Ngoài ra những cơ quan này có vai trò chỉ đạo và kiểm soát các hệ thống vũ khí của Iraq cũng như việc mua sắm chúng. Rõ ràng, bất kỳ tranh luận nào về các chuyến thị sát hay thay đổi chế độ ở Iraq đều phải tính đến những cơ quan này. Có 5 cơ quan chính tạo nên bộ máy an ninh của nhà nước Iraq bao gồm al-Amn al-Khas (An ninh đặc biệt), al-Amn al-‘Amm (An ninh tổng hợp), al-Istikhbarat (Tình báo quân đội), al-Mukhabarat (Tình báo tổng hợp) và al-Amn al-‘Askari (An ninh quân sự). Cùng với 5 cơ quan đó là lực lượng Vệ binh cộng hòa đặc biệt (SRG). Những thực thể này tạo ra một mê cung rộng khắp, tinh vi và phức tạp của các tổ chức an ninh với nhiều đơn vị quân sự và tình báo hoạt động độc lập tràn ngập mọi tầng lớp trong xã hội Iraq, bảo vệ cho tổng thống và chính quyền của ông ta.
Quyền tài phán của các cơ quan này được thiết kế sao cho trùng lắp nhằm duy trì sự cạnh tranh, và để đảm chắc không cá nhân thực thể an ninh nào quá mạnh để đe dọa Saddam. Trách nhiệm tập thể của những cơ quan này là bảo vệ tổng thống; duy trì an ninh nội bộ bằng cách chống lại sự bất đồng chính kiến trong nước bao gồm cả đảo chính và quần chúng nổi dậy; ngăn ngừa những mối họa bên ngoài đối với chế độ; cũng như tiến hành các hoạt động nước ngoài.
An ninh đặc biệt (Al-Amn al-Khas)
Al-Amn al-Khas (An ninh đặc biệt), được thành lập ngay trong thời gian xảy ra cuộc chiến tranh Iran-Iraq đóng vai trò như một tổ chức siêu bí mật, và nổi lên như là cơ quan quyền lực nhất trong bộ máy an ninh Iraq. Thời điểm năm 1982, vai trò của al-Amn al-‘Amm là cung cấp cận vệ cho Tổng thống sau một nỗ lực ám sát hụt nhắm vào Saddam Hussein. Hussein Kamil, người em họ, con rể và là Bộ trưởng Công nghiệp hóa quân đội của Saddam Hussein, là người có công đầu trong việc sáng lập cơ quan này, cũng như chỉ tuyển chọn các điệp viên tận tụy và trung thành từ các cơ quan al-Amn al-‘Amm, al-Istikhbarat và al-Mukhabarat để phục vụ trong đơn vị tình báo siêu tinh hoa. Giám đốc hiện tại của al-Amn al-Khas là con trai của Saddam Hussein: Qusay Hussein, người cũng nắm quyền kiểm soát Vệ binh cộng hòa đặc biệt (SRG), trực thuộc Văn phòng An ninh đặc biệt của SRG.
Trách nhiệm của al-Amn al-Khas có thể được phân loại đại khái như sau: 1) Cung cấp an ninh cho Tổng thống trong mọi thời điểm, đặc biệt là trong những chuyến công du và họp hành công vụ; 2) Đảm bảo an toàn cho tất cả các cơ sở thuộc về Tổng thống như tư dinh và văn phòng; 3) Giám sát các cơ quan tình báo và an ninh khác; 4) Theo dõi các bộ trưởng chính phủ và giới lãnh đạo của các lực lượng vũ trang; 5) Giám sát các hoạt động an ninh nội bộ chống lại những thế lực đối lập người Kurd và Shi’a; 6) Mua công nghệ và vũ khí nước ngoài; 7) Đảm bảo cho các ngành công nghiệp quân sự chủ lực của Iraq; 8) Chỉ đạo những hoạt động che đậy các chương trình WMD của Iraq. Khác với 4 tổ chức an ninh lớn còn lại, al-Amn al-Khas đóng vai trò là cơ quan tình báo nội bộ nhất của chế độ Saddam, hoạt động như là trung tâm đầu não cho các cơ quan an ninh của Saddam.
Các thành viên trong cơ quan này được hưởng đời sống tiêu chuẩn cao hơn so với đồng nghiệp từ các cơ quan khác. Theo các đối tượng sống lưu vong và đào tẩu người Iraq thì An ninh đặc biệt đã gieo rắc nhiều cung bậc sợ hãi trong mọi giai tầng của xã hội Iraq. Trong khi bổn phận chính là bảo vệ sự an nguy của tổng thống, cơ quan này còn quản lý các hành động của Vệ binh cộng hòa và Vệ binh cộng hòa đặc biệt. Al-Amn al-Khas bị buộc tội do thám al-Mukhabarat, al-Istikhbarat, al-Amn al-‘Askari, hay nói chung thì cơ quan này chuyên về do thám các điệp viên Iraq. Trong suốt thời kỳ chiến tranh Iran - Iraq, Al-Amn al-Khas do thám các hoạt động của al-Istikhbarat.
