Theo đó, mức thu phí đường cao tốc do Nhà nước đầu tư được áp dụng từ 900 đồng/xe/km đến 5.200 đồng/xe/km tùy thuộc vào tuyến đường đã đáp ứng quy chuẩn hiện hành theo Luật Đường bộ.
Nghị định cũng quy định 5 nhóm đối tượng chịu phí sử dụng đường bộ cao tốc, trong đó nhóm 1 gồm các loại phương tiện sau: Xe dưới 12 chỗ, xe tải có tải trọng dưới 2 tấn; các loại xe buýt vận tải khách công cộng. Nhóm 2 gồm các loại phương tiện sau: xe từ 12 chỗ đến 30 chỗ; xe tải có tải trọng từ 2 tấn đến dưới 4 tấn.
Nhóm 3 gồm các loại phương tiện sau: Xe từ 31 chỗ trở lên; xe tải có tải trọng từ 4 tấn đến dưới 10 tấn. Nhóm 4 gồm các loại phương tiện sau: Xe tải có tải trọng từ 10 tấn đến dưới 18 tấn; xe chở hàng bằng container dưới 40 feet. Nhóm 5 gồm các loại phương tiện sau: Xe tải có tải trọng từ 18 tấn trở lên; xe chở hàng bằng container từ 40 feet trở lên.
Nghị định cũng quy định rõ 10 đối tượng được miễn thu phí sử dụng đường bộ cao tốc khi lưu thông trên tuyến đường bộ cao tốc do Nhà nước đại diện chủ sở hữu và trực tiếp quản lý, khai thác gồm: Xe cứu thương; xe chữa cháy; xe chuyên dùng phục vụ quốc phòng; xe chuyên dùng của các đơn vị thuộc hệ thống tổ chức của lực lượng công an nhân dân; xe chuyên dùng phục vụ tang lễ; đoàn xe có xe cảnh sát giao thông dẫn đường; xe của lực lượng quốc phòng tham gia diễn tập, hành quân cơ động lực lượng, vận chuyển vũ khí, trang bị có xe chuyên dụng quân sự dẫn đường; xe của lực lượng công an, quốc phòng sử dụng vé đường bộ toàn quốc; xe hộ đê; xe làm nhiệm vụ vận chuyển thuốc men, máy móc, thiết bị, vật tư, hàng hóa đến những nơi bị thảm họa hoặc đến vùng có dịch bệnh.
Hiện nay, các dự án cao tốc do Nhà nước đầu tư được chia thành 2 nhóm. Nhóm đáp ứng quy chuẩn hiện hành theo Luật Đường bộ (có tối thiểu 4 làn xe, làn dừng khẩn cấp liền mạch) và nhóm chưa đáp ứng quy chuẩn hiện hành (hầu hết các cao tốc trên trục Bắc-Nam). Do đó, mức phí sử dụng đường cao tốc cũng sẽ được chia thành 2 mức. Người sử dụng đường cao tốc đạt chuẩn sẽ nộp theo mức 1 và sử dụng cao tốc chưa đạt chuẩn nộp theo mức 2.
Bộ GTVT cho hay, số tiền thu phí đường cao tốc nộp về ngân sách Nhà nước sẽ góp phần đầu tư phát triển hệ thống đường cao tốc, chi quản lý, bảo trì đường cao tốc. Với mức phí đề xuất như trên, dự kiến sau khi thu phí đối với 10 tuyến cao tốc đang khai thác (đủ điều kiện thu phí), số phí thu được là 3.210 tỉ đồng/năm; số thu nộp ngân sách Nhà nước là 2.850 tỉ đồng/năm.
Nhìn nhận về vấn đề thu phí đường cao tốc do Nhà nước đầu tư, ông Nguyễn Văn Quyền, Chủ tịch Hiệp hội Vận tải ôtô Việt Nam cho rằng, mức phí cao tốc do Nhà nước đưa ra được tính toán trên nhiều yếu tố như: Đảm bảo hài hòa phân bố phương tiện giữa đường hiện hữu và đường cao tốc, theo các quy định về phí, lệ phí và đặc biệt là phù hợp với khả năng chi trả của người dân, doanh nghiệp.
Theo ông Quyền, Nhà nước đầu tư cao tốc không phải chịu lãi suất vay ngân hàng. Quan trọng hơn, Nhà nước không tính lợi nhuận trong đầu tư. Mức phí cao tốc do Nhà nước đầu tư được đưa ra thấp hơn mức phí đường cao tốc đầu tư theo hình thức BOT là phù hợp, không tác động nhiều đến chi phí vận tải của doanh nghiệp.
Thu phí 10 tuyến cao tốc, ngân sách có thêm hơn 2.800 tỷ đồng 
