Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ, tại thời điểm 31/10/2022, một số thương nhân đầu mối kinh doanh xăng dầu còn nợ số tiền thuế bảo vệ môi trường lên tới 6.324 tỷ đồng. Sở dĩ có những bất cập này, theo Thanh tra Chính phủ, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 152/2011/TT-BTC ngày 11/11/2011 hướng dẫn thi hành Nghị định số 67/2011/NĐ-CP không quy định thời điểm kê khai, nơi nộp thuế bảo vệ môi trường đối với sản lượng xăng dầu do thương nhân đầu mối kinh doanh xăng dầu bán cho thương nhân đầu mối kinh doanh xăng dầu đã được loại trừ khi tính thuế và được quy định tại khoản 2 Điều 5 Nghị định số 67/2011/NĐ-CP.
Điều này dẫn đến các thương nhân đầu mối kinh doanh xăng dầu khai, tính thuế bảo vệ môi trường thiếu. Thuế bảo vệ môi trường năm 2019 tạm tính kê khai thiếu khoảng 4.901 tỷ đồng. Trong đó, Công ty Cổ phần Thương mại Dầu khí Đồng Tháp kê khai, nộp thuế môi trường tự thoả thuận với các thương nhân đầu mối kinh doanh xăng dầu khi mua bán xăng dầu của nhau, dẫn đến các đơn vị liên quan kê khai thiếu số thuế bảo vệ môi trường đối với xăng dầu là khoảng 17,3 tỷ đồng.
"Do Tổng cục Thuế và nhiều cục thuế thực hiện chưa đầy đủ, chưa đúng quy định, thiếu kiểm tra, giám sát, dẫn đến nhiều thương nhân đầu mối kinh doanh xăng dầu được kiểm tra đã phát hiện nợ thuế bảo vệ môi trường hàng nghìn tỷ đồng trong nhiều kỳ, nhiều năm, vi phạm quy định tại khoản 1 Điều 10 Luật Thuế bảo vệ môi trường số 57/2010/QH12 ngày 15/11/2010 và khoản 1 Điều 4 Thông tư 39/2014/TTLT- BCT-BTC", Thanh tra Chính phủ chỉ rõ sai sót.
Lên tiếng về khoản nợ "khủng" này của các doanh nghiệp, ông Mai Sơn, Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế cho biết, hiện nay, trong 34 doanh nghiệp thì có gần 10 doanh nghiệp xăng dầu đầu mối lớn nợ thuế, trong đó phần lớn là thuế bảo vệ môi trường.
Còn về dòng tiền, theo ông Sơn, phải hết 1 năm tài chính, vào trang quyết toán báo cáo tài chính mới xác định các yếu tố liên quan, và các cơ quan thuế chưa có nhiều cơ hội vào thanh tra kiểm tra các đơn vị này.
Chia sẻ thêm về cách xử lý một số doanh nghiệp xăng dầu nợ thuế, lãnh đạo Tổng cục Thuế cho biết, với Công ty TNHH vận tải thủy bộ Hải Hà, Cục Thuế Thái Bình đôn đốc, quy trình cưỡng chế nợ thuế. Khoản nợ thuế từ ngày thứ 91 phát sinh nợ trở đi, cơ quan thuế áp dụng biện pháp cưỡng chế tài khoản, từ ngày thứ 121 phát sinh nợ thuế sẽ bị cưỡng chế hoá đơn và áp dụng biện pháp khác như đề xuất cấm xuất cảnh người đại diện pháp luật, đồng thời, xác định, kê biên tài sản.
Để ngăn tình trạng doanh nghiệp nợ thuế, năm 2024, ngành thuế tập trung xây dựng cơ sở dữ liệu liên quan đến báo cáo tài chính của doanh nghiệp dựa trên báo cáo tài chính và cơ sở kinh doanh. Theo Tổng cục Thuế, đa số doanh nghiệp đưa tài sản đảm bảo vay vốn gây ra khó khăn trong thu hồi nợ thuế.
Làm rõ thêm về vấn đề này, Thứ trưởng Bộ Tài chính Nguyễn Đức Chi cũng nhấn mạnh việc quản lý thuế theo nguyên tắc doanh nghiệp tự tính, tự khai, tự nộp thuế, còn cơ quan thuế giám sát, chứ không thể quản lý dòng tiền của doanh nghiệp, vì việc này là do doanh nghiệp hoàn toàn chủ động. Các doanh nghiệp vi phạm trong quản lý dòng tiền sẽ bị xử lý theo quy định pháp luật.
Còn đại diện Cục Quản lý Giá, Bộ Tài chính cho biết, với doanh nghiệp xăng dầu nợ thuế, cơ quan chức năng đã ra quyết định cưỡng chế và đang trong quá trình thực hiện.
Được biết, trong danh sách nợ thuế, Công ty Xuyên Việt Oil có số thuế nợ gần 1.530 tỷ đồng, chiếm gần 20% số thuế bị nợ tại Cục Thuế TP Hồ Chí Minh, trong đó, riêng số thuế bảo vệ môi trường lên tới gần 1.250 tỷ đồng. Công ty TNHH vận tải thủy bộ Hải Hà nợ thuế lớn nhất, lên tới 1.780 tỷ đồng và chủ yếu là nợ thuế bảo vệ môi trường, Cục Thuế Thái Bình gửi đề xuất cấm xuất cảnh lãnh đạo công ty này. Ngoài ra, Công ty CP Thương mại Đầu tư Dầu khí Nam Sông Hậu nợ hơn 1.000 tỷ đồng…
Được biết, Thanh tra Chính phủ đã đề nghị Bộ Tài chính xem xét, xử lý trách nhiệm các tổ chức, cá nhân trong quản lý, để thương nhân đầu mối kinh doanh xăng dầu nợ thuế bảo vệ môi trường thời gian dài, số lượng lớn.
Đồng thời, Bộ Tài chính chỉ đạo Tổng cục Thuế, cục thuế các tỉnh kiểm tra, rà soát thu ngân sách Nhà nước tiền thuế bảo vệ môi trường các thương nhân đầu mối kinh doanh xăng dầu còn nợ, nộp chậm với số tiền 6.324 tỷ đồng, tính lãi chậm nộp theo quy định. Kiểm tra, rà soát việc kê khai, nộp thuế bảo vệ môi trường đối với các thương nhân đầu mối kinh doanh xăng dầu, trong đó có năm 2019 đã nêu trong phần kết quả và kết luận thanh tra, qua đó, xác định rõ số thuế bảo vệ môi trường kê khai thiếu, chưa nộp.
Ngoài ra, kiểm tra, rà soát, xem xét sửa đổi, bổ sung các quy định khai, nộp thuế bảo vệ môi trường đã ban hành thuộc thẩm quyền, phù hợp với quy định của Luật Thuế bảo vệ môi trường, đảm bảo các thương nhân đầu mối kinh doanh xăng dầu khai, nộp thuế bảo vệ môi trường đúng quy định, không để xảy ra tiêu cực, thất thu thuế.
Cưỡng chế tài khoản của 150 doanh nghiệp nợ thuế 
Hoãn xuất cảnh hơn 200 giám đốc doanh nghiệp nợ thuế 
