Mục tiêu chủ yếu của cuộc Tổng điều tra là thu thập thông tin cơ bản về nông thôn, nông nghiệp và thủy sản nhằm đánh giá thực trạng, phân tích xu hướng biến đổi, xây dựng kế hoạch, chiến lược phát triển khu vực nông nghiệp, nông thôn và cải thiện mức sống dân cư nông thôn trên phạm vi cả nước, cũng như từng địa phương; đánh giá kết quả thực hiện một số nội dung trong các chương trình mục tiêu quốc gia về công nghiệp hóa, hiện đại hóa nông nghiệp, nông thôn và xây dựng nông thôn mới; phục vụ so sánh quốc tế về các chỉ tiêu khu vực nông nghiệp và nông thôn; xây dựng cơ sở dữ liệu của khu vực nông nghiệp và nông thôn, phục vụ công tác nghiên cứu chuyên sâu và làm dàn chọn mẫu cho một số cuộc điều tra định kỳ của các năm tiếp theo.
Nội dung Tổng điều tra gồm các nhóm thông tin cơ bản về thực trạng nền sản xuất khu vực nông nghiệp (số đơn vị sản xuất, lao động; tư liệu sản xuất; hoạt động trợ giúp…), về nông thôn và dân cư nông thôn (hộ, lao động và đời sống cư dân nông thôn; kết cấu hạ tầng nông thôn; làng nghề; đào tạo nghề ở nông thôn…), và thông tin phục vụ nghiên cứu về giới trong khu vực nông nghiệp và nông thôn (vai trò phụ nữ trong sản xuất nông, lâm nghiệp và thủy sản; tuổi, giới tính, trình độ học vấn và trình độ chuyên môn kỹ thuật của một số chức vụ lãnh đạo xã,…).
So với cuộc Tổng điều tra được tiến hành lần trước vào năm 2006, nội dung cuộc Tổng điều tra lần này có nhiều nét mới như: bổ sung điều tra các thông tin về kết cấu hạ tầng thôn, ấp, bản; về hoạt động trợ giúp sản xuất nông nghiệp ở nông thôn. Kết quả sơ bộ của cuộc Tổng điều tra sẽ được công bố vào tháng 12/2011. Kết quả chính thức công bố vào quý III năm 2012