Tháng 7/2001, Thủ tướng Chính phủ ra quyết định thu hồi hơn 87 ha đất tại phường Bình Trưng hiện nay để giao cho Công ty Dịch vụ phát triển Đô thị thành phố (sau đổi thành Công ty CP địa ốc Thủ Thiêm - một công ty thành viên của Tổng Công ty địa ốc Sài Gòn) sử dụng hơn 85 ha để đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật chính Khu đô thị An Phú. Giao UBND thành phố quản lý 2,2 ha còn lại để mở rộng tuyến đường Lương Định Của. Quyết định này nói rõ, sau khi xây dựng xong hạ tầng kỹ thuật chính đô thị, chủ đầu tư phải bàn giao toàn bộ diện tích đất cho UBND thành phố quyết định việc giao đất, cho thuê đất để đầu tư dự án thành phần.
Tuy nhiên, ngay từ năm 2000, UBND thành phố đã thay đổi phương án, chấp thuận cho 13 doanh nghiệp tham gia đầu tư dự án thành phần tại khu đô thị này. Riêng chủ đầu tư được thành phố giao thực hiện việc bồi thường, giải toả và đầu tư hệ thống hạ tầng kỹ thuật chính của dự án trên khu đất hơn 23,5 ha, gồm 5 tuyến đường trục, 3 công viên cây xanh và các công trình hạ tầng kỹ thuật đồng bộ.
Tuy nhiên, đến khi Thanh tra thành phố vào cuộc, chủ đầu tư mới chỉ bồi thường được 99 trong tổng số 222 hồ sơ với diện tích khoảng 14,8ha dù thời gian triển khai dự án đã kéo dài 26 năm. Đến nay chủ đầu tư này cũng chỉ mới làm được 875m đường chính, đạt 90% khối lượng của 1 tuyến trục chính, các hạng mục khác chưa triển khai. Đối với phần diện tích 2,2 ha thuộc lộ giới đường Lương Định Của, đến tháng 4 vừa qua UBND thành phố mới ra quyết định điều chỉnh ra khỏi diện tích đất Khu đô thị An Phú để giao UBND phường Bình Trưng phối hợp với Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình giao thông thực hiện bồi thường, giải toả; đồng thời yêu cầu Công ty CP địa ốc Thủ Thiêm có trách nhiệm hoàn trả lại ngân sách thành phố đối với phần kinh phí bồi thường cho phần diện tích đất giao thông trên và phối hợp với các chủ đầu tư dự án thành phần xác định trách nhiệm đóng góp phần kinh phí này. Phần diện tích đất mở rộng đường sau 26 năm mới được thu hồi đã khiến Dự án mở rộng tuyến đường Lương Định Của bị chậm tiến độ hàng chục năm do đoạn chạy qua phần đất dự án trên không được bàn giao.
Đối với 13 dự án thành phần, đến khi thanh tra vào cuộc, mới chỉ có 8 dự án hoàn thành việc bồi thường, giải phóng mặt bằng, được thành phố giao đất, cấp “sổ hồng” và triển khai đầu tư. Các dự án này gồm Dự án nhà ở của Công ty TNHH MTV XD và KD nhà Phú Nhuận; Công ty TNHH XD TM Tân Tạo; Công ty CP đầu tư và dịch vụ thành phố; Công ty CP phát triển nhà Thủ Đức; Công ty TNHH Tiến Phước; Công ty CP BĐS Nova Lexington; Công ty CP BĐS xây lắp dầu khí Việt Nam và dự án khu nhà ở thương mại, dịch vụ và bệnh viện đa khoa do Công ty TNHH TMDV Mỹ Mỹ làm chủ đầu tư.
Ngoài ra có 2 dự án đã hoàn thành việc bồi thường nhưng chưa được giao đất hoặc chưa hoàn tất thủ tục để triển khai, gồm Dự án khu nhà ở thương mại và dịch vụ có diện tích 6,9 ha do Công ty CP đầu tư phát triển Sài Gòn Co.op làm chủ đầu tư và Dự án khu nhà ở gần 6,2 ha do công ty CP địa ốc Thủ Thiêm làm chủ đầu tư; 3 dự án chưa hoàn thành việc bồi thường là Dự án khu nhà ở tái định cư 3,7 ha của Công ty CP địa ốc Thủ Thiêm và các Dự án của Công ty TNHH TMDV Khôi Minh, Công ty TNHH M2M.
