Trước đó, Tổng thống Begnito Aquino đã tới thành phố này và cảnh báo, chính phủ sẽ không do dự dùng vũ lực để chấm dứt cuộc khủng hoảng an ninh nghiêm trọng nhất kể từ năm 2010. Tuy nhiên hiện vẫn còn hơn 100 thường dân bị MNLF giữ làm con tin, chính quyền thành phố Zamboanga trên tài khoản Twitter viết rằng, cảnh sát sẽ không ngừng bắn. Theo thống kê, tính đến sáng 14/9 (sau 5 ngày giao tranh) đã có 52 người chết, trong đó có 4 dân thường.
Ngày 13/9, điều phối viên nhân đạo Liên Hợp Quốc tại Philippines Luiza Carvalho kêu gọi “mở hành lang an toàn cho dân thường bị kẹt trong xung đột”, thúc giục các bên liên quan tôn trọng và bảo vệ quyền của dân thường, đặc biệt lưu ý đến phụ nữ và trẻ em, tránh những đau thương không cần thiết thông qua việc chấm dứt bạo lực.
Theo số liệu của Văn phòng Điều phối viện trợ nhân đạo (OCHA), xung đột vũ trang nổ ra từ ngày 9/9 giữa lực lượng chính phủ và MNLF đã khiến hơn 16.000 người phải rời bỏ nhà cửa đi lánh nạn tại 20 trung tâm sơ tán khắp thành phố Zamboanga. Ước tính có khoảng 136.000 người bị ảnh hưởng bởi bạo lực, trong đó một số lượng không nhỏ còn kẹt lại trong các ngôi làng duyên hải, không thể tiếp cận được các trung tâm sơ tán
