NEFIS ra đời trong năm 1941 khi Tư lệnh Hải quân Hà Lan là Phó đô đốc C.E.L. Helfrich đặc phái sĩ quan liên lạc đến Ủy ban Hải quân khối thịnh vượng chung Australia đặt trụ sở tại Melbourne. Đại úy Salm được cử tham gia vào công tác tình báo. Tổ chức tình báo do Salm sáng lập có tên là Cục tình báo Lục Hải quân (NAIS).
Khi Nhật Bản xâm lược NEI vào tháng 2/1942, đã có một số các quan chức cao cấp và nổi tiếng của chính phủ NEI được lệnh chuyển sang Australia, trong đó có một số sĩ quan tham mưu của Quân đội Hoàng gia Đông Ấn Hà Lan (K.N.I.L.) gồm Thiếu tá Jhr. J.M.R. Sandberg, các Đại úy Dirk Cornelis Buurman van Vreeden, G.L. Reinderhoff, S.H. Spoor và H.J. de Vries. Sau đó, Trung tá N.L.W. van Straten từ Timor, và đội trưởng quân cảnh F. van der Veen.
Hoạt động tại Australia năm 1942-1945
Tháng 4/1942, Cục tình báo Lục - Hải quân (NAIS) được mở rộng thêm bao gồm Thiếu tá Spoor. Đại úy Reinderhoff trở thành nhân viên đầu tiên của ông Spoor. Trung úy Hải quân hạng nhất J.A.F.H. Douw van der Krap cũng góp mặt. Tổng cộng có khoảng 50 nam nữ quân nhân làm việc cho NAIS. Cái tên NEFIS khi đó nổi lên vì những kết nối với các nhân viên khác của phe Đồng Minh, tất cả đều nói tiếng Anh làm ngôn ngữ công sở và cái tên Hà Lan không được cho là thực tế. Trong những cuộc tiếp xúc với các lực lượng Đồng minh, NAIS kể từ đó được mang tên là Cục tình báo các lực lượng (NEFIS). Giai đoạn khởi động của NEFIS gặp nhiều trục trặc. Giới chức Hà Lan đã hợp tác nhiều nhất có thể với phe Đồng minh mà cụ thể là với Tổng tư lệnh của họ là Tướng quân Douglas MacArthur.
Tuy nhiên, chi cục Hà Lan nằm ngay bên trong các dịch vụ thu thập tình báo (phải hợp tác theo Cục tình báo Đồng minh - AIB) hiếm khi có thể cung cấp hoặc đóng góp thông tin quan trọng trong ngắn hạn kể từ khi bắt đầu là con số 0. Trong giai đoạn từ tháng 4/1942 đến tháng 4/1943, NEFIS đã chịu áp lực rất lớn khi chưa hiệu quả. Bộ tham mưu Mỹ rất cần các thông tin về địa lý, địa hình của NEI mà cụ thể là New Guinea. Tháng 4/1943, NEFIS được tái cơ cấu. Đó cũng là sự khởi đầu chính thức của NEFIS.
Khi các cơ quan tình báo khác nhau của quân Đồng Minh đã được hợp nhất và trực tiếp đặt dưới quyền chỉ huy của người đứng đầu bộ phận tình báo G2 trực thuộc bộ tham mưu của Tướng Douglas MacArthur, Thiếu tướng Charles Willoughby, NEFIS cũng ngày càng tăng kết nối với Bộ Tư lệnh cấp cao Đồng minh mặc dù vẫn tiếp tục hoạt động với sự thiếu hụt nhân sự và nhân lực khi tái cấu trúc.
