Theo phương án của Cục Đường sắt Việt Nam, chủ đầu tư dự án trên, Dự án sẽ đi qua địa bàn các quận Tây Hồ, Ba Đình, Đống Đa, Cầu Giấy; các huyện Từ Liêm, Hoài Đức, Quốc Oai, Thạch Thất và xin UBND TP có ý kiến thỏa thuận về vị trí, quy mô xây dựng công trình nhằm đảm bảo tính đồng bộ và phù hợp với quy hoạch phát triển của Hà Nội.
Cục Đường sắt Việt Nam cũng đã đưa ra phương án bồi thường, hỗ trợ giải phóng mặt bằng đối với đất vi phạm trong phạm vi hành lang an toàn giao thông đường sắt là trên 480 tỷ đồng