Tỉnh Phú Thọ thuộc vùng Trung du, miền núi phía Bắc, được sáp nhập từ 3 tỉnh Phú Thọ, Vĩnh Phúc, Hòa Bình. Theo kết luận thanh tra, trước sáp nhập (giai đoạn 1/1/2019-30/6/2025), UBND 3 tỉnh cũ ban hành 75 quyết định phê duyệt phương án sắp xếp lại, xử lý 10.737 cơ sở nhà đất, trong đó tỉnh Phú Thọ cũ là 31 quyết định với 5.079 cơ sở; tỉnh Vĩnh Phúc là 2 quyết định với 1.466 cơ sở; tỉnh Hòa Bình là 42 quyết định với 4.192 cơ sở.
Kết luận thanh tra chỉ rõ, việc phê duyệt phương án sắp xếp lại, xử lý các cơ sở nhà, đất của UBND tỉnh còn chậm, thời gian kéo dài ( Phú Thọ cũ từ năm 2019-2022, Vĩnh Phúc từ năm 2023-2024, Hòa Bình từ năm 2018-2024) dẫn đến nhiều nơi không còn nhu cầu sử dụng nhưng đến thời điểm thanh tra chưa kịp khắc phục, có nguy cơ thất thoát, lãng phí.
Thanh tra Chính phủ phát hiện UBND tỉnh Phú Thọ cũ chưa ban hành quyết định chuyển giao cơ sở nhà đất Phòng khám đa khoa Xuân Áng cho UBND huyện Hạ Hòa quản lý theo phương án được phê duyệt. UBND huyện Hạ Hòa và UBND xã Xuân Áng chưa thực hiện phương án sắp xếp lại, xử lý tài sản được tỉnh phê duyệt. UBND tỉnh Phú Thọ cũ ban hành quyết định phê duyệt phương án sắp xếp lại, xử lý nhà, đất đối với Trung tâm Giống vật nuôi Phú Thọ (cơ sở 2) không đúng thẩm quyền. UBND huyện Cẩm Khê và UBND thị trấn Cẩm Khê (tỉnh Phú Thọ cũ) không triển khai thực hiện bàn giao cơ sở nhà đất để thực hiện phương án sắp xếp lại, xử lý cơ sở nhà đất đã được phê duyệt điều chỉnh. Trong khi đó, Trung tâm Phát triển quỹ đất tỉnh Phú Thọ cũ cho mượn một phần diện tích của Thư viện tỉnh Phú Thọ không đúng quy định và không thực hiện theo quyết định phê duyệt phương án sắp xếp lại của UBND tỉnh. Diện tích đất cho mượn hơn 5.000m2, tài sản trên đất có diện tích sàn hơn 1.800m2.
Cũng theo kết luận thanh tra, Trung tâm hoạt động thanh thiếu nhi tỉnh Vĩnh Phúc cho thuê, liên doanh, liên kết cơ sở hạ tầng khi chưa có đề án được phê duyệt của cấp có thẩm quyền (giai đoạn 2019-2020), không đúng quy định; không báo cáo tình hình quản lý, sử dụng tài sản công hàng năm. UBND tỉnh Vĩnh Phúc giao đất cho Nhà khách Văn phòng UBND tỉnh khi chưa có dự án đầu tư được cơ quan có thẩm quyền xét duyệt, không đúng quy định của Chính phủ. Ba khu đất tại huyện Mê Linh, TP Hà Nội do Nhà khách Văn phòng UBND tỉnh Vĩnh Phúc quản lý nhưng tỉnh này chưa tổ chức kiểm tra hiện trạng khi xem xét, phê duyệt phương án sắp xếp lại. Cả 3 khu đất không sử dụng từ năm 2008 đến năm 2025 là vi phạm Luật Đất đai.
Với trụ sở UBND phường Thịnh Lang và Tân Hòa, UBND tỉnh Hòa Bình giao cho UBND TP Hòa Bình nhưng đơn vị này không trực tiếp thực hiện mà giao cho Phòng Tài chính - Kế toán tổ chức bán đấu giá (lựa chọn, ký hợp đồng thuê đơn vị tổ chức đấu giá). Đồng thời, UBND TP Hòa Bình ban hành quyết định phê duyệt phương án đấu giá, phê duyệt kết quả đấu giá quyền sử dụng đất và tài sản trên đất trụ sở UBND hai phường Thịnh Lang, Tân Hòa không đúng thẩm quyền.
Thanh tra Chính phủ còn phát hiện nhiều vi phạm khác trong việc quản lý trụ sở UBND thị trấn Tam Đảo (huyện Tam Đảo cũ), UBND xã Yên Lập (huyện Vĩnh Tường cũ), Rạp chiếu bóng Long Châu Sa (tỉnh Phú Thọ cũ), Trường Cao đẳng nghề Phú Thọ cơ sở 3 (xã Sông Lô cũ, tỉnh Vĩnh Phúc).
Trước những vi phạm nêu trên, Tổng Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng giao UBND tỉnh Phú Thọ tổ chức kiểm điểm trách nhiệm của tập thể, cá nhân liên quan đến những vi phạm trên. Căn cứ kết quả kiểm điểm, Chủ tịch UBND tỉnh Phú Thọ xử lý trách nhiệm theo thẩm quyền hoặc kiến nghị cơ quan có thẩm quyền xử lý trách nhiệm đối với những tập thể, cá nhân có sai phạm. Đặc biệt, trong quá trình tổ chức thực hiện, nếu phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự thì chuyển cơ quan điều tra để xử lý theo quy định của pháp luật.
Thanh tra Chính phủ kết luận Bộ Giáo dục và Đào tạo thực hiện không đúng chỉ đạo của Thủ tướng 
Thanh tra Chính phủ chuyển hồ sơ Dự án Nhà máy xi măng Quang Sơn sang Bộ Công an 
