Theo số liệu tạm tính vào ngày 5/1/2012, trong cuộc chốt nợ giữa Công ty với 8 chi nhánh ngân hàng tại Đắk Lắk là 2.000 tỷ đồng. Tuy nhiên, đến tháng 3/2012, phía Vinacafe Buon Ma Thuot khẳng định, con số nợ còn khoảng 1.600 tỷ đồng. Trong đó, nguồn tài sản gồm kho bãi, bất động sản, đoàn xe tải 55 chiếc được các ngân hàng nhận thế chấp định giá khoảng 1.250 tỷ đồng, cùng với lượng hàng tồn có thể bán tiếp trị giá gần 300 tỷ đồng. Nếu như những giá trên là thực tế thì Vinacafe Buon Ma Thuot vẫn chưa mất khả năng trả nợ cho ngân hàng.
Trước sự nợ nần chồng chất, ngày 15/3, UBND tỉnh Đắk Lắk đã quyết định dừng dự án xây dựng công trình Trung tâm Thương mại tại huyện Cư Kuin, Đắk Lắk của Vinacafe Buon Ma Thuot, vì không còn đủ sức triển khai.
Ngoài ra, liên quan đến một món nợ khác nữa giữa đại lý cà phê Kim Ngọc với Vinacafe Buon Ma Thuot và đang dẫn đến tranh chấp, khiếu kiện ra tòa từ 2 năm nay. Vụ kiện này, đại lý cà phê Kim Ngọc ở xã Hòa Thắng, TP Buôn Ma Thuột yêu cầu Vinacafe Buon Ma Thuot trả nợ số tiền hơn 18.356,476 tấn cà phê mà đại lý Kim Ngọc ký gửi. Bản án sơ thẩm ngày 15/9/2011, Tòa án nhân dân TP Buôn Ma Thuột tuyên buộc Vinacafe Buon Ma Thuot phải trả cho bà Ngọc 18.356,476 tấn cà phê. Thế nhưng, tại phiên tòa phúc thẩm, Tòa án nhân dân tỉnh Đắk Lắk đã hủy án trả hồ sơ xét xử lại từ đầu. Vụ án lại bị kéo dài gây nhiều bất lợi cho bên khiếu kiện