Tuy nhiên, nhiều nhà khoa học lập luận rằng, các kho lưu trữ virus bệnh đậu mùa nên được duy trì trong thời gian vô hạn định. Tại sao? Bởi vì số virus mẫu này sẽ giúp phát triển những biện pháp chữa trị mới như là thuốc, vaccine và sự chẩn đoán trong trường hợp bệnh đậu mùa tái xuất hiện; đồng thời cũng cho phép các nhà nghiên cứu tìm hiểu tác động của bệnh đậu mùa đối với hệ miễn dịch của con người để từ đó hiểu thấu đáo hơn về những bệnh nguy hiểm khác như là AIDS.
Năm 1984, các mẫu virus bệnh đậu mùa của 74 phòng thí nghiệm hoặc là phải được tiêu hủy hoặc là di chuyển đến 2 kho lưu trữ được WHO phê chuẩn là Trung tâm Ngăn ngừa và Kiểm soát dịch bệnh Hoa Kỳ (CDCP) ở thành phố Atlanta bang Georgia (Mỹ) và Trung tâm Nghiên cứu virus học và công nghệ sinh học quốc gia Nga ở Koltsovo gần thành phố Novosibirsk. Nhiều quốc gia đang phát triển có lẽ đã chịu đựng sự tàn phá của dịch bệnh nên tán đồng kế hoạch tiêu hủy virus.
Nhưng WHO nhiều lần bị sức ép phải dời hạn tiêu hủy từ phía những quốc gia phát triển cao như là Mỹ do muốn tiếp tục nghiên cứu virus. Trong khi đó, nhiều quốc gia nghèo hơn coi nghiên cứu bệnh đậu mùa như là một sự xa xỉ tiềm ẩn nhiều nguy cơ; đây cũng được xem là mối đe dọa từ một số quốc gia thù địch cũng như bọn khủng bố (có thể đột nhập kho lưu trữ virus).
WHO buộc phải xem xét gia hạn thời gian tiêu hủy kho lưu trữ virus vào năm 2007 trong lúc chờ đợi sự đánh giá xem liệu có cần thiết tiếp tục nghiên cứu mẫu virus sống hay không. WHO cũng đã yêu cầu thành lập một nhóm chuyên gia riêng biệt (gọi là AGIES) gồm đội ngũ chuyên gia từ các quốc gia phát triển để xem xét báo cáo khoa học và quyết định có nên tiếp tục nghiên cứu hay không.
Grant McFadden, nhà nghiên cứu virus bệnh đậu mùa ở Đại học
