Quy hoạch dự kiến xây dựng 24 nhà máy xử lý nước thải sinh hoạt cho các đô thị thuộc phạm vi lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy, trong đó TP Hà Nội xây dựng 12 nhà máy, thị trấn Lương Sơn (Hòa Bình) 1 nhà máy, TP Phủ Lý (Hà Nam) 4 nhà máy, TP Ninh Bình (Ninh Bình) 4 nhà máy, TP Nam Định (Nam Định) 3 nhà máy.
Chi phí cho hoạt động này lên tới 90.429 tỉ đồng (năm 2020) và 108.302 tỉ đồng (năm 2030)