Hiện tượng El Nino bắt đầu từ cuối 2014, được đánh giá là có cường độ tương đương với El Nino 1997-1998. Kéo dài khoảng 20 tháng, đây cũng là lần El Nino kéo dài nhất từ trước tới nay.
Dưới tác động của El Nino, trong mùa hè năm nay, nhiệt độ trung bình trên phạm vi toàn quốc phổ biến ở mức cao hơn trung bình nhiều năm (TBNN) từ 0,5-1,5 độ. Nắng nóng ở Bắc Bộ và Bắc Trung Bộ sẽ tập trung từ cuối tháng 4 tới cuối tháng 8, tuy nhiên sẽ không gay gắt như năm 2015.
Tại Trung Bộ và Tây Nguyên, dòng chảy trên các sông tiếp tục giảm dần. Tình trạng khô hạn, thiếu nước sẽ diễn ra diện rộng ở khu vực từ Nghệ An đến Bắc Bình Thuận và có khả năng kéo dài tới tháng 8-9.
Ở khu vực Nam Bình Thuận và Tây Nguyên kéo dài đến đầu tháng 6. Xâm nhập mặn có khả năng lấn sâu vào vùng cửa sông, ven biển khu vực Trung Trung Bộ.
Mùa lũ năm 2016 trên các sông ở khu vực Trung Bộ và Tây Nguyên sẽ xuất hiện muộn hơn so với TBNN. Đỉnh lũ năm 2016 trên các sông đều cao hơn đỉnh lũ năm 2015. Người dân cần đề phòng khả năng xuất hiện lũ lớn, lũ quét trên một số sông suối nhỏ.
Diễn biến mưa bão trong nửa cuối năm được đánh giá là phức tạp hơn năm 2015. Nhiều khả năng bão và áp thấp nhiệt đới trên khu vực biển Đông sẽ xuất hiện muộn và ít hơn TBNN (TBNN khoảng 12-13 cơn/năm). Trong đó sẽ có khoảng 4-5 cơn bão, áp thấp nhiệt đới ảnh hưởng trực tiếp đến đất liền nước ta (TBNN khoảng 5-6 cơn) và tập trung vào những tháng cuối năm (tháng 8-11). Dù số lượng cơn bão có ít hơn nhưng lại tiềm ẩn những cơn bão mạnh, có diễn biến và đường đi phức tạp, khó dự đoán.
Theo quy luật khí tượng, La Nina thường xảy ra sau khi El Nino kết thúc. Trước đây, khi đợt El Nino rất mạnh kết thúc vào năm 1998 thì tới năm 1999, các tỉnh miền Trung đã phải hứng chịu cơn đại hồng thuỷ kinh hoàng, nhấn chìm nhiều làng mạc, nhà cửa và làm chết hàng trăm người. Thông thường, khi La Nina xuất hiện thường đi kèm với các thảm hoạ thiên tai như bão, lụt…
