Kinh Koran bị đem đốt hôm 20/3 nhưng người dân Afghanistan chỉ biết đến điều đó sau khi Tổng thống Hamid Kazai lên tiếng kết án hành động này 4 ngày sau đó. Vụ đốt diễn ra ở Dove Outreach Center tại Gainsville, Florida, cũng là nơi mà mục sư Terry Jones đã từng hăm dọa đem đốt hồi tháng 9 năm ngoái để trả thù loạt tấn công nhắm vào New York ngày 11/9/2001, nhưng trước áp lực của dư luận, mục sư Jones đã cam kết không đốt kinh Koran.
Hành động xúc phạm kinh Koran trên đã gây cơn phẫn nộ đối với hàng triệu tín đồ Hồi giáo trên khắp thế giới, khiến tinh thần bài Mỹ trở nên trầm trọng hơn, đồng thời làm căng thẳng thêm mối quan hệ giữa chính quyền Afghanistan với phương Tây. Để trả đũa hành vi của mục sư Terry Jones, ngày 1/4, đã có từ 2.000 đến 3.000 người Afghanistan biểu tình tấn công vào văn phòng Liên Hiệp Quốc (LHQ) tại thành phố Maraz-i-Sharif, từ lâu vốn có tiếng là ôn hòa ở miền Bắc Afghanistan. Người biểu tình đập phá và giết chóc, hậu quả đưa đến cái chết của 4 người biểu tình và 7 nhân viên người nước ngoài thuộc LHQ.
Staffan de Mistura, đặc sứ hàng đầu của LHQ cho biết, 4 lính gác tòa nhà LHQ người Nepal bị giết mà không hề nổ súng. Ba nạn nhân còn lại gồm một người Thụy Điển, một nữ phi công người Na Uy và một người Romania. Trưởng phái bộ Nga cũng bị đánh đập nhưng được tha sau khi ông nói rằng, ông cũng là người theo Hồi giáo. Sau biến cố này, ông Staffan de Mistura cho biết phải tạm di chuyển 11 nhân viên từ Maraz-i-Sharif lên Kabul.
Phát biểu với các phóng viên, ông Mistura khẳng định: "Vụ tấn công nhắm vào phái bộ LHQ sẽ không ngăn cản được sự hiện diện của cơ quan này ở Afghanistan. Đây không phải là triệt thoái mà chỉ tạm dời chỗ vì văn phòng chúng tôi bị hư hại không còn hoạt động được. Chúng tôi sẽ trở lại chừng nào có được một văn phòng với an ninh cần thiết".
Vụ tấn công nhằm vào văn phòng của LHQ làm dấy lên những lo ngại về kế hoạch của Tổng thống Hamid Karzai và liên quân quốc tế về việc chuyển giao trách nhiệm kiểm soát an ninh ở Maraz-i-sharif, cùng với 6 khu vực khác, cho các lực lượng Afghanistan từ ngày 1/7 tới. Đây cũng là vụ tấn công tồi tệ nhất nhằm vào LHQ tại Afghanistan kể từ khi Taliban bị lật đổ năm 2001.
Chưa dừng lại ở đó, đến ngày 2/4, làn sóng biểu tình tiếp tục lan rộng từ miền Bắc xuống miền Nam Afghanistan. Hơn 2.000 người dân Afghanistan đã tổ chức biểu tình để phản đối vụ đốt Kinh Koran ở Mỹ tại Kandahar, thành phố lớn nhất ở miền Nam Afghanistan và cũng là thành trì cũ của Taliban. Khói đen tỏa mù mịt cả thành phố và người ta có thể nghe tiếng súng nổ ở khắp nơi. Cảnh sát Kandahar đã phải bắn chỉ thiên để ngăn chặn đám đông biểu tình tiến tới các văn phòng của LHQ và các trụ sở chính quyền. Cuộc biểu tình sau đó đã biến thành xung đột bạo lực. Theo một bác sĩ, 4 người đã thiệt mạng và 32 người khác bị thương trong các cuộc biểu tình trên.
