳnh, cho nên trọng dụng cả hai cha con Phạm Quỳnh bằng cách cho Phạm Quỳnh giữ quyền tiết chế Đông đạo; cho Phạm Dao trấn thủ xứ Sơn Nam, rồi thăng đến tước Văn quận công.
Năm 1549, Phúc Nguyên thăng tước Nam đạo Phụng quốc công Lê Bá Ly lên chức Thái tể. Bá Ly là một vị lão tướng trọng thần, chuyên giữ binh quyền, tham dự triều chính ai cũng tôn phục. Sau khi đánh phá Phạm Tử Nghi, uy danh càng thêm lừng lẫy. Con trai là Phổ quận công Khắc Thận, lấy trưởng công chúa Cẩm Hương, lại giữ quyền Tiết chế Lộ Sơn Nam và giữ việc trong phủ; con rể là Văn phái hầu Nguyễn Quyện giữ vệ Cẩm y; con trai thứ là Thuần Lương hầu cũng quản đốc đội cấm binh; nhân gia là Thư quận công Nguyễn Thiến, chức Thượng thư bộ Lại, Đổng Giang hầu Bùi Trụ chức Tán lý quân vụ. Do đó, bao nhiêu hùng binh các trấn, đều nắm trong tay, bao nhiêu bầy tôi văn võ, đều từ cửa tướng phủ của ông mà ra. Lúc này, cha con Phạm Quỳnh, và Phạm Dao, nguyên trước xuất thân trong hàng đầy tớ nhà Bá Ly, bây giờ lại được hiển đạt, lại đem lòng oán ghen, muốn tính sự hãm hại Bá Ly.
Năm 1551, con trai Lê Bá Ly là Khắc Thận trấn thủ xứ Sơn Nam, đóng đồn ở Văn Sàng. Thận đang tuổi thanh niên, chỉ ham chơi bời ca hát, ít khi làm việc, lại cất nhà cửa lộng lẫy, sắm kiệu son, lộng vàng. Phạm Quỳnh và Phạm Dao thấy vậy bèn gièm pha với Mạc Kính Điển, bảo Khắc Thận có mưu phản nghịch. Mạc Kính Điển ngạc nhiên nói rằng: "Quốc gia trông cậy vào Tướng phụ (Bá Ly) như quả núi cao, các ông không nên nói những lời như vậy!". Phạm Quỳnh, Phạm Dao lại đem ý trên gièm pha với Phúc Nguyên. Ngày 12 tháng 2, Phạm Quỳnh, Phạm Dao tự ý sai quân vây Bá Ly ở trại Giang Mai vào lúc nửa đêm, lại ngờ là Đô ngự sử Nguyễn Thiến đồng mưu, nên cũng sai quân bắt úp.
Nhưng lúc ấy Thiến đang đi dự họp, Bá Ly thì ở trong trại quân, cho nên quân họ Phạm không bắt được. Đến lúc gà gáy sáng, người đầy tớ nhà Lê Bá Ly ra ngoài, thấy có quân vây vội trở vào báo. Bá Ly bèn thu thập người nhà và quân sĩ, đóng cửa cố thủ, gọi con em đến cứu viện. Một lát sau, Vạn An hầu, Văn Phái hầu và Tả Vệ hầu, mỗi người mang 3.000 cấm binh tới hộ vệ, giao chiến ác liệt với quân Quỳnh, Dao. Quỳnh, Dao thua chạy, Vạn An hầu bèn đem quân đón Bá Ly về đóng tại Thịnh Liệt, rồi Khắc Thận cũng từ đồng Văn Sàng tới hội quân.
Lê Bá Ly cùng các bộ thuộc bèn dẫn quân chiếm giữ cửa quan Chu Tước, khiến kinh thành Thăng Long cực kỳ náo loạn. Mạc Phúc Nguyên thấy thế bức bách, hoảng sợ, bỏ thành chạy qua sông, di cư đến Bồ Đề, rồi sai sứ thần dụ Bá Ly bãi binh. Bá Ly không nghe, bảo phải bắt cha con Quỳnh, Dao, giải đến đây sẽ bãi binh. Mạc Phúc Nguyên bèn sai các tướng ở Sơn Tây hợp binh tiến đánh Bá Ly. Bá Ly chia quân chống cự, cố thủ, rồi sai tướng dưới trướng là Văn Tế bá đem thư cầu Thụy quốc công Nguyễn Khải Khang cứu viện. Thụy quốc công nhận lời, liền sai gia thần Đông Khang hầu dẫn quân giúp Bá Ly. Có cứu viện, Bá Ly tiến đánh Phúc Nguyên, quân Phúc Nguyên thua chạy.
Lê Bá Ly tiến quân đến Cấu Hà, lạy vọng sang vua Mạc nói rằng: "Cha con hạ thần thực không dám mưu tính sự gì, chẳng qua chỉ vì kẻ gian thần bức bách, ghép hạ thần là phản nghịch, chúng định hãm hại, cho nên hạ thần phải dùng binh tự vệ. Xin bệ hạ bắt cha con Quỳnh, Dao, giải đến để úy dụ ba quân, hạ thần xin bãi binh ngay". Nhưng Mạc Phúc Nguyên không nghe lời, dẫn quân đi về phương Đông. Thấy vậy, Bá Ly nổi giận, mắng nhiếc Phúc Nguyên, rồi trở về kinh thành, bảo các tướng rằng: "Ta chút tài mọn, nguyên thờ Quang Thiệu Hoàng đế, nhân bất đắc dĩ bèn làm bầy tôi họ Mạc, chính tay dựng 4 đời vua, hao phí biết bao tâm lực.