Ngay lúc này NEFIS được chia thành 3 tổ: 1. Tổ 1 chuyên về thu thập, xử lý, phân phối toàn bộ tình báo liên quan đến NEI và có thể quan trọng cho cuộc chiến (tình báo tác chiến, thẩm vấn, tình báo địa lý, tóm tắt tình báo, thông tin và sổ đăng ký địa hình, diễn dịch hình ảnh, đánh giá báo chí, nghiên cứu); 2. Tổ 2 chuyên về an ninh của các lực lượng vũ trang Hà Lan ở Australia (An ninh); 3) Tổ 3 chuyên thu thập tình báo theo cách đặc biệt và thực hiện “Tác chiến đặc biệt” (Những nhiệm vụ chỉ huy trong lãnh thổ địch). Giờ đây tổ 1 đặt dưới sự chỉ huy của Thiếu tá Spoor (Phó giám đốc); tổ 2 đặt dưới quyền của Trung úy chỉ huy Douw van der Krap (Phó giám đốc) và tổ 3 đặt dưới quyền Trung úy chỉ huy J. Quéré (Phó giám đốc). Sau đó tổ 3 có sếp mới là Trung úy chỉ huy L Brouwer. Hồi đầu cuộc chiến, NEFIS chỉ quan tâm đến việc thu thập tình báo từ NEI do người Nhật chiếm đóng (Tổ 1).
Sau đó, các hoạt động gián điệp và phá hoại cũng được thêm vào và được thực hiện bởi các điệp viên được gọi là “đội” được thả xuống lãnh thổ chiếm đóng bằng máy bay và tàu ngầm (tổ III). Những đơn vị lính biệt kích đã trải qua những thời khắc đặc biệt khó khăn, nhiều người hy sinh trong thời kỳ đầu. NEFIS đã đánh giá sai lầm nghiêm trọng về tình hình mới phát sinh tại các vùng lãnh thổ bị chiếm đóng. Trong khi đó, người Nhật đã thiết lập một mạng lưới gián điệp rộng khắp cũng như triệt để lợi dụng tình cảm ái quốc trong dân chúng Indonesia. Đối với lính biệt kích bị bắt khi được cử đi công tác, đồng nghĩa cầm chắc cái chết. Các đội cũng được thả xuống lãnh thổ chiếm đóng New Guinea với sự tham gia của Đại úy F. van der Veen.
Hoạt động thăm dò tình báo
Charles Gesner van der Voort và Dorone van den Brandeler cùng thực hiện hoạt động tình báo mật ở Thượng Hải trong khi vẫn làm việc cho các công ty Hà Lan là Công ty Thương mại Hà Lan - Trung Quốc và Tuyến Java - Trung Quốc - Nhật Bản. Ông Dorone đến Thượng Hải năm 1935, còn ông Charles là 1939. Sau khi Thế chiến II bùng nổ ở Hà Lan, nhiều thanh niên trai tráng ở nước ngoài đã lên đường tòng quân. Charles có một người anh trai đang phục vụ trong quân đội, do đó ông được miễn đi lính, trong khi đó Dorone van den Brandeler đến Anh để di lính cho Lữ đoàn Công chúa Irene. Tháng 1/1942, Dorone đến Đông Ấn Hà Lan (NEI) với quân đoàn Insulinde cùng với người bạn học Lou Bierens de Haan. Khi đến nơi vào tháng 2/1942, NEI bị người Nhật tiếp quản và lính vẫn đồn trú ở Tích Lan (Sri Lanka).
Sau khi được đào tạo ở Tích Lan và Ấn Độ thuộc Anh (Raj thuộc Anh), Dorone và Haan lên đường sang Australia nơi họ phục vụ trong NEFIS III - Cục tình báo các lực lượng Đông Ấn Hà Lan - Tổ 3. Dưới sự chỉ huy của Dorone van den Brandeler, một trong những nhiệm vụ mật là đặt chân đến khu vực sông Digul thuộc New Guinea (thuộc địa Hà Lan) nhằm thăm dò sự hiện diện của quân Nhật ở đó. Họ nhận được sự giúp đỡ tận tình của các dân biểu Hà Lan và dân chúng Papua New Guinea. Sau khi thành lập Chính phủ lưu vong NEI ở Trại Columbia (Wacol, Brisbane) trong tháng 6, 8/1944, NEFIS càng được mở rộng hơn nữa và điền thêm 3 tổ mới là: Tổ 4 phụ trách Tình báo quân sự (M.I); và Tổ 5 phụ trách Tình báo dân sự (C.I); Tổ 6 chuyên về Hình ảnh kỹ thuật (T.P.S). Trong thời gian đó lực lượng nhân sự của NEFIS đã tăng lên hơn 300 người, đó là chưa bao gồm các nhân sự thuộc dân sự và Hải quân.
