Công trình do Tổng Công ty Đầu tư phát triển đô thị và Khu công nghiệp Việt Nam (IDICO) làm chủ đầu tư, với tổng kinh phí xây dựng dự kiến trên 4.150 tỉ đồng, đã được khởi công vào cuối tháng 4/2007. Thế nhưng, cuối tháng 5/2009, UBND TP Đà Nẵng có văn bản đề nghị Bộ Công Thương, Bộ Tài nguyên & Môi trường, buộc chủ đầu tư phải trả nước về hạ lưu sông Vu Gia, tạm dừng việc thi công đập. Với lý do, thủy điện Đắk Mi 4 đi vào hoạt động sẽ làm thiếu nước trầm trọng hạ lưu sông Vu Gia, đặc biệt là việc cung cấp nước sinh hoạt và thủy lợi cho người dân TP Đà Nẵng. Điều đó cũng đồng nghĩa làm tăng xâm nhập mặn của nước biển trong những đợt hạn hán cực đại… Tiếp theo đó, UBND TP Đà Nẵng có văn bản báo cáo Thủ tướng Chính phủ về việc tranh chấp nguồn nước và khắc phục tình hình thiếu nước ở hạ lưu sông Vu Gia liên quan đến thủy điện Đắk Mi 4.
Sau khi có ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Công thương đã tổ chức cuộc họp với UBND TP Đà Nẵng, tỉnh Quảng Nam, Văn phòng Chính phủ, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Tài nguyên và Môi trường, Chủ đầu tư công trình thủy điện Đắk Mi 4 và các đơn vị tư vấn; đồng thời thành lập Tổ chuyên gia thẩm định vấn đề xả nước ở hồ thủy điện Đắk Mi 4. Đến nay, Tổ chuyên gia thẩm định đã có báo cáo kết quả, song UBND TP Đà Nẵng không tán thành...
Ngày 5/3, UBND TP Đà Nẵng đã có Văn bản số 1352/UBND-KTN gửi hỏa tốc báo cáo Thủ tướng Chính phủ về việc xả nước sau đập thủy điện Đắk Mi 4 về lại hạ lưu sông Vu Gia. Trong văn bản này, UBND TP Đà Nẵng khẳng định: Báo cáo rà soát và cập nhật tính toán cân bằng nước sông Vu Gia của Viện Quy hoạch Thủy lợi lập tháng 1/2010, là báo cáo chính được Tổ thẩm định xem xét, đánh giá việc ảnh hưởng đến nguồn nước sông Vu Gia. Báo cáo này tính toán lượng nước đến thiên lớn và lượng nước yêu cầu thiên nhỏ nên dẫn đến kết quả cân bằng nước không đúng với tình hình thực tế hiện nay và trong quá khứ 35 năm qua. Lượng nước do thủy điện Đắk Mi 4 chuyển khỏi lưu vực sông Vu Gia là quá lớn so với tổng dung tích các hồ chứa thủy điện khác bổ sung nước cho sông Vu Gia nên hạ lưu sông, gồm các huyện: Đại Lộc, Điện Bàn, TP Hội An (Quảng Nam) và TP Đà Nẵng sẽ thiếu nước nghiêm trọng trong mùa khô, nhất là khi xảy ra hạn hán kéo dài. Vì vậy, UBND thành phố đề nghị Thủ tướng Chính phủ yêu cầu Bộ Công thương chỉ đạo chủ đầu tư công trình thủy điện Đắk Mi 4 bổ sung thiết kế tăng công suất phát điện trong mùa mưa và thiết kế cống xả qua thân đập thủy điện tại cao trình mực nước chết với lưu lượng 47m3/s.
Chế độ xả nước về sông Vu Gia thực hiện từ tháng 1 đến tháng 9 trong năm, nếu dòng chảy lớn hơn 47m3/s thì xả với lưu lượng 47m3/s; còn nhỏ thua 47m3/s thì xả toàn bộ dòng chảy cơ bản đó về lại sông Vu Gia. Trường hợp Bộ Công Thương và chủ đầu tư không thống nhất thì căn cứ Nghị định số 120/2008/NĐ-CP về quản lý lưu vực sông, đề nghị Thủ tướng Chính phủ giao cho Bộ Tài nguyên và Môi trường đề xuất, xử lý dứt điểm vụ việc trong quý II/2010