Phiên xử ISI sẽ chính thức bắt đầu vào ngày 29/2 và ISI còn phải trả lời những câu hỏi liên quan đến số tiền ủng hộ bất hợp pháp trị giá 6,5 triệu USD trong các cuộc bầu cử từ cuối những năm 1990 đến nay. Đó là chưa kể đến những cáo buộc vi phạm nhân quyền, tiếp tay cho khủng bố, bao che khủng bố, thiếu trách nhiệm trong việc không phát hiện ra trùm khủng bố Osama Bin Laden ẩn náu ở Abottabad trong nhiều năm… do các đảng phái chính trị đối lập ở Pakistan đưa ra đối với ISI.
Chaudhry Nisar Ali Khan, người đứng đầu phong trào đối lập tại Quốc hội Pakistan còn cáo buộc ISI hoạt động như một tổ chức mafia và tài trợ tiền, vũ khí cho tàn quân Taiban ở Afghanistan. Đảng tôn giáo lớn nhất Pakistan Jamaat-e-Islami còn yêu cầu ISI giải trình về sự mất tích bí ẩn của hơn 1.000 người Pakistan trong suốt 1 thập kỷ qua, kể từ khi Islamabad tham gia cái gọi là cuộc chiến chống khủng bố do Mỹ phát động. Tiếp đó, ISI còn phải đối mặt với những cáo buộc vi phạm nhân quyền do các tổ chức nhân quyền quốc tế tố cáo.
Về vụ việc 11 nghi can khủng bố, ISI đã cáo buộc những người này tổ chức 3 vụ đánh bom liều chết nhằm vào căn cứ quân sự và văn phòng của ISI trong khoảng thời gian từ tháng 11/2007 đến tháng 1/2008.
Tháng 4/2010, những người này bị đưa ra xét xử tại tòa án chống khủng bố và được tuyên bố trắng án. Tuy nhiên, họ vẫn bị ISI đưa về giam tại nhà tù Adiala ở
Tờ Người bảo vệ của Anh khẳng định, một quan chức ISI đã gọi điện cho anh trai của Saboor là Abdul Baais để báo tin về cái chết của em trai. Theo chỉ dẫn của quan chức này, Abdul Baais đã phát hiện xác chết em mình nằm còng queo trong một xe cứu thương đậu ở trạm xăng, ngoại ô thành phố Peshawar, thủ phủ tỉnh Khyber- Pakhtunkhwa.
Trong đơn tố cáo gửi lên tòa án tối cao
Trong khi đó, báo cáo của ISI lại cho rằng, 11 người nói trên bị bắt giữ một cách hợp pháp. Về cái chết của 4 người này, ISI khẳng định họ chết vì bị đau tim và viêm gan. Song, kết quả điều tra lại cho thấy có những khuất tất đằng sau hoạt động của ISI. Vì thế, tòa án tối cao đã ra lệnh mở cuộc điều tra độc lập về vụ việc này cũng như sựmất tích bí ẩn của 380 người khác từng bị ISI bắt giữ.
Cơ quan tình báo Pakistan (ISI) chịu trách nhiệm cung cấp những thông tin, phân tích và đánh giá tình báo an ninh quốc gia. Được thành lập như là 1 cơ quan tình báo độc lập vào năm 1948 để tăng cường chia sẻ thông tin tình báo quân sự giữa 3 chi nhánh của lực lượng vũ trang Pakistan thời kỳ hậu chiến tranh ấn Độ-Pakistan, ISI còn có nhiệm vụ khắc phục những yếu kém trong thu thập thông tin tình báo; chia sẻ và phối hợp giữa lục quân, không quân và hải quân. Vào cuối những năm 1950, dưới thời Tổng thống Ayub Khan, ISI có vai trò theo dõi các chính trị gia đối lập và duy trì chế độ quân sự ở
Năm 1966, ISI đã được tổ chức lại và mở rộng vào năm 1969. Khi đó, ISI được giao thu thập thông tin tình báo chính trị nội bộ ở Đông
Theo một số chuyên gia, ISI là một trong những cơ quan tình báo lớn nhất thế giới về số lượng nhân viên (khoảng 10.000 người)