Trung tá S.H. Spoor hiện được bổ nhiệm làm tân thứ trưởng của NEFIS. Tổ 1 được chỉ huy bởi Thiếu tá G.L. Reinderhoff, tổ 2 đặt dưới quyền của Trung úy Hải quân J.C. Smit, tổ 3 chịu sự giám sát của Trung úy Hải quân A.A. Fresco, tổ 4 dưới quyền Trung úy phi công trên biển J.H. Perié, tổ 5 dưới quyền Tiến sĩ G.W. Locher. Tổ 6 vẫn chưa hoạt động. Tổ chức NEFIS hiện đã sẵn sàng cho cuộc xâm lược dự kiến vào Java và các lãnh thổ khác của NEI.
Những chiến dịch nổi tiếng
Phần lớn những hoạt động này là các chiến dịch kết hợp chủ yếu với nhân sự người Australia song cũng có cả nhân sự Mỹ. Lịch sử chính thức các chiến dịch và quản lý tác chiến đặc biệt Australia (SOA hay còn được biết đến dưới cái tên Cục dịch vụ liên Đồng minh (ISD) và Cục trinh sát dịch vụ (SRD) hiện nằm trong kho lưu trữ Thư viện Quốc gia Australia. Chiến dịch đầu tiên phải kể đến là Flounder do Đội 3 của NEFIS thực hiện, nó có liên quan đến hoạt động đổ bộ bằng tàu ngầm ở bờ biển phía Nam Ceram vào ngày 31/12/1942, và 8 lính biệt kích kiêm gián điệp (gồm Đại úy Nijgh và Trung sĩ J. Malawau) đã bị quân Nhật bắt giữ vào ngày hôm sau. Họ được giải lên thuyền đến Ambon, ngồi tù ở Fort Victoria, ít nhất 3 người trong số họ bị xử tử. Chiến dịch nổi tiếng thứ 2 là Firetree. Thượng úy Julius Tahija lãnh đạo Đội Firetree của NEFIS-III trong tháng 2/1945.
Nhóm cán bộ này bao gồm 10 người và có ý định thu thập thông tin chung và thông tin quân sự về Ambon cùng những khu vực lân cận nhằm có cái nhìn rõ hơn về lưu lượng tàu bè và máy bay Nhật, đồng thời lập các báo cáo thời tiết. Nhóm khởi hành từ Australia bằng tàu ngầm K XV (của Hà Lan) và trực chỉ đến Mangoli. Tahya đã xuống tàu ở đây cùng 5 đồng đội khác song quyết định trở lại Ambon do thiếu nơi hạ cánh lý tưởng để dỡ hàng. Ngày 12/9/1945, Tahya hạ cánh với các đồng đội ở bờ biển phía Đông Saparoea và quyết định quay về Australia; nhìn chung nhiệm vụ này đã cung cấp thông tin giá trị. Bên cạnh đó Whitting là chiến dịch nổi tiếng thứ 3. Theo đó Đội Whiting đã thực hiện hoạt động gián điệp trong năm 1943 trong đó 2 Trung sĩ Thijs Staverman và Leonard Siffleet từ Gunnedah đã được đặc phái đến New Guinea cùng với các hạ sĩ người Ambon là M. Raharing và H. Pattiwael.
