Tại bản kết luận điều tra vụ án “Sửa chữa, sử dụng giấy chứng nhận, các tài liệu của cơ quan, tổ chức; vi phạm các quy định về sử dụng đất đai và lừa đảo chiếm đoạt tài sản xảy ra tại xã Ngọc Thanh” của Cơ quan CSĐT Vĩnh Phúc, không hiểu vì lý do gì mà tại phần lý lịch bị can, trong khi 11 bị can khác đều có đầy đủ cha, mẹ, vợ, con thì riêng Lý Kông Sinh chỉ có cha, mẹ và vợ mà không có con. Chính việc “bỏ quên” này mà Cơ quan điều tra đã không làm rõ những sai phạm của Lý Kông Sinh trong việc khai man tuổi cho con để chiếm đất.
Trong khi đó, từ cuối năm 2004, UBND thị xã Phúc Yên đã lập đoàn thanh tra liên ngành thanh tra 6 nội dung mà báo chí phản ánh và đơn thư tố cáo Lý Kông Sinh. Và tới tháng 6/2005, sau khi Lý Kông Sinh bị khởi tố, bắt giam 3 tháng, đoàn thanh tra đã có kết luận. Trong đó mặc dù còn nhiều điểm chưa thỏa đáng nhưng cũng đủ khẳng định những sai phạm của Lý Kông Sinh đủ yếu tố cấu thành tội phạm.
Đó là năm 1990, con trai Lý Kông Sinh là Lý Văn Xuân (tức Lý Văn Nhật) khai man tuổi (từ sinh năm 1979 thành 1976) là có thật (vì vậy năm 1995, khi đó tuổi thật Lý Văn Xuân mới 16 tuổi, nhưng do khai man lên thành 19 tuổi đã được nhận 23,2 ha rừng). Không những thế, khi có người đến mua, Lý Kông Sinh đã chuyển nhượng trái phép 32,2 ha rừng phòng hộ đầu nguồn, đây là việc làm vi phạm pháp luật nghiêm trọng bởi theo quy định đây là loại rừng không được chuyển nhượng, khai thác, chặt phá...
Ngoài hai hành vi vi phạm pháp luật nêu trên, Cơ quan điều tra còn bỏ qua nhiều hành vi phạm tội khác mà chỉ khởi tố Lý Kông Sinh hai hành vi: “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” và “thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
Theo kết luận của Cơ quan điều tra thì tháng 8/2002, UBND xã Ngọc Thanh thành lập Hội đồng đăng ký đất đai gồm 10 thành viên do Lý Kông Sinh, khi đó là Phó chủ tịch UBND xã làm chủ tịch. Với vai trò là Chủ tịch Hội đồng, nhưng Lý Kông Sinh đã không phân công công việc cụ thể cho các thành viên hội đồng thực hiện chức năng nhiệm vụ của mình. Không kiểm tra, thẩm định, xác định tính chính xác của các trường hợp đề nghị được cấp giấy Chứng nhận quyền sử dụng (GCNQSD) đất; thiếu trách nhiệm trong việc thực hiện chức trách nhiệm vụ.
Vì vậy cuối năm 2003, trong đợt xét cấp giấy CNQSD đất ở và đất vườn cho 428 trường hợp ở xã, Lý Kông Sinh đã không phát hiện ra những trường hợp không đủ tiêu chuẩn cấp giấy CNQSD đất để loại khỏi danh sách. Không những thế, Sinh còn để nhiều đối tượng lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ làm hồ sơ đứng tên các thành viên trong gia đình của mình để được cấp giấy CNQSD đất vào các diện tích đất Nhà nước quản lý. Hậu quả của việc làm này là Lý Kông Sinh đã thiếu trách nhiệm trong thẩm tra, xác minh, xét duyệt cho 82 hộ.