Nó đóng vai trò là thực thể điều phối trung tâm giữa Ủy ban công nghiệp - quân sự, al-Istikhbarat và al-Mukhabarat, cũng như vai trò của quân đội trong việc mua sắm các thành phần cần thiết trong chương trình WMD của Iraq. Trong cuộc chiến tranh vùng Vịnh năm 1991, An ninh đặc biệt được giao trọng trách che giấu tên lửa SCUD. Dựa trên những hoạt động quá khứ, có lẽ An ninh đặc biệt sẽ tiếp tục những chức năng này trong tương lai.
An ninh tổng hợp (Al-Amn al-‘Amm)
Al-Amn al-‘Amm (An ninh tổng hợp) là cơ quan an ninh lâu đời nhất của Iraq, được thành lập từ năm 1921 trong thời kỳ Ủy trị của Anh. Al-Amn al-‘Amm thực chất là lực lượng cảnh sát an ninh chính trị. Các hoạt động của cơ quan này bao gồm: 1) Phát hiện những thành phần bất đồng chính kiến trong đại chúng Iraq; 2) Phản ứng trước các hành vi tội phạm chính trị; 3) Ngăn ngừa hoạt động tội phạm kinh tế. Lãnh đạo hiện thời của cơ quan này là Rafi Abd al-Latif Talfah. Al-Amn al-‘Amm giám sát đời sống thường nhật của người dân, tạo ra sự hiện diện rộng khắp trong nước. Tổng hành dinh của al-Amn al-‘Amm tọa lạc ở Baghdad, hướng dẫn hành động của các nhánh al-Amn trong mỗi chính quyền Iraq. Saddam Hussein cung cấp cho cơ quan này một cánh bán quân sự có tên là Quwat al-Tawari‘ (Các lực lượng khẩn cấp) sau chiến tranh vùng Vịnh năm 1991 để củng cố luật pháp và trật tự.
Tình báo Quân đội (al-Istikhabarat al-‘Askariyya)
Mudiriyyat al-Istikhabarat al-‘Askariyya al-‘Amma (Tổng cục tình báo Quân đội) được sáng lập năm 1932 trong thời gian Iraq giành độc lập. Cơ quan này chịu các trách nhiệm bao gồm: 1) Thực hiện trinh sát chiến lược và chiến thuật nhắm vào chế độ thù địch chống Iraq; 2) Đánh giá mối họa của bản chất quân đội đối với Iraq; 3) Theo dõi quân đội Iraq và đảm bảo lòng trung thành của quân đoàn sĩ quan; 4) Duy trì mạng lưới người cung cấp tin ở Iraq và hải ngoại, bao gồm viên chức nước ngoài và tình báo quân sự; 5) Bảo vệ các cơ sở công nghiệp - quân sự.
Các chức năng chính của tình báo quân sự là đảm bảo lòng trung thành của quân đội và thu thập tình báo quân đội, song cũng bao gồm các hoạt động hải ngoại bao gồm ám sát các phần tử bất đồng chính kiến với chế độ. Tình báo quân đội chịu trách nhiệm duy trì mạng lưới người cung cấp tin bao gồm các điệp viên hoạt động ở Jordan, Israel, Gaza và Bờ Tây, các nước Vùng Vịnh, Ai Cập, Syria, Sudan, Thổ Nhĩ Kỳ, Yemen, cũng như quản lý một mạng lưới tình báo con người khá lớn ở Iran. Sau cuộc đột kích của Israel vào cơ sở nghiên cứu hạt nhân Osiraq của Iraq vào năm 1981, al-Istikhbarat cầu viện bên ngoài nhờ giúp đỡ. Trong giai đoạn 1982 đến 1985, al-Istikhbarat đã được hỗ trợ để che giấu và bảo vệ các kỹ thuật quan trọng trong các cơ sở và chương trình quân đội của Iraq, cung như những phương pháp đánh lừa trinh sát chiến lược.