Nhóm này lại chia thành 2 tốp nhỏ lấy bí danh lần lượt là “Whiting” và “Locust”. Đội Whiting lên đường đến Hollandia, trong khi Đội Locust tiếp tục hoạt động ở khu vực Nam và Đông Nam Aitape. Không ai sống sót trong chiến dịch này, 3 người bị chặt đầu. Mặt khác, chiến dịch Tiger (Hổ) cũng đáng lưu tâm. Các thành viên trong chiến dịch này được chia thành những toán nhỏ được đánh số từ 1 đến 6 và hoạt động chủ yếu trên đảo Java giữa tháng 11/1942 đến tháng 7/1943. Tổng cộng 10 lính biệt kích đổ bộ và được cho là bị bắt giữ và xử bắn vì không ai nhìn thấy họ nữa. Hay chiến dịch Mackerel (Cá Thu) cũng nổi tiếng không kém. Chiến dịch này được thực hiện bởi Lực lượng đế quốc Australia. 3 người đã đổ bộ lên đảo Java vào tháng 9/1942 nhằm thu thập tình báo. Họ đi cùng 2 thành viên của tàu ngầm K12 (Hà Lan), nhiệm vụ này đã bị hủy bỏ sớm.
Và chiến dịch Walnut (Quả óc chó) cũng là một hoạt động đặc biệt của NEFIS, chiến dịch này chia thành 3 giai đoạn diễn ra trên quần đảo Aroe, gồm Walnut I: 2 người đổ bộ vào tháng 7/1942 và quay trở về vào tháng 9; Walnut II: 2 người đổ bộ vào tháng 2/1943 và bị bắt giữ vào tháng 8, và bị hành quyết; Walnut III: ngày 12/7/1943, một hoạt động tuần tra trinh sát bao gồm 10 lính biệt kích tham gia. Những người này được đưa đến Djieo (đảo nhỏ ở phía bắc đảo Enoe) bằng thuyền gấp quân sự Hoehn. Có lẽ họ đã tử trận hết. Oaktree (Cây Sồi) là chiến dịch cuối cùng. Chiến dịch này diễn ra ở New Guinea (thuộc Hà Lan) dưới sự chỉ huy của Đại úy Jean Victor de Bruijn, khoảng 40 lính Hà Lan và Australia hoạt động ở khu vực cao nguyên Tây New Guinea suốt hơn 2 năm giữa tháng 12/1942 và tháng 7/1944.
Quay lại Đông Ấn Hà Lan
Năm 1945, NEFIS được tái cấu trúc sau khi quân phiệt Nhật đầu hàng. Cơ quan này thành lập nên một dịch vụ an ninh mới ở NEI trong tháng 9/1945, NEFIS chuyển từ Trại Columbia (Brisbane) đến NEI và tái thiết lập ở Batavia trên đảo Java. Sau thời kỳ khởi đầu đầy biến động, NEFIS bắt đầu thu thập thông tin về các nhóm chính trị gia mới ở địa phương. Cục tình báo đóng một vai trò quan trọng trong suốt giai đoạn chuyển tiếp cũng như cuộc chiến giành độc lập sau đó của Indonesia.
Năm 1948, NEFIS được sát nhập vào Cục tình báo Quân sự trung ương mới (CMIS). Cơ quan này đặt trực tiếp dưới quyền chỉ huy của Tướng Spoor. Giám đốc CMIS là Trung tá G.L. Reinderhoff, người đã chuyển đến Quân đội Hoàng gia Hà Lan sau khi chuyển giao NEI cho Cộng hòa Indonesia non trẻ. Trở lại Hà Lan, Korps Insulinde đã phát triển và trở thành quân đoàn lính biệt kích (KCT) hiện đại ngày nay.
Cơ quan đặc biệt Anh - Mỹ đặt tại đảo Cyprus? 
Cơ quan đặc biệt GRU Spetsnaz của Nga 
