Bộ cũng tiến hành 10 cuộc thanh tra, kiểm tra về tài nguyên nước với 36 đơn vị và đã phát hiện nhiều sai phạm: Không lắp thiết bị quan trắc, thiết bị đo lưu lượng; không có sổ nhật ký vận hành; chưa nộp thuế tài nguyên nước...
Bộ đã xử phạt 18 tổ chức với số tiền 278 triệu đồng