Theo đó, giai đoạn từ 30/9/2008 đến nay do Bộ Xây dựng làm chủ đầu tư chưa đáp ứng được yêu cầu tiến độ.
Nguyên nhân được Bộ Xây dựng xác định là do: từ khi nhận bàn giao dự án, công tác rà soát hồ sơ, tiến hành các thủ tục hành chính, pháp lý để chuyển sang chủ đầu tư mới (trước thời điểm 30/9/2008, dự án do Đại học Quốc gia Hà Nội làm chủ đầu tư), xử lý các công việc dở dang mất rất nhiều thời gian; đây là một dự án lớn của cả nước (quy mô đào tạo 100.000 sinh viên, diện tích 1.000ha) có tổng nhu cầu vốn đầu tư lớn nên có độ phức tạp cao, quá trình chuẩn bị đầu tư, giải phóng mặt bằng kéo dài, tổ chức triển khai gặp nhiều khó khăn; hiện quy hoạch chung và quy hoạch chi tiết đã phải thay đổi rất nhiều theo nhu cầu phát triển nên không thể kế thừa mà triển khai các thành phần đã được phê duyệt; việc mở rộng địa giới hành chính Thủ đô cũng là một tác nhân ảnh hưởng đến tiến độ triển khai dự án