Những năm làm giám đốc ở đây, Nguyễn Quốc Hùng cũng đã để mất khá nhiều rừng. Đặc biệt, vào đầu năm 2009, Công ty TNHH Nông nghiệp Đại Vĩnh Phát ở TP HCM lên Đắk Lắk đặt vấn đề xin đất, đầu tư trồng rừng, xây dựng dự án phức hợp khu dân cư ở Ea H’leo, Đắk Lắk.
Để thực hiện dự án, phía Công ty TNHH Nông nghiệp Đại Vĩnh Phát đã ký hợp đồng với Nguyễn Lưu Minh Khôi (37 tuổi) tự xưng là Giám đốc Công ty TNHH Tiến Thành ở Đắk Nông nhằm thỏa thuận việc làm thủ tục giấy tờ đất đai cho dự án. Nguyễn Lưu Minh Khôi là một thợ tiện cơ khí nhưng có quan hệ quen biết với Công ty TNHH Tiến Thành ở Đắk Nông nên đã lấy danh nghĩa công ty này làm giả tài liệu đứng ra ký kết hợp đồng làm ăn với Công ty TNHH Nông nghiệp Đại Vĩnh Phát.
Theo khai nhận của các đối tượng và tài liệu cơ quan CSĐT Công an Đắk Lắk xác định, vào tháng 2/2009, Nguyễn Lưu Minh Khôi đến nhà Giám đốc Công ty Lâm nghiệp Chư Phả, Nguyễn Quốc Hùng chung chi 50 triệu đồng và đặt vấn đề xin đất của công ty này cho Công ty TNHH Nông nghiệp Đại Vĩnh Phát để thực hiện dự án.
Sau đó, ông Nguyễn Quốc Hùng đã đồng ý cho Công ty TNHH Nông nghiệp Đại Vĩnh Phát lập kế hoạch khảo sát dự án trồng cây cọ tại tiểu khu 3 và giao 67ha đất của Công ty Lâm nghiệp Chư Phả quản lý cho Công ty TNHH Nông nghiệp Đại Vĩnh Phát thực hiện dự án khu phức hợp dân cư và công nghiệp phục vụ nông nghiệp… Tiếp đó, ngày 7/4/2009 Nguyễn Lưu Minh Khôi đến nhà Nguyễn Quốc Hùng đưa cho vợ ông Hùng số tiền 100 triệu đồng theo thỏa thuận.
Sau khi Nguyễn Lưu Minh Khôi bị Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Đắk Lắk bắt xử lý về hành vi làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan tổ chức thì sự việc trên mới vỡ lở.
Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Đắk Lắk đã kết thúc điều tra, chuyển hồ sơ vụ án sang Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Đắk Lắk đề nghị truy tố các bị can Nguyễn Quốc Hùng về tội "Nhận hối lộ", truy tố Nguyễn Lưu Minh Khôi về tội "Đưa hối lộ" và tội "Làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan tổ chức"