Tổng vốn đầu tư cho giai đoạn 2 của dự án lên đến hơn 10.606 tỷ đồng, trong số này phần vốn đối ứng của thành phố chỉ có 1.704 tỷ đồng, còn lại là nguồn vốn vay từ nước ngoài. Trong khi đó, Hiệp định tín dụng và Hiệp định vay vốn từ nước ngoài chỉ có hiệu lực đến ngày 31/12/2026, thì hiện tại nhiều gói thầu của dự án không đảm bảo tiến độ đã đề ra.
Dự án có 9 gói thầu xây lắp, nhưng đến nay mới chỉ hoàn thành 5 gói, trong các gói thầu còn lại, có 1 gói phải chấm dứt hợp đồng với nhà thầu. Trong đó gói thầu xây dựng hệ thống thoát nước chung cấp 2, cấp 3 thuộc lưu vực 6 có giá trị 110 tỷ đồng do Công ty CP xây dựng số 5 làm nhà thầu phải được hoàn thành vào ngày 31/5 sắp tới nhưng mới hoàn thành 36% khối lượng. Gói thầu xây dựng hệ thống thoát nước chung cấp 2 thuộc lưu vực 6 có giá trị 108 tỷ đồng do Công ty CP công trình GTCC làm nhà thầu dù đã được kéo thực hiện từ ngày 2/1/2018 đến ngày 31/7 năm nay, nhưng hiện còn đoạn cống ngầm băng cầu Kỳ Hà với chiều dài 108m cũng chỉ vừa được nhà thầu tiếp nhận mặt bằng để thi công.
“Trái tim” của dự án là gói thầu thiết kế - thi công - vận hành nhà máy xử lý nước thải Nhiêu Lộc - Thị Nghè với giá trị lên đến 5.468 tỷ đồng với công suất xử lý 480 nghìn m3/ngày đêm. Gói thầu này được ấn định sẽ hoàn thành, đưa vào vận hành thử trong vòng 1 năm kể từ ngày 30/9/2025 nhưng đến hết tháng 3 vừa qua mới đạt hơn 63% giá trị hợp đồng.
Theo ông Thái, hiện tất cả các gói thầu của nhà máy xử lý nước thải đã được Ban Hạ tầng phê duyệt thiết kế kỹ thuật, nhưng việc thiết kế phần kết cấu các hạng mục của nhà máy được đặt mục tiêu hoàn thành trước ngày 23/11/2024 đã không đạt được. Đối với phần kiến trúc, việc thiết kế phải hoàn thành trước ngày 14/12/2024, nhà thầu đã nộp 32/33 hạng mục nhưng đến nay chưa có hạng mục nào đầy đủ hồ sơ để được xem xét, phê duyệt. Phần cơ điện của dự án cũng vậy, mục tiêu đặt ra là đến ngày 15/4/2024 công tác thiết kế phần cơ khí và phần điện phải được hoàn thành, nhưng tiến độ đang bị chậm.
Ngoài ra, một loạt các hạng mục khác như nhà lọc rác, bể lọc sạn và dầu mỡ, bể lọc đĩa, bể khử trùng, bể tiêu bùn, bể chứa bùn phân hủy, khu xử lý bùn… cũng đang chậm so với mục tiêu đặt ra, gây áp lực không nhỏ cho ngày vận hành dự án.
250.000 m3 nước thải đổ vào sông Sài Gòn hàng ngày do Dự án vệ sinh môi trường chậm tiến độ 
Mở rộng điều tra sai phạm ở dự án nghìn tỷ vệ sinh môi trường Quảng Bình 