Cục tình báo Iraq (al-Mukhabarat)
Trong khi al-Amn al-‘Amm và al-Istikhbarat được thành lập trong thời kỳ chế độ quân chủ của Iraq thì al-Mukhabarat (Cục tình báo Iraq) lại nổi lên từ ngay trong đảng Ba’th Xã hội chủ nghĩa Arab của Iraq. Giám đốc hiện tại của al-Mukhabarat là Tahir Abd al-Jalil al-Habbush. Al-Mukhabarat được chia thành 2 bộ phận lần lượt chịu các trách nhiệm các hoạt động nội bộ và quốc tế. Các hoạt động nội bộ của cơ quan này bao gồm điều phối thông qua các văn phòng tỉnh, trong khi những hoạt động quốc tế thường được tiến hành từ các đại sứ quán Iraq.
Những hoạt động nội bộ cụ thể của cơ quan bao gồm: 1) Theo dõi đảng Ba’th cũng như các đảng phái chính trị khác; 2) Theo dõi những tổ chức cơ sở khác bao gồm thanh niên, phụ nữ và các nhóm công đoàn; 3) Đàn áp người Shi’a, người Kurd và các thế lực chống đối khác; 4) Thực hiện phản gián; 5) Nhắm mục tiêu đe dọa các cá nhân và nhóm người trong lãnh thổ Iraq; 6) Giám sát các đại sứ quán nước ngoài ở Iraq; 6) Giám sát người ngoại quốc ở Iraq; 7) Duy trì mạng lưới những người chỉ điểm nội bộ.
Mặt khác, những hoạt động quốc tế của Cục tình báo Iraq bao gồm: 8) Giám sát các đại sứ quán Iraq ở nước ngoài; 9) Thu thập tình báo hải ngoại; 10) Hỗ trợ các nhóm chống đối trong các chính phủ thù địch; 11) Tiến hành các hoạt động phá hoại, lật đổ và khủng bố chống lại các nước láng giềng thù địch như Syria và Iran; 12) Ám sát những phần tử chống đối bên ngoài lãnh thổ Iraq; 13) Xâm nhập vào những nhóm chống đối người Iraq ở nước ngoài; 14) Cung cấp tin giả và các nỗ lực khai thác hoặc sử dụng tiếng Arab cùng các phương tiện truyền thông khác; 15) Duy trì mạng lưới người chỉ điểm quốc tế bằng cách dùng những tổ chức nổi tiếng, chẳng hạn như Liên minh sinh viên Iraq.
An ninh quân đội (al-Amn al-‘Askari)
Thuở ban đầu nó là một phần của Cục đặc biệt Istikhabarat, đến năm 1992, Saddam Hussein đã thành lập al-Amn al-‘Askari như một thực thể độc lập chịu trách nhiệm báo cáo trực tiếp cho Phủ Tổng thống thay vì phải qua Bộ Chỉ huy quân sự hoặc Bộ Quốc phòng. Đơn vị này được thành lập sau khi Saddam phát hiện những xào xáo trong quân đội. Người đứng đầu Al-Amn al-Askari là Thabet Khalil al-Tikriti. An ninh quân đội đảm nhiệm các trọng trách như: 1) Phát hiện và chống bất đồng chính kiến ngay trong các lực lượng vũ trang Iraq; 2) Điều tra những hành vi tham nhũng và biển thủ ngay trong các dịch vụ vũ trang; 3) Giám sát mọi thông tin và các đơn vị trong các lực lượng vũ trang.
Vệ binh cộng hòa đặc biệt (Al-Haris al-Jamhuri al-Khas)
Al-Haris al-Jamhuri al-Khas (Vệ binh cộng hòa đặc biệt hay còn có tên gọi khác là Các lực lượng bảo vệ đặc biệt vệ binh cộng hòa) được mở rộng thần tốc trong cuộc chiến tranh Iran-Iraq. Cơ quan này được thành lập nhằm hoạt động như một người bảo vệ pháp quan sau cuộc chiến tranh Vùng Vịnh năm 1991. Qusay Hussein đứng đầu đơn vị này trong đó cung cấp cơ chế bảo vệ an ninh cho mọi địa điểm thuộc về Tổng thống bao gồm các văn phòng làm việc và tư dinh cá nhân cũng như tháp tùng Saddam Hussein khi ông đi lại trong nước.
Vệ binh cộng hòa đặc biệt (SRG) thường có khoảng 15.000 người, nhưng theo một số ước tính thì đơn vị này có khoảng 13 tiểu đoàn với quân số lên tới 26.000 người. SRG được tổ chức thành 4 lữ đoàn với 3 lữ đoàn canh giữ các tuyến đường Bắc, Nam và Tây vào Baghdad. Thêm nữa, đơn vị này còn có bộ chỉ huy pháo binh và phòng không. Al-Amn al-Khas thực hiện quyền kiểm soát hoạt động đối với SRG.
Saddam Hussein với tình báo Đức 
Tiết lộ của đặc vụ CIA từng thẩm vấn Saddam Hussein 