Với hành vi “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”, Cơ quan điều tra xác định: Năm 2003, Công ty TNHH Đại Lải Việt Nam được UBND tỉnh Vĩnh Phúc phê duyệt dự án đầu tư xây dựng sân golf, tổ hợp văn hóa, vui chơi giải trí... UBND xã Ngọc Thanh phối hợp với chủ đầu tư thực hiện giải phóng mặt bằng (GPMB). Để chiếm đoạt tiền đền bù GPMB, Trưởng thôn Đồng Đầm Đặng Quốc Hội đã gian dối khi làm hồ sơ đền bù mang tên em đồng hao của Hội ở thôn khác là Lục Văn Hùng để kê khai diện tích đền bù vào 1.667,2m2 đất bán ngập hồ Đại Lải do Công ty Thủy nông Mê Linh quản lý thành 16.672m2 đất của Hùng để tính tiền đền bù.
Để lấy được số tiền này, Hội đã câu kết với Chủ tịch UBND xã Lý Kông Sinh và cán bộ địa chính Lâm Minh Châu để Sinh, Châu xác nhận vào giấy ủy quyền của Lục Văn Hùng cho Hội để được nhận được nhận 101,1 triệu đồng tiền đền bù. Số tiền này sau đó Sinh được chia 27 triệu đồng; Châu 29,6 triệu đồng.
Tại bản kết luận điều tra, ở phần “nhận xét và kết luận” Cơ quan điều tra còn cho thêm tình tiết tăng nặng khi phê rằng: “Trong quá trình điều tra, bị can luôn tỏ ra ngoan cố, đối phó, không thành khẩn khai báo và tìm cách đổ lỗi cho cấp dưới, cho cán bộ chuyên môn mà không nhận thức được việc làm sai trái của mình (...) Hành vi đối phó, ngoan cố của Lý Kông Sinh cần phải xét xử bằng bản án thật nghiêm khắc mới có tác dụng răn đe, giáo dục và làm gương cho người khác”.--PageBreak--
Với những căn cứ này, Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Vĩnh Phúc đã ra cáo trạng truy tố Lý Kông Sinh tội danh “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” và “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”. Theo cáo trạng, với tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” được quy định tại khoản 1 Điều 285 Bộ luật Hình sự, Lý Kông Sinh “bị phạt cải tạo không giam giữ đến 3 năm hoặc phạt tù từ 1 năm đến 5 năm”. Với tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”, được quy định tại điểm d, c khoản 2 Điều 139 BLHS, Sinh có thể bị phạt tù từ 2 - 7 năm.
Như vậy, mặc dù còn nhiều tội lỗi chưa được làm rõ, nhưng với hai tội bị truy tố cũng đủ để Lý Kông Sinh phải nhận bản án thích đáng. Tuy nhiên, tại phiên tòa sơ thẩm (tổ chức cuối tháng 2/2006) với sự tham gia của rất nhiều người dân xã Ngọc Thanh, TAND tỉnh Vĩnh Phúc đã tuyên phạt Lý Kông Sinh mức án... 30 tháng tù cho hưởng án treo.
Tại phiên tòa, sau khi nghe tuyên án, rất nhiều người dân đã không kìm được phẫn nộ trước sự vô lý của bản án đã gây nên cảnh hỗn loạn tại công đường khi tràn vào phòng riêng của chủ tọa Nguyễn Văn Hoa, Chánh tòa hình sự TAND tỉnh Vĩnh Phúc, khiến ông này phải khóa trái cửa, tắt đèn trong phòng. Vậy mà sau đó, trả lời phỏng vấn báo chí, ông Hoa khẳng định tòa chỉ căn cứ vào hồ sơ do Viện KSND tỉnh chuyển sang, vì vậy mức án đã tuyên là... phù hợp.
Còn vị đại diện Viện KSND tỉnh Vĩnh Phúc giữ quyền công tố thì giải thích Viện hoàn thành cáo trạng dựa trên kết luận điều tra của Cơ quan CSĐT, mặc dù “chúng tôi đã nghe nhiều thông tin về Lý Kông Sinh và báo chí, truyền hình cũng nhắc tới nhiều nhưng chúng tôi không thể đưa những tình tiết này vào cáo trạng được vì cơ quan điều tra không kết luận những vấn đề này”
