Kết luận thanh tra chỉ rõ nhiều thiếu sót, vi phạm trong việc thực hiện Dự án thành phần 2 và Dự án thành phần 3; đồng thời kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo xử lý, chuyển thông tin đến Bộ Công an để xem xét điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật đối với một số nội dung.
Theo kết luận thanh tra, việc thực hiện trình tự, thủ tục chủ đầu tư phê duyệt dự án, điều kiện năng lực của Ban Quản lý dự án, nguồn vốn thực hiện Dự án thành phần 2, Dự án thành phần 3; việc thực hiện Gói thầu XD01, Gói thầu XD02 thuộc Dự án thành phần 2 và Gói thầu 5.6, Gói thầu 5.10 thuộc Dự án thành phần 3 còn có nhiều thiếu sót, vi phạm.
Đối với Dự án thành phần 2, Thanh tra Chính phủ xác định Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam (VATM) phê duyệt dự án khi chưa hoàn thiện thiết kế cơ sở hạng mục văn phòng; chưa làm rõ, hoàn thiện các nội dung khuyến nghị của Hội đồng thẩm định Nhà nước và tư vấn thẩm tra đối với Báo cáo nghiên cứu khả thi. Trưởng Ban Quản lý dự án đảm nhận nhiệm vụ, quyền hạn của Giám đốc Quản lý dự án nhưng chưa có chứng chỉ hành nghề, chưa đáp ứng điều kiện, năng lực theo quy định.
Qua thanh tra Gói thầu XD01 và Gói thầu XD02, Thanh tra Chính phủ chỉ rõ nhiều thiếu sót, vi phạm trong việc lập, thẩm định, phê duyệt dự toán; lập hồ sơ mời thầu; thương thảo, ký kết hợp đồng; quản lý hồ sơ chất lượng; quản lý thực hiện hợp đồng; thực hiện bảo hiểm bắt buộc; tạm ứng, nghiệm thu, thanh toán; quản lý vật tư, vật liệu, thiết bị; lập hóa đơn, kê khai thuế giá trị gia tăng vãng lai.
Đối với Dự án thành phần 3, kết luận thanh tra xác định Tổng Công ty cảng hàng không Việt Nam-CTCP (ACV) phê duyệt danh mục quy chuẩn, tiêu chuẩn áp dụng cho dự án trước khi quyết định phê duyệt dự án; phê duyệt báo cáo nghiên cứu khả thi hai hạng mục chưa đúng trình tự, thủ tục; phê duyệt tổng mức đầu tư của dự án được tính trên cơ sở tổng giá trị tổng mức đầu tư theo các quyết định phê duyệt dự án, báo cáo nghiên cứu khả thi, là sai quy định. Trong giai đoạn đầu thực hiện dự án, hình thức quản lý dự án "Chủ đầu tư trực tiếp quản lý dự án" chưa phù hợp với quy mô, tính chất của dự án; nhân sự Ban Quản lý dự án trong một số giai đoạn chưa được cấp đầy đủ chứng chỉ hành nghề theo quy định.
Qua thanh tra Gói thầu 5.6 và Gói thầu 5.10, Thanh tra Chính phủ tiếp tục chỉ rõ nhiều thiếu sót, vi phạm trong hồ sơ mời thầu, đánh giá hồ sơ dự thầu, thương thảo hợp đồng; quản lý chất lượng, vật liệu, thiết bị; biện pháp thi công; quản lý tiến độ; thực hiện bảo hiểm; nghiệm thu, thanh toán; quản lý nhà thầu phụ; điều chỉnh giá hợp đồng và việc kê khai thuế giá trị gia tăng vãng lai.
Một trong những nội dung đáng chú ý được nêu tại kết luận thanh tra là căn cứ kết quả thanh tra và các nội dung kết luận thanh tra, Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị chuyển thông tin đến Bộ Công an để xem xét, điều tra, xử lý theo quy định pháp luật đối với một số nhà thầu chuyển nhượng thầu và chủ đầu tư ACV vi phạm quy định Luật Đấu thầu năm 2013; vi phạm quy định về đồng tiền dự thầu, đồng tiền thanh toán.
Đồng thời, Thanh tra Chính phủ chuyển kết luận thanh tra cho Bộ Công an để xem xét điều tra, xử lý các vi phạm trong việc lựa chọn nhà thầu và các vi phạm khác tại các gói thầu nêu trong kết luận thanh tra liên quan đến vụ án hình sự do Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đang điều tra (nếu có) và các vấn đề liên quan đến các công trình, dự án quan trọng quốc gia theo thẩm quyền, nhiệm vụ của Thủ tướng Chính phủ giao.
Trên cơ sở kết quả thanh tra, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Xây dựng, Bộ Tài chính và các bộ, ngành, địa phương rà soát, chấn chỉnh công tác quản lý nhà thầu phụ, đặc biệt là hành vi chuyển nhượng thầu; tăng cường thanh tra, kiểm tra, phát hiện, xử lý nghiêm các vi phạm theo phương châm "làm một vụ việc cảnh tỉnh cả vùng, cả lĩnh vực", nhằm phòng ngừa, ngăn chặn từ sớm, từ xa hành vi chuyển nhượng thầu tại các công trình, dự án quan trọng quốc gia.
Kết luận thanh tra cũng kiến nghị Bộ Tài chính, Bộ Xây dựng, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, UBND TP Đồng Nai cùng các chủ đầu tư là VATM và ACV, theo chức năng, nhiệm vụ, thẩm quyền, tổ chức rà soát, chấn chỉnh, khắc phục các thiếu sót, vi phạm; xử lý trách nhiệm đối với tập thể, cá nhân liên quan theo đúng quy định của pháp luật.
