Tại buổi đối thoại, nhiều vấn đề doanh nghiệp còn thắc mắc, cần được tháo gỡ chủ yếu là các vấn đề về hoá đơn chứng từ, sử dụng phần mềm nước ngoài, thuế suất ưu đãi cho doanh nghiệp đầu tư vào khu công nghiệp… Đại diện Công ty Trường Thịnh băn khoăn: Khi xuất khẩu một lô hàng gồm nhiều mặt hàng thì mỗi mặt hàng phải làm một tờ hoá đơn (Invoice).
Như vậy, chỉ một lô hàng mà có quá nhiều hoá đơn, điều này khiến khách hàng ngán ngẩm, không muốn làm ăn với công ty vì hoá đơn lằng nhằng. Vì vậy, doanh nghiệp phải làm thế nào để vượt qua khó khăn này; Tuy nhiên, theo giải thích của đại diện Cục Thuế thì doanh nghiệp không cần phải có hàng loạt Invoice như vậy, mà chỉ cần 1 Invoice, kèm theo Invoice đó là một bảng kê các mã hàng có trong lô hàng xuất khẩu, như vậy là đủ.
Một doanh nghiệp sử dụng phần mềm quốc tế cũng thắc mắc: Doanh nghiệp sử dụng phần mềm quốc tế, khi xuất hoá đơn thì trên hoá đơn thể hiện bằng tiền đôla. Như vậy có hợp lý? Đại diện Cục Thuế cũng cho rằng, theo quy định, đồng tiền trên hoá đơn là tiền VND.
Đối với các đơn vị được phép bán hàng thu ngoại tệ thì trên hoá đơn ghi tiếng Việt và tỷ giá. Như vậy, trường hợp của doanh nghiệp trên ghi bằng đôla là không được phép. Để không vi phạm về quản lý ngoại hối cũng như về hoá đơn chứng từ, doanh nghiệp cần khắc phục bằng cách trên hoá đơn phải thể hiện tiền là VND…
Liên quan vấn đề gia hạn nộp thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) được nhiều doanh nghiệp quan tâm, bà Trần Thị Lệ Nga - Trưởng phòng Tuyên truyền và Hỗ trợ thuế - Cục Thuế TP Hồ Chí Minh cho biết: Việc gia hạn thời hạn nộp thuế TNDN đã được triển khai thực hiện trong những năm qua, nhưng năm 2011 có những điểm khác biệt.
TNDN phải nộp năm 2011 của doanh nghiệp nhỏ và vừa (DNNVV). DNNVV được gia hạn nộp thuế phải là doanh nghiệp đáp ứng tiêu chí về vốn hoặc lao động theo quy định tại khoản 1 điều 3 Nghị định số 56/2009/NĐ-CP ngày 30/6/2009 của Chính phủ về trợ giúp phát triển DNNVV
