Tuy nhiên, khác với Hiến pháp năm 1992, Quốc hội trong Hiến pháp năm 2013 không còn là cơ quan duy nhất có quyền lập hiến. Đây là sự thay đổi cơ bản về nhận thức xây dựng Nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa mà Đảng ta đã đề ra trong Cương lĩnh xây dựng đất nước trong thời kỳ quá độ lên chủ nghĩa xã hội (bổ sung, phát triển năm 2011), đồng thời kế thừa tư tưởng lập hiến của Chủ tịch Hồ Chí Minh trong Hiến pháp năm 1946.
Trong nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa của nhân dân, do nhân dân và vì nhân dân, nhân dân thực hiện quyền lực nhà nước không chỉ thông qua các cơ quan đại diện (Quốc hội, Hội đồng nhân dân) mà còn thông qua các cơ quan nhà nước khác, và bằng cả hình thức dân chủ trực tiếp như phúc quyết Hiến pháp khi Quốc hội quyết định (Điều 120), trưng cầu ý dân (Điều 29).
Vì thế, quyền lập hiến cao hơn quyền lập pháp, nhân dân sử dụng quyền lập hiến để thiết lập quyền lực nhà nước, trong đó có quyền lập pháp.
Bằng quyền lập hiến của mình, nhân dân giao cho Quốc hội thực hiện một số quyền cụ thể như quyết định việc làm Hiến pháp, sửa đổi Hiến pháp khi có ít nhất 2/3 tổng số đại biểu Quốc hội biểu quyết tán thành; thành lập Ủy ban sửa đổi Hiến pháp; thảo luận và thông qua Hiến pháp khi có ít nhất 2/3 tổng số đại biểu Quốc hội biểu quyết tán thành (Điều 120).
Về chức năng của Quốc hội, Hiến pháp năm 2013 đã xác định rõ hơn, khái quát hơn trên ba phương diện: thực hiện quyền lập hiến, quyền lập pháp; quyết định những vấn đề quan trọng của đất nước; giám sát tối cao đối với hoạt động của Nhà nước.
Trước hết, về thực hiện quyền lập hiến, quyền lập pháp, Hiến pháp năm 2013 đã có sự phân biệt rõ ràng giữa quyền lập hiến, quyền lập pháp và thay quy định “Quốc hội là cơ quan duy nhất có quyền lập hiến và lập pháp” bằng quy định “Quốc hội thực hiện quyền lập hiến, quyền lập pháp” (lập hiến và lập pháp theo Hiến pháp năm 1992 là một quyền). Hiến định nội dung này, Hiến pháp năm 2013 đòi hỏi Quốc hội phải tập trung hơn nữa vào chức năng làm luật để khắc phục tình trạng vừa thiếu pháp luật, vừa mâu thuẫn, chồng chéo trong hệ thống pháp luật, thực hiện có hiệu quả chủ trương của Đảng trong việc xây dựng Nhà nước pháp quyền Việt Nam xã hội chủ nghĩa, bảo đảm mọi hoạt động của các cơ quan Nhà nước, trong đó có Quốc hội đều phải tuân thủ Hiến pháp, pháp luật, không thể tự định cho mình những nhiệm vụ, quyền hạn khác ngoài những nhiệm vụ và quyền hạn đã được Hiến pháp, pháp luật quy định. Thứ hai, về quyết định những vấn đề quan trọng của đất nước, so với quy định của Hiến pháp năm 1992, Hiến pháp năm 2013 đã quy định theo hướng khái quát hơn, bảo đảm phù hợp với điều kiện phát triển kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa, tạo cơ sở để cụ thể hóa nhiệm vụ, quyền hạn của Quốc hội trong Hiến pháp và trong các đạo luật chuyên ngành. Thứ ba, về giám sát tối cao đối với hoạt động của Nhà nước. Đây là hoạt động mang tính chất chính trị, thể hiện ý chí của cử tri và là một trong những tiêu chí để đánh giá tính hiệu lực, hiệu quả của quá trình xây dựng Nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa.
