Cho dù đã có kết luận điều tra là vụ tai nạn của tàu ngầm USS Thresher có nguyên nhân từ sự cố kỹ thuật nhưng nghi vấn vẫn bao trùm xung quanh vụ tai nạn tàu ngầm hạt nhân đầu tiên này của Hải quân Mỹ.
Chiếc tàu ngầm hạt nhân USS Thresher được đóng mới tại Nhà máy đóng tàu hải quân Portsmouth vào tháng 1/1958 và được hạ thủy vào ngày 9/7/1960. Về thiết kế kỹ thuật, USS Thresher có tổng trọng tải lặn 3.770 tấn, dài 85m, ngang 9,7m và cao 8,7m, được trang bị một động cơ Westinghouse chạy năng lượng hạt nhân có thể đẩy tàu chạy với vận tốc tối đa 37km/giờ dưới mặt nước cùng với thủy thủ đoàn 112 người.
Nhiệm vụ của USS Thresher là tuần tra bảo vệ an ninh, phòng chống sự thâm nhập của tàu ngầm đối phương, tại vùng biển phía đông nước Mỹ kéo dài từ bang Maine ở phía bắc xuống tận bang Florida ở phía nam. Cứ 9 tháng một lần, USS Thresher lại quay về quân cảng Portsmouth để được kiểm tra, bảo trì, duy tu và lắp đặt thêm thiết bị và vũ khí mới.
Chiều ngày 9/4/1963, USS Thresher xuất phát từ quân cảng Portsmouth cùng tàu USS Skylark, một tàu cứu hộ tàu ngầm, để thực hiện nhiều chuyến lặn sâu thử nghiệm. Trên tàu, ngoài 112 sĩ quan và thủy thủ đoàn còn có sự hiện diện của 17 chuyên viên kỹ thuật tàu ngầm của Hải quân Mỹ có nhiệm vụ kiểm tra và đánh giá các chuyến lặn thử nghiệm của đợt huấn luyện.
Vào lúc 7h47' ngày 10/4/1963, tàu USS Thresher thực hiện chuyến lặn sâu thử nghiệm đầu tiên ở tọa độ 200km thuộc vùng biển phía đông mũi Cape Cod, bang Massachusetts, dưới sự giám sát của tàu USS Skylark.
Thế nhưng, chỉ 20 phút sau, tàu USS Skylark bỗng mất tín hiệu liên lạc với tàu USS Thresher sau khi từ dưới biển sâu phát ra những âm thanh và rung động kỳ lạ giống như sự pha trộn tiếng rào rào của nước biển bị khuấy động cùng tiếng hú của không khí khi bị hút và tiếng nổ mạnh.
Vào thời điểm đó, tàu USS Skylark cũng bị gián đoạn liên lạc thông tin một cách khó hiểu với Bộ Chỉ huy tàu ngầm của Hạm đội Đại Tây Dương (COMSUBLANT) trong vòng vài phút.
Sau khi thông tin được nối lại, COMSUBLANT tức tốc điều động một đội tàu cứu hộ, trong đó có tàu lặn nghiên cứu đáy biển Trieste, có thể lặn đến độ sâu 4.000m, đến hiện trường để tổ chức cứu nạn cho tàu USS Thresher.
Thế nhưng mọi cố gắng đều không mang lại kết quả, bị chìm ngay trong chuyến lặn thử nghiệm đầu tiên, tàu USS Thresher bị vỡ thành nhiều phần nằm rải rác trên một diện tích 134.000m2 ở độ sâu 2.500m dưới đáy biển. Không ai trong số 129 người có mặt trên tàu ngầm hạt nhân vào thời điểm xảy ra tai nạn còn sống sót.
Thông tin về vụ tai nạn của tàu USS Thresher được loan tin đã khiến dư luận Mỹ rúng động không chỉ vì đây là vụ tai nạn tàu ngầm hạt nhân đầu tiên của Hải quân Mỹ, mà còn vì sự tuyên truyền lâu nay của Hải quân Mỹ là tàu ngầm chạy bằng năng lượng hạt nhân là tuyệt đối an toàn.
Tổng thống John Kennedy một mặt ra lệnh thành lập một ủy ban đặc biệt để điều tra về vụ tai nạn, mặt khác ra lệnh cho Hải quân Mỹ triển khai ngay việc kiểm tra độ an toàn của các tàu ngầm chạy bằng năng lượng hạt nhân khi ông nhận được báo cáo.
