Theo đó, Cục Thuế đã bãi bỏ, chấn chỉnh một số thủ tục hành chính thuế thuộc thẩm quyền của Cục Thuế như: Bãi bỏ Văn bản số 1055/CT-NV ngày 10/02/1999 của Cục Thuế TP về việc đăng ký hợp đồng xây dựng với cơ quan thuế trực tiếp quản lý. NNT có hoạt động thi công xây dựng trên địa bàn TP HCM không phải đăng ký hợp đồng thi công xây dựng với cơ quan thuế trực tiếp quản lý; chấn chỉnh việc yêu cầu NNT phải nộp hồ sơ khai thuế nhiều hơn theo quy định (3 bộ).
Theo đó, NNT khi nộp hồ sơ khai thuế bằng giấy cho cơ quan thuế trực tiếp quản lý chỉ lập 2 bộ hồ sơ khai thuế (1 bộ nộp cơ quan thuế, 1 bộ lưu tại doanh nghiệp có đóng dấu ngày nộp hồ sơ khai thuế). NNT nộp hồ sơ khai thuế bằng giấy trực tiếp cho cơ quan thuế sử dụng phần mềm hỗ trợ kê khai thuế do Tổng cục Thuế cung cấp miễn phí.
Trường hợp phần mềm này bị lỗi thì NNT thiết kế mẫu biểu theo quy định để lập và nộp hồ sơ khai thuế cho cơ quan thuế; Còn về thủ tục khóa mã số thuế (MST) đối với doanh nghiệp làm thủ tục giải thể thì đối chiếu một số quy định như: Điều 158 Luật Doanh nghiệp có hiệu lực thi hành từ năm 2006; Thông tư số 85/2007/TT-BTC ngày 18/7/2007 của Bộ Tài chính và Thông tư 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007.
Về số kiến nghị của NNT liên quan đến quy trình thủ tục thuế, chính sách thuế thuộc thẩm quyền của TW, Cục Thuế TP cũng đã có văn bản báo cáo Tổng cục Thuế để xem xét, sửa đổi phù hợp.
Riêng về kiến nghị phần mềm hỗ trợ kê khai thuế khi kê khai quyết toán thuế TNCN đối với đơn vị chi trả thu nhập trên hồ sơ kê khai theo mẫu 05/KK-TNCN, bảng kê 05A/BK-TNCN và bảng kê 05B/BK-TNCN không cho phép kê khai nhập từ file dữ liệu đối với đơn vị chi trả có số lao động từ 3.000 trở lên, Tổng cục Thuế đã ghi nhận và đã khắc phục lỗi này trên phần mềm hỗ trợ quyết toán thuế TNCN tại phiên bản 1.2.0