Để tăng cường quan hệ phối hợp trong việc thực hiện quyền lập hiến, quyền lập pháp, Hiến pháp năm 2013 khẳng định Quốc hội là cơ quan thực hiện quyền lập hiến, quyền lập pháp. Theo đó, sự phối hợp, kiểm soát hoạt động của Quốc hội cũng được thể hiện trong việc thực hiện các chức năng, nhiệm vụ này, theo hướng việc làm Hiến pháp, sửa đổi Hiến pháp không chỉ riêng Quốc hội thực hiện mà còn dựa trên ý kiến đề nghị của “Chủ tịch nước, Ủy ban thường vụ Quốc hội, Chính phủ hoặc ít nhất một phần ba tổng số đại biểu Quốc hội”. Đối với quyền lập pháp, Hiến pháp năm 2013 đã ghi nhận quyền sáng kiến lập pháp của nhiều chủ thể, trong đó có Chính phủ, Tòa án nhân dân tối cao, đồng thời cũng quy định rõ sự khác nhau về quyền sáng kiến lập pháp của cá nhân đại biểu Quốc hội với các cơ quan, tổ chức có thẩm quyền. Hiến pháp năm 2013 cũng khẳng định Chính phủ là cơ quan thực hiện quyền hành pháp. Theo đó, Chính phủ có quyền ban hành các chính sách, văn bản độc lập để thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của mình. Đây là điểm mới so với Hiến pháp năm 1992 (Hiến pháp năm 1992 chỉ quy định Chính phủ có quyền ban hành các văn bản hướng dẫn chi tiết việc thi hành luật, nghị quyết của Quốc hội, pháp lệnh, nghị quyết của Ủy ban thường vụ Quốc hội). Trong việc thực hiện quyền hành pháp, mối quan hệ giữa Quốc hội và Chính phủ còn được thể hiện ở quyền quyết định và hoạch định chính sách. Theo đó, Quốc hội quyết định những chính sách dài hạn, mang tầm định hướng quốc gia, còn Chính phủ quyết định những chính sách ngắn hạn, mang tính chất điều hành các mặt kinh tế, xã hội của đất nước.
Bên cạnh đó, cơ chế phối hợp trong việc thực hiện quyền hành pháp còn thể hiện thông qua việc Quốc hội tham gia vào việc quy định tổ chức và hoạt động của Chính phủ; bầu, miễn nhiệm, bãi nhiệm Thủ tướng Chính phủ; phê chuẩn đề nghị bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức Phó Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng và các thành viên khác của Chính phủ; bỏ phiếu tín nhiệm đối với Thủ tướng Chính phủ, Phó Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng, các thành viên khác của Chính phủ; quyết định thành lập, bãi bỏ bộ, cơ quan ngang bộ của Chính phủ; thành lập, giải thể, nhập, chia, điều chỉnh địa giới hành chính tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, đơn vị hành chính kinh tế - đặc biệt...
Về quan hệ phối hợp, kiểm soát việc thực hiện quyền tư pháp, Hiến pháp năm 2013 quy định Quốc hội có quyền xét báo cáo công tác của Tòa án nhân dân tối cao; bầu, miễn nhiệm, bãi nhiệm Chánh án Tòa án nhân dân tối cao; bỏ phiếu tín nhiệm đối với Chánh án Tòa án nhân dân tối cao; bãi bỏ văn bản của Tòa án nhân dân tối cao trái với Hiến pháp, luật, nghị quyết của Quốc hội; phê chuẩn đề nghị bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức Thẩm phán Tòa án nhân dân Tối cao. Mọi cơ quan, tổ chức, cá nhân không được can thiệp vào hoạt động xét xử của Thẩm phán, Hội thẩm. Các cơ quan, tổ chức và cá nhân có trách nhiệm tôn trọng, giữ gìn, bảo vệ tính pháp quyền và công lý trong các phán quyết của Tòa án. Đây chính là cách thức thể hiện sự phối hợp quan trọng nhất giúp cơ quan tư pháp thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ của mình.
