Đồng thời, một số cán bộ Hải quan kiểm tra thường xuyên gây khó khăn cho doanh nghiệp như: yêu cầu dỡ hàng ra khỏi container mặc dù hàng hóa đồng nhất có thể nhìn thấy hàng hóa; cán bộ Hải quan không ra ngay biên bản sau khi kiểm hóa xong, kéo dài thời gian hoàn thành giấy tờ hành chính để thông quan cho lô hàng, chưa kể kiểm hóa thành nhiều lần. Việc chậm thông quan sẽ gây thất thu cho ngân sách, doanh nghiệp ngưng hoạt động, nguy cơ mất giao thương giữa hai bên Việt Nam - Campuchia...
Liên quan đến sự việc, ông Nguyễn Thanh Long, Phó Chi Cục Hải quan Cảng Sài Gòn Khu vực 1, Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh, lý giải: Thời gian qua, các doanh nghiệp trên thường xuyên vi phạm thủ tục hải quan đối với hàng hóa quá cảnh. Cụ thể, các vi phạm mà doanh nghiệp trên thường xuyên bị xử phạt vi phạm hành chính, gồm: Khai sai tên hàng, số lượng, chủng loại, xuất xứ, quá cảnh hàng hóa thuộc diện kiểm dịch mà không có giấy phép kiểm dịch. Tỷ lệ vi phạm trong năm 2022 của các doanh nghiệp là 47% -56%.
Do vậy, Hải quan dừng thông quan để kiểm tra thực tế theo đúng quy định của các văn bản pháp luật. Mặt khác, trong đợt cao điểm cuối năm, lực lượng Hải quan ra quân tấn công hàng lậu thì việc làm trên là cần thiết.
Ông Nguyễn Thanh Long cho biết thêm: Về nội dung doanh nghiệp phản ánh Chi cục Hải quan cảng Sài Gòn khu vực 1 ban hành các công văn không cho doanh nghiệp gom trả hàng tại nhiều cảng, khai thác tuyến vận tải theo thực tế vi phạm nghiêm trọng Điều ước quốc tế (Hiệp định vận tải thủy) và gây thiệt hại to lớn cho các doanh nghiệp vận tải trong thời gian từ tháng 9/2020 đến tháng 11/2020, đơn vị đã có nhiều văn bản trả lời cho doanh nghiệp và báo cáo Tổng cục Hải quan.
Theo đó, hàng hóa quá cảnh được thực hiện thủ tục vận chuyển độc lập từ cửa khẩu nhập đầu tiên (cảng Cát Lái) đến cảng đích cuối cùng phải được niêm phong hải quan theo quy định. Trường hợp doanh nghiệp có nhu cầu đến các cảng khác để xếp thêm hàng hoặc dỡ hàng, doanh nghiệp phải thông báo bằng văn bản theo mẫu quy định tại Nghị định 59/2018/NĐ-CP ngày 20/4/2018 và được chi cục Hải quan nơi đi đồng ý, để phối hợp thực hiện công tác giám sát. Chi cục Hải quan cửa khẩu Cảng Sài Gòn khu vực 1 không có thẩm quyền không cho doanh nghiệp gom trả hàng tại nhiều cảng như doanh nghiệp phản ánh.
Ông Nguyễn Hữu Nghiệp, Phó Cục trưởng Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh, cho biết thêm: Đã ghi nhận những vướng mắc, kiến nghị của các doanh nghiệp trên. Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh luôn thực hiện đúng cam kết với cộng đồng doanh nghiệp về công tác tạo thuận lợi thương mại. Bên cạnh việc tạo thuận lợi thương mại, hỗ trợ doanh nghiệp thực hiện tốt pháp luật về hải quan trong hoạt động quá cảnh hàng hóa, Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh đã chú trọng kiểm soát chặt chẽ, kiên quyết đấu tranh với những trường hợp sai phạm, lợi dụng loại hình dịch vụ quá cảnh nhằm buôn lậu, đánh tráo hàng hóa.
Đối với tỷ lệ kiểm tra hàng hóa, Hải quan căn cứ vào nhiều thông tin trong công tác quản lý rủi ro. Nếu doanh nghiệp thường xuyên vi phạm, sẽ bị hệ thống quản lý rủi ro của ngành Hải quan ghi nhận, phân loại thuộc nhóm doanh nghiệp rủi ro. Do vậy, doanh nghiệp vận chuyển hàng quá cảnh phải hạn chế vi phạm, mới giảm được tỷ lệ kiểm tra hàng hóa.
Ông Nguyễn Hữu Nghiệp lưu ý, thời gian kiểm tra hàng hóa nhanh hay chậm phụ thuộc vào việc xuất trình hàng hóa của doanh nghiệp. Trên thực tế, một số doanh nghiệp còn chậm trễ, trì hoãn trong việc xuất trình hàng hóa cho Hải quan kiểm tra. Hải quan sẽ rà soát, thực hiện kiểm tra một cách nhanh nhất. Tuy nhiên, doanh nghiệp cũng cần phối hợp thực hiện tốt các yêu cầu của cơ quan Hải quan. Việc kiểm tra hàng hóa, phân luồng, tỷ lệ kiểm tra, đều được thể hiện cơ sở dữ liệu trên hệ thống quản lý của cơ quan Hải quan.
Liên quan đến kiểm tra hàng quá cảnh, kiến nghị về khai chi tiết hàng hóa, Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh sẽ thu thập thêm thông tin để báo các bộ, ngành xem xét; về giấy phép chuyên ngành, quy định của pháp luật rất rõ và cụ thể các doanh nghiệp phải chủ động, thực hiện theo đúng quy định của pháp luật. Hàng quá cảnh phải tuân thủ các hiệp định chung của Việt Nam và các nước quá cảnh. Hàng quá cảnh có hàng cấm, doanh nghiệp có thể xin giấy phép của cơ quan xuất nhập khẩu của Bộ Công Thương theo đúng quy định của pháp luật...
Theo Chi cục Hải quan cửa khẩu Cảng Sài Gòn khu vực 1, dữ liệu kiểm tra thực tế của cơ quan Hải quan cho thấy đến 90% hàng hoá dừng kiểm không phải là container chỉ có một mặt hàng mà gồm nhiều mặt hàng với đa dạng quy cách đóng gói; 10% các container theo khai báo là một mặt hàng thì được đóng đầy container, không có đủ không gian để kiểm tra đối chiếu hàng hoá nếu không lấy hàng ra khỏi container.
Doanh nghiệp vận tải tiếp tục được giảm phí, bớt gánh lo 
Doanh nghiệp vận tải “ngồi trên đống lửa” 