Thanh tra thành phố xác định, Dự án khu nhà ở do Công ty TNHH XD TM Tân Tạo làm chủ đầu tư có diện tích 2,26 ha, nguồn gốc dự án được chuyển nhượng lại từ Công ty DV dầu khí Sài Gòn. Dự án đã có 113 nền đất được cấp “sổ hồng” cách đây 11-12 năm, nhưng đến nay mới chỉ có 7 căn nhà được người dân xây dựng, cấp Giấy chứng nhận quyền sở hữu. Tại dự án thành phần này còn có 3.032m2 đất công, được thành phố cho phép hoán đổi bằng quỹ đất đã hoàn chỉnh dự án hạ tầng, nhưng đến nay việc hoán đổi chưa hoàn tất do chưa đảm bảo về hạ tầng. Dự án khu nhà ở do Công ty CP đầu tư và dịch vụ thành phố có diện tích hơn 2,23ha, sau khi được thành phố giao đất làm dự án thành phần, công ty này đã đem đất đi hợp tác với các đối tác khác để thành lập Công ty TNHH ĐT & DV Kiến Á để làm dự án Công viên Thịnh Vượng. Hiện dự án đã hoàn thành việc xây dựng chung cư, trung tâm thương mại và một số công trình hạ tầng kỹ thuật. Tuy nhiên, trong dự án thành phần này có 6.304m2 đất công, được hoán đổi bằng nền đất cho thành phố tại Dự án khu dân cư Cát Lái. Dự án khu nhà ở do Công ty CP Tiến Phước làm chủ đầu tư có diện tích gần 4,8 ha, sau khi được giao đất, công ty này đã đem diện tích đất làm dự án thành phần trên đi góp vốn vào Công ty TNHH liên doanh Estella. Hiện dự án đã hoàn thành việc xây dựng chung cư và hạ tầng kỹ thuật, nhưng phần diện tích 13.238m2 đất do Nhà nước quản lý. Thanh tra thành phố nêu rõ, trách nhiệm hoán đổi đối với khu đất do Nhà nước quản lý chưa được Công ty TNHH Tiến Phước hoàn tất…
Thanh tra thành phố cho rằng, vướng mắc chính hiện nay ở khu đô thị này là do Dự án đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật chính gặp khó khăn, vướng mắc trong việc bồi thường, giải phóng mặt bằng và việc huy động kinh phí đóng góp từ các chủ đầu tư dự án thành phần. Chi phí bồi thường đã tăng cao do thời gian triển khai kéo dài. Mặt khác, trong quá trình triển khai, Công ty CP địa ốc Thủ Thiêm với vai trò là chủ đầu tư hạ tầng kỹ thuật chính chưa hoàn thành việc đầu tư xây dựng các hạng mục hạ tầng theo tiến độ dự án; nhiều hạng mục đến nay vẫn chưa hoàn thành theo quy hoạch được duyệt. Trong khi đó, công ty này chưa thống nhất được với các nhà đầu tư dự án thành phần về tổng mức đầu tư tăng thêm. Thậm chí một số chủ đầu tư dự án thành phần vẫn chưa thực hiện đủ nghĩa vụ đóng góp tiền để làm hạ tầng kỹ thuật chính.
Thời gian qua, UBND thành phố đã nhiều lần chỉ đạo nhằm thúc đẩy tiến độ dự án này. Song Sở Nông nghiệp và Môi trường cùng UBND phường Bình Trưng chưa thực hiện xong chỉ đạo của thành phố vào tháng 7/2025. Thậm chí, trước đó vào các năm 2014 và 2023 Sở tài Nguyên Môi trường (cũ) đã 2 lần thực hiện thanh tra toàn diện dự án Khu đô thị An Phú và thanh tra về việc đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật chính của dự án nhưng đến nay các nội dung kiến nghị tại 2 lần thanh tra này vẫn chưa được thực hiện xong.
Trách nhiệm đối với những tồn tại, hạn chế ở dự án này được Thanh tra thành phố nêu rõ thuộc về chủ đầu tư hạ tầng kỹ thuật chính, một số chủ đầu tư dự án thành phần và các cơ quan liên quan. Xác định dự án thuộc trường hợp được áp dụng cơ chế, chính sách đặc thù để tháo gỡ khó khăn, vướng mắc, do đó Sở Tài chính có trách nhiệm phối hợp với các cơ quan liên quan rà soát, tham mưu UBND thành phố xem xét, quyết định.