Sử sách để lại không ghi nhiều về các câu chuyện ở các cố đô của nước ta như Hoa Lư, Cổ Loa... Tuy nhiên, năm 1010, khi Vua Lý Thái Tổ quyết định dời đô về Thăng Long, đã viết trong "Chiếu dời đô" về thế đất nơi đây: "Ở đó, địa thế rộng mà bằng phẳng, vùng đất cao mà sáng sủa, dân cư không khổ vì ngập lụt, muôn vật rất phong phú, tốt tươi".
Dù vậy, do nằm trên lưu vực sông Hồng, dù có hệ thống đê bảo vệ, kinh thành Thăng Long vẫn có nhiều lần bị ngập lụt, như sự kiện tháng 6 âm lịch năm 1236, khi nước to, vỡ vào tận cung Lệ Thiên, các vương hầu, quan lại đều phải đi thuyền vào chầu vua. Đây là lần đầu tiên chúng ta được biết đến hình thức giao thông bằng thuyền ngay trong hoàng cung.
"Đại Việt sử ký toàn thư" cũng cho biết, năm 1243, tháng 8, "nước lụt to cũng đổ cả vào thành Đại La" hoặc năm 1265, tháng 7 "nước to, vỡ vào phường Cơ Xá, người và súc vật chết đuối nhiều, vua (Trần Thánh Tông) đại xá cho thiên hạ". Tháng 7 năm 1270, cũng bị nước to, đường phố ở kinh thành phần nhiều phải đi bằng thuyền.
Đời Vua Trần Minh Tông, tháng 6 năm 1315, nước sông (sông Hồng) lên cao, vua đích thân đi xem xét việc đắp đê. Khi quan Ngự sử can rằng việc đắp đê là nhỏ nhặt, vua không cần đi xem mà chỉ cần sửa chính đức, Hành khiển Trần Khắc Chung đã trả lời rằng: "Khi dân bị nạn lụt, người làm vua phải cứu giúp tai họa khẩn cấp đó, sửa đức chính không gì lớn hơn là việc này, cần gì phải ngồi thinh, tư lự rồi bảo là sửa đức chính".
Thời Lê, sử sách không ghi lại những lần kinh thành ngập lụt. Tuy nhiên, sang thời nhà Nguyễn, khi kinh đô chuyển vào Phú Xuân, vùng đất tương đối thấp thì hiện tượng lũ lụt xảy ra thường xuyên hơn. Lịch sử ghi lại có đến 40 trận lũ từng xảy ra ở kinh thành Huế và vùng phụ cận, có những lần, nước ngập kinh thành tới 10 thước (khoảng 4m). Sử sách thời nhà Nguyễn cũng cho biết nhiều lần các vua trực tiếp ra Ngọ Môn hay Kỳ đài để quan sát thực tế lũ lụt, cũng như quan tâm hỏi han tình hình dân chúng, lập tức yêu cầu triều đình chẩn cấp, cứu trợ cho các nạn nhân.
Như mùa đông năm Minh Mạng thứ nhất (1820), kinh thành mưa lụt to, thành lở hơn 300 trượng, nhà vua xét việc đắp thành là khó nhọc nên mới tha tội cho người giám tu sửa đắp thành.
Tháng 9 năm Minh Mạng thứ 7 (1826), kinh kỳ có bão, nước lụt lên mạnh. Nhà vua sắc cho Phủ thừa (quan phụ trách đất kinh thành) là Phan Huy Chú lấy tiền kho phát chẩn cho dân ngoài quách và dân 3 huyện thuộc Thừa Thiên. Khi được báo Phan Huy Chú phát chẩn ít, nhà vua đã cho triệu ông đến trách rằng: "Trẫm gia ơn hậu cho dân kinh kỳ vốn không kể phí; nay ngươi làm thế là không biết quốc thể quá lắm. Phàm nhà giàu chu cấp cho làng xóm còn chẳng tiếc gì, huống chi nhà nước phát chẩn cho dân mà còn tiếc ư?".
Năm Minh Mạng thứ 9 (1828), cũng vào tháng 9, kinh thành lại lụt to, mặt đất nước sâu hơn 10 thước, nhà cửa của dân bị trôi nhiều, chết đuối hơn 60 người. Vua sai Kinh doãn là Đặng Đức Thiệm lấy cơm muối phát chẩn cho dân nghèo gần thành và đốc đồng kinh huyện đi khắp các làng xóm những người bị nạn, đều cấp cho tiền gạo, không ngờ số tiền phải cấp đến hơn 4.000 quan, gạo đến hơn 500 phương. Khi Đức Thiệm về tâu lên, vua nói: "Mưa lụt to quá, nhân dân mắc nạn chìm đắm, rất thương. Các ngươi biết thể ý trẫm mà chu cấp không sót, dẫu đến hàng nghìn hàng vạn cũng không tiếc".
