Theo báo cáo của các công nhân Lê Văn Cường, Trần Văn Chiến, Nguyễn Tuấn Anh làm thuê cho Công ty TNHH Ngọc Hà đang hút cát bằng thuyền ở đoạn sông này thì khoảng 11 giờ ngày 4/5/2010, khi các anh đang làm việc thì thấy ống hút bị tắc. Kiểm tra thấy ống hút bị một chiếc quần âu màu tím than còn cả thắt lưng mắc vào bịt tắc ống. Lôi chiếc quần ra thấy bên trong có một đốt xương sống và một xương bánh chè. Nghi ngờ đây là xương người nên các anh đã báo Cơ quan Công an. Tin này nhanh chóng lan ra các làng ven bờ sông Phó Đáy, con sông rộng chừng 20m, một bên là thôn Nội Điện xã An Hòa, bên kia là thôn Làng Bến, xã Liên Hòa...
Chị Nguyễn Thị Hương, sinh năm 1975 ở thôn Bảo Phúc, thị trấn Hợp Hòa, huyện Tam Dương tìm đến... vì chồng chị là anh Phan Văn Thu đi mua nứa tép đã mất tích từ năm 2007. Chị Hương nghi ngờ chiếc quần âu màu tím than là của anh Thu mặc khi đi mua nứa ngày 25/8/2007.
Nhận được tin báo, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Vĩnh Phúc phối hợp với chính quyền địa phương xã An Hòa và gia đình chị Nguyễn Thị Hương tổ chức mò vớt ở đoạn sông phát hiện chiếc quần âu. Đến chiều ngày hôm ấy đã mò được gần đầy đủ một số xương người. Các xương màu ngà, chắc và sạch do phần mềm đã phân hủy hết, đầu xương còn nguyên vẹn. Ngoài ra, còn thu được chiếc áo phông cộc tay cổ tròn, màu trắng đã hoen ố do ngâm lâu dưới bùn đất, trên áo có đến 9 vết rách. Văn bản giám định pháp y số 1069/C21- P6 ngày 11/5/2010 ra kết luận:
Các xương thu được là xương của một người, giới nam, tuổi khoảng 32-35, chiều cao từ 1,6m - 1,65m, thời gian chết từ 1-3 năm. Các thương tích trên xương sọ và xương hàm dưới bên trái bị tổn thương do vật sắc có chiều dài và trọng lượng nhất định tạo ra, đây là những tổn thương nông ở bản ngoài xương, không phải là tổn thương gây chết. Các vết rách đứt vải quần áo là các vết đâm của vật sắc nhọn. Nạn nhân chết do tổn thương đâm, chém hoặc cắt ở phần mềm hay mạch máu...
Trong công tác giám định pháp y, việc xác định thời gian chết (tuổi xương) là khó khăn nhất vì mức độ biến đổi của xương phụ thuộc rất nhiều vào môi trường. Vì xương có thể ở dưới sông, ao, hồ; ở trên mặt đất trong rừng; được chôn cất thì ngâm trong nước hay nơi khô ráo, đất nơi đó kiềm hay axít... ít, khó khăn nhất là xác định những bệnh lý trên xương như ung thư, lao, chấn thương cũ... Những khía cạnh của kết luận giám định hài cốt là chìa khóa để Cơ quan điều tra truy tìm tung tích người quá cố cũng như thủ phạm giết người. Cơ quan điều tra nhanh chóng biết được khi chết, nạn nhân 34 tuổi.
Còn các thương tích trên xương đỉnh sọ phải và trái, xương hàm dưới trái của nạn nhân Phan Văn Thu (bây giờ chúng ta khẳng định chắc chắn vì đã có kết luận giám định ADN của Viện Khoa học hình sự, Bộ Công an, những xương thu được là xương của anh Phan Văn Thu) có tới 3 vết nứt, mẻ bản ngoài của xương sâu tới tủy xương, không vỡ bản trong, với đặc điểm mép vết gọn sắc, riêng vết mẻ ở xương hàm dưới còn gây thêm một đường nứt xương dài 2,4cm. Đây là những thương tích chém gây ra bởi một vật sắc có trọng lượng đủ nặng nhưng lại không phải là thương tích gây chết... Tại sao vậy?
Các GĐVPY cho biết, 3 vết thương mẻ bản ngoài xương sọ, xương hàm kèm theo nứt xương là không đủ gây chết vì không gây tổn thương não, ngoại trừ (nói chung) có thể chết do mất máu nếu không được khâu cầm máu cấp cứu. Tuy nhiên khi nghiên cứu, xem xét dấu vết thì ở thân trước chiếc áo phông anh Thu mặc có đến 6 vết rách, thân sau áo có 3 vết rách; chiếc quần âu màu tím than có 2 vết rách ở thân trước và sau ống quần bên trái. Các vết rách vải ở quần áo đều có chung đặc điểm mép vết rất gọn cho phép xác định chúng được tạo ra do tác động chém và đâm của vật sắc và sắc nhọn mà những vết đâm vào phần ngực bụng (qua áo) có thể gây thương tích chí mạng ở tim, gan, lách hay thận... nạn nhân sẽ chết nhanh chóng vì mất máu cấp. Do phần mềm của tử thi đã phân hủy hết nên không thể xác định được những thương tích này, nhưng những vết rách trên áo là căn cứ không thể loại bỏ những lập luận của GĐPY.
