Theo Sở Y tế tỉnh Quảng Ngãi, tính đến 10h ngày 14/12, tổng số bệnh nhân nhập viện điều trị liên quan đến vụ việc là 50 người. Qua khai thác dịch tễ, từ khoảng 15h ngày 11/12 đến 8h ngày 13/12, các bệnh nhân đã mua và sử dụng bánh mì có nhân tại các quầy kinh doanh bánh mì Hồng Vân trên đường Huỳnh Thúc Kháng (phường Nghĩa Lộ), đường Quang Trung (phường Cẩm Thành), số 1156 - Quang Trung, số 47 - Trần Hưng Đạo (phường Cẩm Thành) cùng một số điểm bán khác mang thương hiệu Hồng Vân.
Sau khi ăn, các bệnh nhân xuất hiện các triệu chứng đau bụng, tiêu chảy nhiều lần, nôn ói, sốt cao, đau đầu và được đưa đến cấp cứu, điều trị tại Bệnh viện Đa khoa tư nhân Phúc Hưng, Bệnh viện Đa khoa tỉnh Quảng Ngãi và Bệnh viện Sản - Nhi tỉnh Quảng Ngãi.
Ngay sau khi tiếp nhận thông tin, Sở Y tế tỉnh Quảng Ngãi đã chỉ đạo Chi cục An toàn thực phẩm phối hợp với Trung tâm Kiểm soát bệnh tật (CDC) tỉnh cùng các cơ quan liên quan tổ chức điều tra, thu thập thông tin, xác định nguyên nhân gây ngộ độc thực phẩm.
Ngày 13/12, cơ quan chức năng tiến hành kiểm tra cơ sở sản xuất bánh mì Hồng Vân do ông Nguyễn Hồng làm chủ, tại địa chỉ 280 - Nguyễn Nghiêm (phường Cẩm Thành) và các điểm bán bánh mì Hồng Vân trên địa bàn phường Cẩm Thành và phường Nghĩa Lộ.
Qua làm việc, ông Nguyễn Hồng xác nhận các quầy kinh doanh bánh mì nêu trên đều thuộc cơ sở của mình, riêng điểm bán tại số 1156 - Quang Trung được nhượng quyền tên Hồng Vân.
Tại thời điểm kiểm tra, chủ cơ sở chưa xuất trình được các thủ tục pháp lý liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh thực phẩm; không chứng minh được nguồn gốc, xuất xứ nguyên liệu; chưa có giấy khám sức khỏe và xác nhận tập huấn kiến thức an toàn thực phẩm cho chủ cơ sở và nhân viên trực tiếp chế biến, kinh doanh. Cơ sở cũng chưa chứng minh hồ sơ công bố sản phẩm đối với các loại chả sử dụng làm nhân bánh mì.
Đối với cơ sở tại địa chỉ 280 Nguyễn Nghiêm, nơi sản xuất các loại chả, xíu mại, bơ, tương ớt…, đoàn kiểm tra xác định chưa có giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, chưa được cấp giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm hoặc các giấy tờ tương đương. Cơ sở này có diện tích khoảng 215m2, sản xuất và cung cấp chả, xíu mại, bơ, tương ớt, rau các loại cho các quầy bánh mì và bán lẻ ra thị trường. Khu vực sản xuất không bảo đảm nguyên tắc một chiều từ nguyên liệu đầu vào đến sản phẩm cuối cùng; khu vực sản xuất, kinh doanh không tách biệt với các nguồn ô nhiễm và yếu tố gây hại khác.
Trước tình hình trên, UBND phường Cẩm Thành đã tiến hành niêm phong toàn bộ các mẫu thực phẩm còn lại tại các quầy kinh doanh bánh mì Hồng Vân và tại cơ sở 280 - Nguyễn Nghiêm, đồng thời yêu cầu các quầy bánh mì Hồng Vân tạm ngừng hoạt động để chờ kết luận chính thức từ cơ quan chức năng.
CDC tỉnh Quảng Ngãi đã lấy 17 mẫu thực phẩm tại các điểm kinh doanh và cơ sở sản xuất, cùng 6 mẫu bệnh phẩm của bệnh nhân để xét nghiệm, phục vụ công tác điều tra, xác định nguyên nhân vụ nghi ngộ độc.
Gần 30 người nhập viện nghi ngộ độc sau khi ăn bánh mì 