Đặc biệt, năm Minh Mạng thứ 14 (1833), vào tháng 8, khi kinh kỳ bị mưa lụt, Vua Minh Mạng cho vời Kinh doãn Trần Tú Dĩnh hỏi về tình hình đồng ruộng. Dĩnh thưa rằng: "Lụt chưa to lắm, nhưng lúa gần chín, nhiều chỗ bị đổ vì gió". Vua bèn sai các quan đi khám, nhân thể sai đóng xe ra Cột Cờ để xem nước lụt. Nhà vua bảo bề tôi theo hầu rằng: "Nay chính là mùa mưa lụt, hằng năm thường có, chỉ sợ lụt muộn lại hại hơn lúc này thôi!".
Khi Tú Dĩnh đi khám đã về, nhà vua hỏi: "Lúa so với năm ngoái thế nào?". Tú Dĩnh thưa rằng: "Kém một, hai phần". Vua nói: "Trận mưa lụt này may ở vào tuần giữa tháng, nếu ở vào kỳ cuối tháng 7, đầu tháng 8 thì thiệt hại nhiều hơn".
Trong lần mưa lụt ở kinh thành tháng 8 năm Minh Mạng thứ 17 (1836), nhà vua cũng ngự ra Kỳ đài, xem nước sông, bảo bầy tôi theo hầu rằng: "Lúa đương ngậm màu thế mà gặp gió bão, mưa lụt, e bị tổn hại; nhưng mưa trước, gió sau, gốc lúa có nước để nương tựa được, tưởng cũng không đến nỗi đổ non; dù có tổn hại cũng chẳng qua 1-2 phần thôi".
Ngày hôm sau nước rút, trời mưa nhỏ. "Đại Nam thực lục" ghi lại lời bàn của Vua Minh Mạng, cho thấy nhà vua cũng rất có kinh nghiệm về thời tiết, khi vua nói rằng: "Tục truyền mưa rửa bùn, tức là mưa này; vì cỏ cây một khi bị ngập lụt, cành lá dính bùn, lâu thì khô héo, cho nên nước rút mà có mưa nhỏ để rửa đi, rồi muôn loại cỏ hoa nhờ đó nảy nở tươi tốt. Thế mới gọi là sau cơn sấm sét, tất có móc mưa. Đó là một chứng nghiệm về lòng nhân từ của trời sinh ra muôn vật!". Sau đó phủ thần Thừa Thiên tâu: "Xem khắp ruộng lúa trong kinh kỳ, chỗ thấp có tổn hại chút ít, chỗ cao đều tốt; nhà cửa nhân dân đều không bị đổ". Vua nghe vậy, rất mừng.
Đến năm Minh Mạng thứ 19 (1838), vào tháng 4, mưa lũ làm sạt lở nhiều chỗ ở kinh thành. Nhà vua cho là thành kiểu cũ cao rộng quá, dễ bị mưa lụt làm lở, mới sai Bộ Công nghĩ định kiểu mới để xây lại. Sử sách ghi chi tiết là theo kiểu thức cũ thì mặt thành rộng hơn 4 trượng, bậc thứ 3 cao hơn 8 thước, được đổi thành bậc thứ 3 chia làm 2 bậc, bậc thứ 3, bậc thứ 4. Còn bậc thứ 3 thì lấy cao 2 thước 5 tấc 2 phân, sâu xuống đất 5 tấc, trên rộng 1 hòn rưỡi gạch, dưới rộng 2 hòn gạch làm hạn, bậc thứ 4 lấy cao 4 thước, 7 tấc, móng 5 tấc, sâu xuống đất 1 thước, trên rộng 3 hòn gạch, dưới rộng 4 hòn gạch làm hạn).
Một chi tiết khác được sử sách ghi lại trong lần lụt ở kinh thành mùa thu năm Minh Mạng thứ 20 (1839), cũng cho thấy nhà vua có chiêm nghiệm trước về thiên tai. Vì trước khi mưa lụt mấy hôm, vua ra coi chầu, bảo Kinh doãn là Phạm Thế Trung rằng: "Ngạn ngữ nói: Trời sắp mưa lụt, cứ nghiệm các giống chim trở về núi thì biết. Xét ra, mưa lụt thì sóng biển nổi lên ì ầm, hơi nước bốc lên tanh hôi, các chim đều kiếm ăn ở bờ biển cho nên tránh về núi. Câu nói ấy cũng có lý. Trẫm đoán mùa thu này mưa lụt có thể vào trước sau ngày 24, 25, không biết lúa má ở kinh đã thu hoạch xong chưa?". Thế Trung thưa rằng lúa thu hoạch đã được 8-9 phần 10. Vua nói: "Mùa màng đã xong, mưa lụt chẳng sao". Sau đó quả nhiên mưa.
