UBND tỉnh cũng ra quyết định truy thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp của Nhà máy Cồn rượu với số tiền trên 270 triệu đồng. Lý do truy thu là mặc dù đã bị cấm hoạt động nhưng từ tháng 5/2009 đến tháng 4/2010, nhà máy này vẫn hoạt động sản xuất, xả hơn 20.000 mét khối hèm ra sông Trà Khúc chưa qua xử lý.
UBND tỉnh Quảng Ngãi cũng yêu cầu Công ty cổ phần Đường Quảng Ngãi bồi thường thiệt hại cho các hộ dân theo thống kê của các ngành liên quan. Nếu phía Công ty cổ phần Đường Quảng Ngãi vẫn không thực hiện quyết định này thì tỉnh sẽ chỉ đạo các đơn vị liên quan giúp người dân về thủ tục pháp lý để khởi kiện theo quy định