Thí sinh phải nộp lệ phí xét tuyển trực tuyến qua Cổng dịch vụ công quốc gia để các nguyện vọng xét tuyển đại học, cao đẳng trên hệ thống xét tuyển chung có hiệu lực. Phí đăng ký là 15.000 đồng một nguyện vọng, giảm 5.000 đồng so với năm 2024.
Hệ thống xét tuyển chung của Bộ GD&ĐT cho phép thí sinh sử dụng 1 trong 19 kênh thanh toán khác nhau, trong đó có các kênh thanh toán ngân hàng gồm: Vietcombank, Vietinbank, Agribank, BIDV, SHB; VPBank, TPBank, MBBank, HDBank.
Các tổ chức trung gian thanh toán: Các ngân hàng khác qua VNPT Money, Vietnam Post, Ngân lượng, Payoo, Napas, HPay; các ví điện tử như VNPT Money, MoMo, Viettel Money; kênh thanh toán di động VNPT Mobile Money.
Để tránh quá tải lên hệ thống, Bộ GD&ĐT chia lịch thanh toán lệ phí xét tuyển đại học ở các tỉnh thành cụ thể như sau:
Theo thống kê của Bộ GD&ĐT, tính đến thời điểm đóng cổng đăng ký xét tuyển đại học, cao đẳng, hệ thống xét tuyển chung của bộ ghi nhận gần 850.000 thí sinh đăng ký xét tuyển với hơn 7,6 triệu nguyện vọng xét tuyển đại học, cao đẳng, trong đó, trung bình 8,96 nguyện vọng/thí sinh.
Bộ GD&ĐT lưu ý, toàn bộ quy trình thanh toán lệ phí xét tuyển đều thực hiện theo hình thức trực tuyến. Để đủ điều kiện tham gia xét tuyển đại học, cao đẳng, thí sinh phải thực hiện thanh toán lệ phí xét tuyển, nếu không hệ thống của Bộ GD&ĐT sẽ chưa ghi nhận thí sinh đăng ký xét tuyển thành công.
Trong trường hợp thí sinh chưa có tài khoản ngân hàng, có thể nhờ người thân, thầy cô làm hộ. Các Sở GD&ĐT sẽ hỗ trợ thanh toán trong trường hợp thí sinh không tự thực hiện được, đặc biệt là với những em có hoàn cảnh khó khăn, ở vùng sâu, vùng xa.
Thí sinh nộp lệ phí xét tuyển đại học trong 7 ngày 
Hơn 1/3 thí sinh thanh toán lệ phí xét tuyển đại học trực tuyến thành công 
