Theo Vụ Kế hoạch - Tài chính, Bộ GD&ĐT, quy định về chính sách học phí các cấp học căn cứ theo theo Nghị định 86/2015/NĐ-CP, Nghị định số 127/2018/NĐ-CP và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Giáo dục đại học (GDĐH) 2018. Các cơ sở (CS) GDĐH công lập tự bảo đảm chi thường xuyên, đồng thời đáp ứng điều kiện tự chủ theo quy định tại Điều 32, Luật GDĐH.
Theo đó, các CS được tự chủ xác định mức thu học phí trên cơ sở định mức kinh tế kỹ thuật và lộ trình tính đúng, tính đủ chi phí đào tạo. Trong quá trình thực hiện tự chủ, cơ sở đào tạo cần xây dựng và ban hành định mức kinh tế - kỹ thuật dựa trên định mức kinh tế - kỹ thuật do cơ quan chủ quản ban hành và các quy định, hướng dẫn hiện hành phù hợp với chất lượng đào tạo. CS đào tạo được tự xác định học phí nếu đáp ứng được các điều kiện tự chủ theo quy định của Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật GDĐH. Đồng thời, thực hiện đầy đủ các hướng dẫn về xây dựng định mức kinh tế - kỹ thuật và ban hành mức thu học phí phù hợp với lộ trình tính giá dịch vụ GDĐT tương xứng với chất lượng đào tạo.
Đáng chú ý, cơ sở đào tạo khi xây dựng mức thu học phí cần phải tính đến các chính sách an sinh xã hội, chính sách hỗ trợ cho người nghèo, đối tượng chính sách thông qua các hình thức như: Quỹ hỗ trợ sinh viên nghèo, sinh viên khó khăn; chỉ tiêu cho các vùng sâu vùng xa, vùng khó khăn, các chính sách hỗ trợ khác. Như vậy, cơ sở đào tạo và cơ quan quản lý cần phải hiểu,tự chủ, không đồng nghĩa với “muốn làm gì thì làm”, “thu học phí mức cao bao nhiêu thì thu”. Tự chủ cần được nhìn nhận đúng dưới trách nhiệm xã hội, trách nhiệm giải trình báo cáo, minh bạch thông tin về mức thu học phí, lộ trình tăng học phí; cam kết chất lượng của nhà trường; nhằm nâng cao chất lượng đào tạo, bảo đảm quyền lợi cho người học và tuân thủ đúng các quy định của pháp luật.
Vụ Kế hoạch-Tài chính, Bộ GD&ĐT cũng khẳng định: Trước việc báo chí phản ánh một số trường tự chủ đã ban hành, thông báo mức thu chưa hợp lý, không phù hợp với quy định như trường hợp của Trường Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh, Bộ GDĐT đã có văn bản đề nghị Bộ Y tế kiểm tra, xác minh thông tin về mức thu học phí của Trường ĐH Y Dược TP.Hồ Chí Minh theo phản ánh của báo chí, phối hợp với Bộ GD&ĐT để trả lời công khai cho người học và toàn xã hội. Trong thời gian tới, Bộ GDĐT sẽ đề xuất cần đưa quy định cụ thể khung và trần học phí phù hợp với các chuẩn kiểm định và chất lượng đầu ra của các cơ sở đào tạo vào dự thảo Nghị định thay thế Nghị định số 86/2015/NĐ-CP, để trình Chính phủ xem xét, ban hành.