Kể từ khi hạ thủy cho đến khi gặp tai nạn, chiếc USS Thresher đã ba lần gặp sự cố kỹ thuật, trong đó sự cố nghiêm trọng nhất xảy ra vào tháng 11/1961 khi lò phản ứng hạt nhân trên tàu ngầm đột ngột ngưng hoạt động khiến điện bị mất làm nhiệt độ trong tàu tăng cao.
Kết luận điều tra về vụ tai nạn của tàu USS Thresher cho biết, do thực hiện chuyến lặn thử nghiệm ở tốc độ cao nên nhiều chiếc tán của lớp kim loại giảm áp bên trái tàu ngầm bị bung ra làm nước tràn vào buồng máy.
Tuy đã cố gắng cô lập các phần bị ngập nước và tiến hành bơm nước ra để nổi lên nhưng áp lực nước quá mạnh đã xé toạc một phần tàu ngầm khiến nó bị chìm nhanh rồi vỡ thành nhiều phần khi va chạm với đáy biển.
Tuy đã có kết luận chính thức về nguyên nhân tai nạn, nhưng nghi vấn vẫn bao trùm xung quanh vụ tai nạn bí ẩn của tàu ngầm USS Thresher.
Một cuộc điều tra độc lập được thực hiện bởi nhóm các chuyên viên cao cấp của Hải quân, Học viện Kỹ thuật Massachusetts (MIT) do cựu Đô đốc Hymen Rickover, được xem là cha đẻ của đội tàu ngầm hạt nhân của Hải quân Mỹ, dẫn đầu, được triển khai vào năm 1983, đã đưa ra kết luận rằng, từ một cuộc thử nghiệm vũ khí bắn chùm tia điện từ (EMI) phát ra từ một tàu chiến hay một tàu ngầm khác, có thể là tàu chiến hay tàu ngầm của một quốc gia nào đó, hay cũng có thể từ tàu chiến hay tàu ngầm của Hải quân Mỹ, đã khiến hệ thống điều khiển điện tử và thông tin liên lạc của chiếc USS Thresher rối loạn và bị phá hủy.
Mất phương hướng, tàu USS Thresher quay tròn theo chiều thẳng đứng rồi đâm xuống đáy biển vỡ thành nhiều phần. Điều này cũng phù hợp với báo cáo của tàu ngầm USS Skylark là ngay sau khi mất tín hiệu liên lạc với chiếc USS Thresher, tàu USS Skylark cũng bị gián đoạn thông tin liên lạc với sở chỉ huy trong vòng vài phút.
Các chuyên viên điện từ của MIT cho rằng những tia điện từ được phóng đi đã làm gián đoạn thông tin liên lạc của tàu Skylark cùng lúc với tàu USS Thresher. Các sĩ quan trên tàu USS Skylark còn khai báo với các chuyên viên điều tra của Đô đốc Rickover rằng, họ có nghe tiếng rào rào phát ra từ dưới mặt biển vài giây trước khi mất liên lạc với tàu USS Thresher.
Vào thập niên 60 thế kỷ XX, Mỹ, Liên Xô và nhiều quốc gia phương Tây bắt đầu bí mật tiến hành nghiên cứu loại vũ khí bắn chùm tia điện từ có chức năng làm tê liệt mọi hoạt động điện tử từ các căn cứ quân sự, các tàu chiến và cả các cơ quan đầu não của đối phương. Loại vũ khí này có thể được lắp đặt trên các xe quân sự, máy bay, tàu chiến, kể cả tàu ngầm.
Theo điều tra của nhóm của Đô đốc Rickover thì vào ngày 8/4/1963, Hải quân Mỹ có tiến hành thử nghiệm loại vũ khí bắn chùm tia điện từ với mục tiêu là tiêu diệt tàu ngầm đối phương xâm nhập lãnh hải Mỹ ở vùng biển ngoài khơi bang Florida 150km.
Có thể một cuộc thử nghiệm tương tự tại vùng biển ngoài khơi bang Massachusetts đã gây tai nạn cho tàu USS Thresher và làm gián đoạn thông tin liên lạc của tàu USS Skylark
