Trên cơ sở tổng hợp báo cáo tóm tắt kết quả kiểm toán của KTNN Việt Nam, Thái Lan và Myanmar cho thấy Chính phủ các nước đã có sự quan tâm, chú trọng và đưa ra nhiều nỗ lực, giải pháp trong công tác quản lý nguồn nước sông Mê Công. Tuy nhiên, các báo cáo kiểm toán cũng phản ánh tình trạng suy thoái nguồn nước sông Mê Công kèm theo những ảnh hưởng, tác động tiêu cực đến hệ sinh thái, sinh kế, đời sống của người dân đã và đang diễn ra tại cả 3 quốc gia.
Cụ thể, tại Myanmar, kết quả phân tích chất lượng nước tại 5 khu vực (bao gồm 2 khu vực thuộc dòng chính sông Mê Công và 3 khu vực thuộc dòng nhánh) phản ánh một số chỉ tiêu hóa học, sinh học vượt quy chuẩn cho phép, không phù hợp để sử dụng phục vụ mục đích sinh hoạt của người dân. Theo KTNN Myanmar, nguyên nhân ban đầu được xác định là do ảnh hưởng từ chất diệt côn trùng, chất thải hóa học từ các ngành nông nghiệp và chăn nuôi, dự án khai thác mỏ, khách sạn, nhà hàng và khu vực dân cư bên bờ sông.
Tương tự, tại Việt Nam, tình trạng chất lượng nước mặt, nước ngầm có dấu hiệu bị ô nhiễm vi sinh, nhiễm phèn và có độ mặn cao cũng đã xuất hiện tại một số địa phương. Đặc biệt là vào mùa khô và tại các khu vực thành thị, các khu công nghiệp nơi tập trung nhiều cơ sở chế biến, sản xuất hoặc các khu vực tiếp giáp biển. Nguyên nhân được xác định có thể là do tác động từ hoạt động xả thải trong quá trình sản xuất, sinh hoạt cũng như tình trạng suy giảm số lượng nước sông Mê Công, dẫn đến thiếu nước ngọt nghiêm trọng, ảnh hưởng đến khả năng tự làm sạch và rửa mặn tự nhiên của dòng sông.
Về số lượng nước, KTNN Việt Nam và Thái Lan đều ghi nhận tình trạng thiếu nước tại các quốc gia này có xu hướng ngày càng gia tăng. Trên cơ sở phân tích các số liệu đo đạc, thống kê về mực nước, số lượng nước, phù sa trong giai đoạn 2011 - 2020, KTNN Việt Nam chỉ ra lượng nước từ thượng nguồn sông Mê Công đổ về Đồng bằng Sông Cửu Long (ĐBSCL) đang có chiều hướng suy giảm, số lượng nước năm 2020 thấp hơn 157 tỷ m3 so với cùng kỳ năm 2011; lượng phù sa, bùn cát về từ thượng nguồn năm 2020 cũng giảm tương ứng 14 triệu tấn so với năm 2017. Trong khi đó tại Thái Lan, cơ sở dữ liệu về số lượng nước theo ngày trong giai đoạn từ 1/1/2016 đến ngày 31/5/2021 tại 06 trạm đo dọc sông Mê Công ở Thái Lan cho thấy từ năm 2019, số ngày có lượng nước ở mức cực thấp đã tăng lên đáng kể so với giai đoạn trước đó.
Ngoài ra, căn cứ trên số liệu thống kê về lượng phù sa sông Mê Công trong giai đoạn 1992 - 2018 và dữ liệu khảo sát từ 24 khu vực thuộc mạng lưới sông Mê Công, KTNN Thái Lan cũng làm rõ hoạt động xả cặn là nguyên nhân chính ảnh hưởng đến việc bồi tụ cặn, lắng đọng phù sa, dẫn đến sự xuất hiện của "Hiệu ứng dòng nước đói" - khi dòng chảy của sông vượt quá khả năng vận chuyển phù sa gây ra hiện tượng xói mòn lòng, bờ sông đang có xu hướng ngày càng gia tăng trong giai đoạn 1992 - 2018.
Tại Việt Nam, cơ quan KTNN đã chỉ ra mối liên hệ giữa việc suy giảm số lượng, chất lượng nước, phù sa trong nước và yếu tố biến đổi khí hậu đến hệ sinh thái, đa dạng sinh học và cuộc sống của người dân, đặc biệt là tại khu vực Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL), nơi sinh sống của hơn 17,3 triệu người, cung cấp trên 50% sản lượng lúa, 65% sản lượng thủy sản của cả nước và phụ thuộc phần lớn vào nguồn nước sông Mê Công từ bên ngoài lãnh thổ Việt Nam.
Việc thiếu nước ngọt nghiêm trọng vào mùa khô cùng tình trạng xâm nhập mặn khiến cho hàng ngàn hộ dân cư sống trong điều kiện thiếu nước sinh hoạt, hàng trăm ngàn lao động phải di dời khỏi địa phương để tìm kiếm việc làm, phá hủy trên 500.000ha cây trồng, 1.500.000ha đất có dấu hiệu suy thoái, trên 2.000 vụ sạt lở, sụt lún với thiệt hại ước tính lên tới hàng ngàn tỷ đồng. Bên cạnh đó, sự suy giảm về trữ lượng thủy sản tự nhiên và số lượng nhiều loài sinh vật, thủy sản đặc trưng của sông Mê Công tại Việt Nam trong những năm gần đây cũng đã được ghi nhận tại Báo cáo kiểm toán.
Qua kiểm toán, các cơ quan KTNN của 3 quốc gia đã đưa các cảnh báo về nguy cơ, rủi ro và hệ quả của tình trạng suy thoái tài nguyên nước sông Mê Công, cùng với đó là những kiến nghị và giải pháp hữu ích, có tính khả thi cao trực tiếp đến Chính phủ và các cơ quan có thẩm quyền liên quan. Các Báo cáo cho biết, những kết quả và kiến nghị kiểm toán sẽ góp phần quan trọng trong việc khắc phục những tồn tại, hạn chế và tăng cường tính kinh tế, hiệu quả, hiệu lực trong công tác quản lý tài nguyên nước, gắn với việc thực hiện các Mục tiêu phát triển bền vững của từng quốc gia nói riêng và toàn thể cộng đồng LVS Mê Công nói chung.
Thể hiện sự coi trọng của Việt Nam với hợp tác ở khu vực Mekong 
Hội nghị Bộ trưởng Ngoại giao Mekong – sông Hằng lần thứ 11 