Cũng trong ngày 2/4, các giới chức NATO cho biết một nhóm người biểu tình quá khích đã tấn công một căn cứ của liên minh ở Kabul. NATO cho hay 3 người biểu tình, bị nghi là phiến quân khủng bố, trong đó có 2 kẻ nổ bom tự sát, đã bị hạ sát sáng sớm 2/4 khi họ tấn công Trại Phoenix ở thủ đô Kabul. Ba quân nhân của NATO bị thương nhẹ.
Ngày 3/4, biểu tình tiếp diễn ở Kandahar cùng các huyện Dand và Panjwayi gần kề. Quan chức cấp cao phụ trách y tế của tỉnh trên, Abdul Qayoum Pukhla cho biết, có 16 người bị thương do đạn bắn, trong đó có 2 cảnh sát. Trước đó, khoảng 1.000 người đã phong tỏa tuyến quốc lộ chính ở miền Đông Afghanistan nối từ thủ đô Kabul đến Jalalabad và đốt cờ Mỹ. Hàng trăm sinh viên tại Jalalabad hô hào các khẩu hiệu bài Mỹ và đòi Washington xét xử mục sư Jones.
Trong cuộc điện đàm mới đây, Tổng thư ký LHQ Ban Ki-moon nói với Tổng thống Afghanistan Hamid Karzai rằng, ông lo ngại và kinh động vì vụ tấn công này. Ông cũng nói chuyện qua điện thoại với Thủ tướng Nepal, Jhala Nath Khanal, Ngoại trưởng Na Uy, Thụy Điển và Romania để bày tỏ lời chia buồn sâu sắc về cái chết của công dân nước họ trong vụ tấn công này.
Tổng Thư ký Ban Ki-moon gọi vụ giết các nhân viên của LHQ là "đáng phẫn nộ và hèn nhát", không thể đưa ra bất kỳ lý do gì để biện minh. Tư lệnh Lực lượng Mỹ và NATO ở Afghanistan, tướng David Petraeus, Tổng thư ký NATO Anders Fogh Rasmussen và cộng đồng quốc tế đã đồng loạt lên án một cách mạnh mẽ vụ tấn công này.
Tổng thống Mỹ Barack Obama đã dùng những lời lẽ nặng nề nhất để lên án vụ sát hại này. Ông Obama đã lên án vụ đốt Kinh Koran và nói rằng, hành động xúc phạm Kinh Thánh của bất cứ tôn giáo nào, kể cả kinh Koran, là một hành động bất khoan dung và mù quáng cực đoan. Tuy nhiên, nhà lãnh đạo Mỹ khẳng đỉnh: Tấn công và giết chết những người vô tội để trả đũa, là một hành động "vô nhân đạo, và là một sự sỉ nhục đối với phẩm giá con người". Tổng thống kêu gọi mọi phe phái tại Afghanistan từ bỏ bạo lực và giải quyết mẫu thuẫn bằng đối thoại.
Tại cuộc họp báo hôm 1/4, phát ngôn viên Bộ Ngoại giao Mỹ Mark Toner khẳng định: "Nhà thờ ở Florida nằm bên ngoài dòng chính của các tôn giáo ở Mỹ và hành động của nhà thờ này đi ngược với những giá trị của người Mỹ. Đây chỉ là một hành động đơn lẻ của một nhóm người rất nhỏ. Hành động này không phản ánh sự kính trọng mà nhân dân Mỹ dành cho Hồi giáo".
Cho đến nay, những nhân vật đứng đầu nhà thờ ở Florida đốt kinh Koran trong cuộc biểu tình chống Hồi giáo đã chối bỏ trách nhiệm đối với những vụ bạo động diễn ra sau đó. Tổng thống Afghanistan Hamid Karzai đã đề nghị chính quyền Mỹ đưa ra xét xử những đối tượng liên quan vụ việc này
