Sau khi Thanh tra Chính phủ có kết luận về tình hình sản xuất kinh doanh của Vinalines, đơn vị này đã có văn bản chính thức gửi các cơ quan chức năng. Theo đó, Vinalines “thẳng thắn nhìn nhận” trong giai đoạn phát triển nóng, chất lượng công tác dự báo thị trường của Tổng Công ty chưa đạt yêu cầu dẫn đến nóng vội trong hoạt động đầu tư phát triển đội tàu. Mặt khác, mô hình quản lý còn nhiều bất cập khiến cho công tác quản lý, kiểm tra, giám sát chưa được thực hiện triệt để và chặt chẽ. Còn xảy ra tình trạng lãng phí, kém hiệu quả tại một số DN trong tổng công ty. Đây cũng là những tồn tại đã được Thanh tra Chính phủ kết luận.
Ngoài nguyên nhân chủ quan trên, Vinalines cũng cho biết có những nguyên nhân khách quan tác động đến kết quả sản xuất kinh doanh âm của họ. Nguyên nhân chính là sự suy giảm đột ngột và kéo dài của thị trường vận tải biển từ nửa cuối 2008 đến nay. Giá cước đã giảm mạnh từ gần 14.000 điểm vào tháng 7/2008 xuống còn gần 800 điểm vào cuối năm này và giữ mức thấp trong suốt năm 2011. Trong khi đó, chi phí đầu vào như nhiên liệu, lãi vay, chi phí sửa chữa, nhân công lại luôn ở mức cao.
Một lý do khác được Vinalines cho rằng có ảnh hưởng tiêu cực đến hoạt động sản xuất kinh doanh của họ là do tiếp nhận một số doanh nghiệp và dự án đầu tư của Vinashin theo chỉ đạo của Chính phủ. Sau khi tiếp nhận, đơn vị này cũng đã sắp xếp lại, hỗ trợ về nhân lực, tài chính để duy trì hoạt động của các DN, từng bước cắt lỗ. Ngoài ra, Vinalines cũng hỗ trợ về tài chính và thủ tục pháp lý để giải quyết các vụ tranh chấp tại nước ngoài đối với các tàu của Công ty TNHH MTV Vận tải Viễn dương Vinashin.
Trong văn bản này, Vinalines cũng cho biết họ đang khẩn trương triển khai công tác sắp xếp, đổi mới mô hình tổ chức và khắc phục những yếu kém, tồn tại, từng bước ổn định sản xuất để vượt qua giai đoạn khó khăn hiện nay