Thời Vua Thiệu Trị, tháng 8 năm 1842, sử sách cho biết tại kinh sư gió mưa dữ dội, nước lụt tràn đầy, trong thành, ngoài thành hơn 700 hộ nhà dân bị lật đổ, nhân dân cũng có người bị chết đuối. Vua sai Kinh doãn Phạm Khôi khám thực trạng tâu lên, rồi cho phát tiền, gạo, vải trắng, chia sai thuộc viên ở Cơ mật và Thị vệ 12 người đem đi chẩn tuất cho dân.
Đến tháng 9, lại có trận mưa to, gió dữ, khiến cán cờ trên chòi cửa bị gãy, chỗ đất bằng, nước sâu đến hơn 10 thước. Các nhà cửa, thuyền bè công sở tư gia phần nhiều bị đổ nát, chìm đắm. Dân hạt Thừa Thiên bị chết đuối đến hơn nghìn người. Hôm sau, vua ngự lên chòi ở trên thành, trông ra bốn mặt, ngậm ngùi than rằng: "Không ngờ bão lụt đến như thế! Dân ta bị hại không phải ít!". Rồi nhà vua lập tức phái khoa đạo, bộ ty hội đồng với quan kinh doãn, phát ra tiền, gạo, tải đi, chia từng hạng mà chuẩn cấp. Người nghèo túng mỗi người đều 1 quan tiền, 10 bát gạo, người chết đuối mỗi người 3 quan tiền. Nhà cửa đổ nát đến hơn 1.900 hộ, thì hộ lớn được phát 3 quan tiền, thứ đến 2 quan, còn hộ nhỏ 1 quan, thuyền bè cũng thế.
Nhà vua cũng sai mở kho cấp thóc cho dân 6 huyện thuộc hạt Thừa Thiên vay, dụ rằng: "Hạt Thừa Thiên ở gần ngay chỗ nhà vua đóng, năm nay may được thu hoạch mười phần, không ngờ chẹt gặp nạn bão lụt, thóc trong nhà dân, dành để được ít nhiều đều bị nước ngập cả. Đối với nạn nhân kêu gào đợi cơm ăn ấy, ta rất thương xót, vậy sai lấy thóc kho ra 23.000 phương để cho vay; gần thì đến kho ở kinh mà lĩnh, xa thì cho thuyền chở đến cho. Người chết đuối cho trừ ngạch tha thuế".
Vua lại dụ cho quan Kinh doãn rằng: "Thấy nước lụt, ta sinh buồn, ngắm trăng không vui, băn khoăn về đường sinh sống của dân, ngủ không yên giấc! Các người nên thể theo ý ta, tùy nghi chẩn cấp, khiến cho những tiểu dân cùng khốn chóng được khởi sắc, nhà cửa đổ nát tu bổ lại dần dần. Còn những người vô tội mà bị chết đuối, càng đáng thương xót, cũng nên liệu cấp tiền tuất để cùng được đội ơn. Phàm những dân đói đến ăn, đều là con đỏ của triều đình, không cứ hạt nào, có thể chẩn cấp cho cả một loạt".
Vua Thiệu Trị cũng kể lại cho các quan lời dạy của vua cha (Minh Mạng) về vấn đề lũ lụt ở kinh thành: "Hoàng khảo dụ tận mặt cho ta biết rằng: Về phương Nam, xét đến sử sách các đời để lại, ít động đất mà nhiều gió to. Năm Gia Long thứ 10 (1811), năm Minh Mạng thứ 8 (1827), đều có một lần bão. Gần đây, xem khí trời và sắc gió, rất sợ vài năm sau không khỏi có tai hại về bão lụt, hình như khí vận xui nên thế! Phải nên cẩn thận tu tỉnh lấy mình mới có thể cầu đảo mà tránh đi được. Ta bái lĩnh lời minh huấn, cẩn thận lưu tâm, chưa đầy 4 năm, quả nhiên có bão lụt. Thực là bậc thánh nhân biết trước cơ trời, mưu cho con cháu. Nói đến đây ta rất đau lòng, cảm động đến chảy nước mắt!".
Cuộc di dân “lịch sử” khỏi Kinh thành Huế 