Sau này, hung thủ khai rằng, khi đò sắp cập bến, do mâu thuẫn phát sinh từ việc anh Thu cự nự giá đò đắt dẫn đến to tiếng cãi cọ nhưng lời khai ban đầu này chỉ nhằm làm giảm nhẹ trọng tội. Quá trình đấu tranh, hung thủ thừa nhận động cơ gây án phát sinh khi thấy anh Thu có nhiều tiền (khi đi anh mang theo 5 triệu đồng, một điện thoại di động, đi xe máy Wave Trung Quốc màu đỏ đen) nên đã nổi máu tham. Hung thủ đã lấy dao bầu giấu sẵn trong thuyền đâm, chém anh Thu nhiều nhát và anh ngã xuống sông.
Với dao bầu khi chém nó là vật sắc, khi đâm lại là vật sắc nhọn. Thấy anh Thu nằm úp mặt dưới nước không động đậy, hắn nhảy xuống đưa anh lên thuyền, thấy anh đã chết. Vì thế cũng có thể tính đến một nguyên nhân chết khác của nạn nhân là ngạt nước sau khi đã bị thương tích nặng nhưng chưa chết mà điều kiện phần mềm không cho phép giám định. Sự việc xảy ra làm cây sào đẩy đò rơi mất, con đò mất lái trôi tự do mắc cạn vào bãi cát. Hắn xuống thuyền, bới cát trên bãi bằng tay không, vùi xác anh Thu xuống.
Bắt được Phạm Văn Mão (sinh năm 1987, trú xã Liên Hòa, Lập Thạch, Vĩnh Phúc), hung thủ giết anh Thu là sự dày công của Công an tỉnh Vĩnh Phúc. Vì vụ việc xảy ra khi trời sẩm tối, trên bến sông ngoài hung thủ và người xấu số thì không một bóng người và hiện trường sông nước là con số không. Ngoài Cơ quan CSĐT Công an tỉnh, mỗi huyện thị phải cử một tổ công tác tăng cường cho tỉnh theo lệnh của Ban giám đốc... tất cả đã huy động 50 cán bộ chiến sĩ vào cuộc. Đích thân Đại tá Phùng Tiến Bộ, Giám đốc Công an tỉnh đến hiện trường để chỉ đạo điều tra...
Sau khi gây án, tên Mão đem chiếc xe máy Wave về nhà, tiêu hủy con dao gây án, kể lại sự việc cho anh rể là Nguyễn Tiến Bắc và nhờ xử lý chiếc xe. Bắc và Mão đem xe đến nhà Bắc, sáng hôm sau đem ra rửa và sửa chữa (vì thế sau này có người làng khai khoảng năm 2007 có nhìn thấy Bắc đi xe Wave màu đỏ đen), rồi cùng Phạm Văn Thìn, em ruột Mão (em vợ Bắc) đem đi Lạng Sơn bán được hơn 1 triệu đồng. Sau này do mâu thuẫn với vợ và gia đình vợ nên Bắc đã chuyển vào Bình Dương...
Mấy chi tiết làm Cơ quan điều tra chú ý là cách đây hơn một năm có một người đàn ông gọi vào máy của một Công an viên xã An Hòa hỏi rằng xã có ai bị mất tích không, nếu có thì chắc là bị giết rồi, đề nghị Công an điều tra... Người gọi không tiết lộ danh tính, sau đó hủy luôn số sim. Sàng lọc đi đến nhận định: Bắc có thể biết số điện thoại của đồng chí Công an viên này. Phải chăng Bắc do mâu thuẫn với gia đình nhà vợ mà tố cáo...? Nhưng vì xã An Hòa không có người mất tích nên anh Công an xã nghĩ là ai đó đùa nghịch rồi cũng quên luôn chuyện này.
Còn Mão, có tin nói rằng gia đình bà Hằng - mẹ Mão - thấy anh ta hay có biểu hiện hoảng loạn nên cho đi làm ăn xa sau thời điểm tháng 8/2007... Mấy năm nay cứ mồng một, ngày rằm là bà Hằng lại mua hoa quả, vàng mã bí mật ra bến đò thắp hương khấn vái, đốt vàng mã đổ cùng hoa quả xuống sông. Nhà bà Hằng làm nghề chở đò ngang trên sông Phó Đáy, bến Liên Hòa - An Hòa, lại ở cách bến khoảng 150m nhưng khi cán bộ điều tra hỏi thì cả nhà đều khai không biết gì!
Có điều, sau khi phát hiện bộ xương thì cả Bắc và Mão luôn luôn thay đổi số điện thoại? Bắc di chuyển qua một số tỉnh nên đến ngày 11/6/2010 mới bị bắt. Tìm bắt Mão ở xóm lao động Từ Liêm, Hà Nội thì hắn lại mò về quê và bị bắt...
Trong chiến công chung có sự đóng góp không nhỏ và then chốt của Viện Khoa học hình sự, Bộ Công an. Từ một bộ xương không đầy đủ, vô tung tích, các GĐV đã làm cho nó trở thành chiếc chìa khóa mở toang cánh cửa bí mật của vụ án. Nhưng âu cũng là nhân quả, tội ác đâu có thể chôn chặt dưới lòng sông!