Nay gặp hôn quân, không biết minh đoán, chỉ nghe lời kẻ gièm pha, khiến cho bao nhiêu nghĩa biển tình non, đều thành băng tan ngói trút! Sự thế đã như vậy, thôi lại còn nói gì. Ta nghe Vua Lê, chính vị ở xứ Thanh Hóa, có Thái sư họ Trịnh là một vị anh hùng tài lược, chuyên y tá phò, ra quân có danh, bốn phương quy phụ. Đó thực là vị chúa trung hưng vậy. Nay ta muốn dẫn quân quy thuận, tiễu trừ giặc nghịch tán trợ triều Lê, dựng nên nghiệp lớn, để rửa tội lỗi trước, mà cũng không mất sự giàu sang. Các ông nghĩ thế nào?". Tất cả các tướng đồng thanh thưa: "Kính theo tôn mệnh!" Bá Ly được các tướng đồng ý, rất là mừng rỡ.
Lúc ấy đang thời kỳ hiếm gạo, Bá Ly bèn mở kho thóc phát chẩn cho dân nghèo, rồi sai nội thần Văn Ấp hầu cùng với Tán lý Đông Giang hầu Bùi Trụ, đem văn thư đến hành điện Ngạc Khê của vua Lê xin hàng. Vua Lê nhận rồi ban tờ sắc khen ngợi Bá Ly. Tháng 2, Bá Ly đem 14.000 quân các đạo Tây Nam cùng với Nguyễn Thiến, Nguyễn Quyện và con trai là Khắc Đôn, Khắc Thận tới bái kiến nơi cửa khuyết, rồi đón vua Lê tới đóng tại sách Vạn Lại. Vua Lê hết sức mừng rỡ, úy lạo và nhận hàng, thăng Bá Ly chức Thái tể, tước Diễn quốc công. Lúc này, Bá Ly đã 70 tuổi, một vị kỳ lão trọng thần, bầy tôi trong triều, ai cũng tôn kính. Khi vào yết kiến Thái sư Trịnh Kiểm, Bá Ly giữ lễ rất cung kính, Thái sư tiếp đãi cũng rất kính cẩn tận lễ.
Sau khi Bá Ly quy thuận, thì bao nhiêu mưu thần mãnh tướng đều ùa theo, kéo cả về theo vua Lê. Tướng Tây đạo Đại úy Đoan quốc công Nguyễn Khải Khang cũng xuất 3.000 quân dưới trướng quy thuận, tới yết Hoàng đế ở hành điện Vạn Lại. Hoàng đế úy lạo ban thưởng, đều cho giữ chức tước cũ. Nhờ có các dũng tướng này về theo, từ đây, thanh thế quân vua Lê ngày càng lừng lẫy.
Năm 1555, Mạc Phúc Nguyên đã ổn định tình hình phía Bắc, bèn cho thúc phụ Kính Điển đem quân vào đánh cướp Thanh Hoá, sai Thọ quận công tiết chế quân Nam Đạo dẫn 300 chiến thuyền làm quân tiền phong, thẳng tới cửa biển Thần Phù. Mạc Kính Điển cũng hội quân ở sông Đại Nại, sai Thọ quân công tiến quân đóng tại Kim Sơn.
Phía vua Lê, Thái sư Trịnh Kiểm đã đặt phục binh trước ở núi Bạch Thạch phía Bắc sông, tuyển binh tướng hùng mạnh mai phục dưới Kim Sơn; sai Trung quan Thái úy Đinh Công, Thượng tể Lê Bá Ly và Thái úy Nguyễn Khải Khang, phục binh ở phía Nam sông; còn từ núi An Định cho tới núi Quân An, thì sai Phạm Đốc và Nguyễn Quyện, dẫn thủy quân chiếm cứ thượng lưu sông Hữu Chấp đến sông Kim Bôi, để làm thế "ỷ giốc".
Khi binh thuyền họ Mạc đi qua Kim Sơn, đến chợ Ông Tập, cậy binh hùng mạnh, không đề phòng, trong quân nổi tiếng đàn sáo ca hát như vào chỗ không có người. Đinh Công và Bá Ly liền bất ngờ đem quân và voi ngựa từ hạ lưu qua sông, đánh chặn ngang vào hậu quân bên Mạc; quân ở thượng lưu thì đánh vào mặt tiền; rồi 4 mặt quân dồn đánh ập cả vào, phá tan quân Mạc. Thọ quận công phải nhảy xuống sông, bị quân nhà Lê bắt được, còn Vạn Đồn hầu và hơn mười tướng tá khác đều bị chết đuối. Mạc Kính Điển thu thập tàn binh chạy về Kinh sư.
Lê Bá Ly sau khi đem con em họ hàng về Thanh Hóa quy thuận, dần được thăng tới chức Khai phủ Bình chương quân quốc trọng sự, Chưởng triều đường chánh. Tuy nhiên do tuổi già, đến ngày 1 tháng 4 âm lịch năm 1557, ông qua đời, hưởng thọ 82 tuổi. Vua Lê thương tiếc, ban tờ chiếu tặng tước Nghĩa huân công, và ban tên thụy là Trung Hựu.
Chỉ vì nghe gian thần, vua Mạc mất cả một dàn dũng tướng, để rồi cán cân trên bàn cờ thế sự dần nghiêng về phía vua Lê, chúa Trịnh từ đó.
