Trước đó, cơ quan Cảnh sát điều tra (CSĐT) Bộ Công an đã kết thúc điều tra và đề nghị Viện KSND Tối cao truy tố đối với 11 bị can, trong đó có Vũ Quốc Hảo, nguyên Tổng Giám đốc; Nguyễn Văn Tài, nguyên Phó Tổng Giám đốc Công ty ALCII và Đặng Văn Hai, Chủ tịch Hội đồng thành viên Công ty TNHH Quang Vinh.
Với chức năng kiểm sát điều tra và thực hành quyền công tố, Viện KSND Tối cao đã yêu cầu cơ quan CSĐT Bộ Công an tiếp tục điều tra bổ sung, làm rõ 8 vấn đề trong vụ án; có căn cứ để xử lý các bị can theo qui định của pháp luật. Trong đó, đáng chú ý: Làm rõ số tiền Đặng Văn Hai, Chủ tịch Hội đồng thành viên Công ty TNHH Quang Vinh trả cho Vũ Quốc Hảo, nguyên Tổng Giám đốc ALC II. Số tiền 120 tỷ đồng được giải ngân, trong đó có 75 tỷ đồng dùng trả nợ cho Vũ Quốc Hảo. Việc Hảo lợi dụng chức vụ, quyền hạn, bàn với Hai trước khi ký hợp đồng khống từ tài sản của Công ty ALC II có dấu hiệu phạm tội "Tham ô tài sản", việc Cơ quan CSĐT - Bộ Công an đề nghị truy tố Hảo về tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ" là chưa phù hợp.
Đối với khoản tiền 4,9 tỷ đồng mà Hảo chiếm hưởng trong vụ thanh lý tài sản Doanh nghiệp tư nhân Anh Phương, Viện KSND Tối cao không đồng quan điểm đề nghị truy tố Hảo tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn...", mà có dấu hiệu phạm tội "Tham ô tài sản".
Điều tra làm rõ việc Đặng Văn Hai trực tiếp chỉ đạo sửa chữa các giấy tờ liên quan đến nhập khẩu cần cẩu, sửa chữa giá gốc từ 2,07 triệu USD thành 5 triệu USD để bán cho Công ty ALC II với giá cao, việc ký và thực hiện hợp đồng này có dấu hiệu "Tội lừa đảo chiếm đoạt tài sản"...
Đối với số cán bộ có trách nhiệm quản lý ở Agribank Việt Nam và Công ty ALC II, qua điều tra xác định ông Đỗ Tất Ngọc, nguyên Chủ tịch HĐQT; ông Nguyễn Hữu Lương, Trưởng ban kiểm soát HĐQT Agribank Việt Nam; ông Võ Hồng, nguyên Chủ tịch HĐQT Công ty ALC II có hành vi thiếu trách nhiệm trong quản lý kinh tế, không thực hiện kiểm tra, giám sát các hoạt động của Công ty ALC II các năm 2007, 2008 và 6 tháng đầu năm 2009, không phát hiện, xử lý kịp thời những sai phạm tại Công ty ALC II dẫn đến gây thất thoát lớn tài sản Nhà nước. Viện KSND Tối cao yêu cầu Cơ quan CSĐT - Bộ Công an tiếp tục điều tra làm rõ sai phạm của từng cá nhân để có biện pháp xử lý theo qui định của pháp luật.
Ngoài ra, Viện KSND Tối cao còn yêu cầu điều tra bổ sung về số tiền Công ty ALC II đã giải ngân cho nhóm Công ty Quang Vinh và hợp đồng giữa Công ty ALC II với Công ty Đại Phú Gia trong việc ký hợp đồng khống, rút tiền để trả nợ xấu cho một số doanh nghiệp có quan hệ với ALC II