Theo kết luận thanh tra, Công ty Nhựt Phát – Chi nhánh Tây Ninh là đơn vị hạch toán phụ thuộc vào Công ty TNHH Sản xuất tinh bột khoai mì Nhựt Phát (Công ty Nhựt Phát), tọa lạc huyện Củ Chi, TP Hồ Chí Minh, đại diện theo pháp luật là ông Võ Văn Tâm, đã ngừng hoạt động kinh doanh, hiện tại đang làm thủ tục xin giải thể. Địa điểm đăng ký kinh doanh của Công ty Nhựt Phát là huyện Củ Chi, TP Hồ Chí Minh, nhưng qua xác minh của đoàn thanh tra tại Chi cục Thuế huyện Củ Chi, nơi đăng ký nộp thuế của công ty, xác định trụ sở kinh doanh đăng ký sau cùng là địa điểm kinh doanh không có thật.
Kết luận thanh tra nêu rõ, Công ty Nhựt Phát - Chi nhánh Tây Ninh đã có nhiều hành vi vi phạm pháp luật. Về quản lý, sử dụng đất đai, trong thửa đất 326, diện tích 8.561,1m2 Công ty Nhựt Phát - Chi nhánh Tây Ninh đã sử dụng đất sai mục đích từ cây lâu năm sang đất phi nông nghiệp diện tích 1.459,12m2/8.561,1m2 mà không được cơ quan có thẩm quyền cấp phép. Tuy nhiên, thửa đất này Công ty Nhựt Phát đã chuyển nhượng lại cho Công ty TNHH Sản xuất Tinh bột khoai mì Nhựt Phát, được Sở Tài nguyên và Môi trường chỉnh lý biến động theo quy định vào ngày 29/11/2022. Chưa đăng ký chuyển từ tên ông Nguyễn Văn Phát và bà Huỳnh Thị Kim Tuyền sang cho Công ty Nhựt Phát theo quy định đối với thửa đất số 353, 279 tờ bản đồ 72, thửa 33, tờ bản đồ 80, tổng diện tích 14.961,6m2 là chưa thực hiện đúng quy định, vi phạm Nghị định 91/2019/NĐ-CP ngày 19/11/2019 của Chính phủ về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực đất đai.
Công ty Nhựt Phát - Chi nhánh Tây Ninh và Công ty Nhựt Phát đã có vi phạm pháp luập về thuế giá trị gia tăng, đã sử dụng hóa đơn không hợp pháp và có dấu hiệu sử dụng không hợp pháp hóa đơn để gian lận, trốn thuế đối với Công ty Nhựt Phát - Chi nhánh Tây Ninh. Cụ thể, từ năm 2018 đến tháng 6/2022, số thuế giá trị gia tăng qua thanh tra xác định Công ty Nhựt Phát - Chi nhánh Tây Ninh phải nộp hơn 11,1 tỷ đồng, nhưng đơn vị chỉ thực hiện nộp hơn 2,8 tỷ đồng.
Qua thanh tra, phát hiện số thuế giá trị gia tăng phải nộp tại Tây Ninh tăng thêm là hơn 8,3 tỷ đồng. Trong đó, số thuế trốn do sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng không hợp pháp, không còn giá trị sử dụng của Công ty TNHH Thực phẩm Trần Cao (Công ty Trần Cao, tọa lạc quận 4, TP Hồ Chí Minh) hơn 2,5 tỷ và số Công ty Nhựt Phát không phân bổ nộp về cho Công ty Nhựt Phát - Chi nhánh Tây Ninh là hơn 5,8 tỷ đồng. Hành vi trốn thuế của Công ty Nhựt Phát - Chi nhánh Tây Ninh là vi phạm quy định tại Điều 108, Luật Quản lý thuế năm 2006.
Kết quả xác minh giao dịch ngân hàng của các công ty tinh bột mì cho Công ty Nhựt Phát có dấu hiệu nghi ngờ người bán và mua sử dụng không hợp pháp hoá đơn, không có hàng hoá mua, bán trong giao dịch thanh toán. Hàng hoá tinh bột mì của Công ty Nhựt Phát mua vào từ các công ty tại TP Hồ Chí Minh nhưng qua xác minh những công ty này đều thay đổi địa điểm và ngưng hoạt động.
Cũng theo kết luận thanh tra, hóa đơn mua vào của Công ty Nhựt Phát từ 11 công ty thương mại tại TP Hồ Chí Minh với tổng doanh số mua vào hơn 916 tỷ đồng, thuế giá trị gia tăng hơn 98 tỷ đồng. Trong đó, có thuế giá trị gia tăng mua vào của Công ty Trần Cao có hóa đơn không hợp pháp hơn 11,5 tỷ đồng…
Đáng lưu ý, Công ty Nhựt Phát - Chi nhánh Tây Ninh và Công ty Nhựt phát cung cấp hồ sơ hủy hàng với số lượng và giá trị lớn theo từng năm không có căn cứ chứng minh việc hủy hàng. Hành vi trên của Công ty Nhựt Phát - Chi nhánh Tây Ninh và Công ty Nhựt phát có dấu hiệu hợp thức hoá hồ sơ (không có hàng hủy) để cân đối cho số lượng hàng hoá mua vào từ các công ty khác nhằm mục đích khấu trừ thuế đầu vào, giảm số thuế giá trị gia tăng phải nộp…
Từ những sai phạm trên, Chủ tịch UBND tỉnh Tây Ninh yêu cầu Công ty Nhựt Phát - Chi nhánh Tây Ninh có trách nhiệm nộp số tiền thuế giá trị gia tăng 8.353.950.231 đồng và thuế tài nguyên 794.948.011 đồng. Đồng thời, chuyển hồ sơ vụ việc vi phạm pháp luật có dấu hiệu của tội “Trốn thuế” đối với Công ty Nhựt Phát - Chi nhánh Tây Ninh đến cơ quan Cảnh sát điều tra để tiếp tục điều tra, làm rõ xử lý đúng theo quy định pháp luật.
Chuyển hồ sơ điều tra sai phạm tại Bệnh viện lao và bệnh phổi Bạc Liêu 
Nhiều sai phạm tại dự án "Khu đô thị sinh thái dọc hai bờ sông Đơ" 
