Mặc dù Sở NN-PTNT và quận Hoàng Mai yêu cầu Công ty Khai thác điểm đỗ xe Hà Nội chấm dứt vi phạm trong việc đổ đất, phế thải khu vực gầm cầu Thanh Trì, đồng thời tự khắc phục hậu quả, thế nhưng Công ty vẫn cố tình vi phạm Luật Đê điều. Để xử lý dứt điểm vi phạm đổ đất, phế thải tại chân cầu Thanh Trì, UBND quận Hoàng Mai đề nghị UBND TP tiếp tục chỉ đạo các Sở, ngành liên quan của TP cùng với quận Hoàng Mai có biện pháp xử lý dứt điểm vi phạm.
Chỉ đạo vấn đề này, Phó Chủ tịch UBND TP Hà Nội Trần Xuân Việt giao Sở NN-PTNT cùng UBND quận Hoàng Mai, Công an TP, Sở Giao thông Vận tải hoàn thiện hồ sơ về việc đổ đất, phế thải xây dựng san lấp mặt bằng khu vực gầm cầu Thanh Trì vi phạm pháp luật về đê điều.
Căn cứ hồ sơ vi phạm, Sở Giao thông Vận tải chủ trì, phối hợp với UBND quận Hoàng Mai chỉ đạo Công ty Khai thác điểm đỗ xe Hà Nội không tiếp tục đổ đất, phế thải xây dựng; yêu cầu Công ty bốc xúc toàn bộ đất, phế thải xây dựng đã đổ trong khu vực được giao quản lý đến đúng nơi quy định xong trước ngày 15/7/2012.
Sau thời gian nêu trên, Công ty Khai thác điểm đỗ xe Hà Nội tiếp tục đổ đất, phế thải xây dựng hoặc không bốc xúc toàn bộ đất, phế thải xây dựng đã đổ trong khu vực được giao quản lý, UBND quận Hoàng Mai lập hồ sơ xử lý, tổ chức cưỡng chế theo quy định xong trước ngày 31/7/2012