Trong 2 tháng đầu năm 2013, kết quả thực hiện thanh toán này cũng chiếm tới 57,3% tổng thu NSNN của ngành Hải quan. Phương thức thu NSNN qua ngân hàng thương mại được đánh giá là hiện đại và hiệu quả. Vì vậy, để tạo thuận lợi hơn nữa cho người nộp thuế và để hiện đại hóa công tác thu NSNN thì việc mở cả chiều rộng và chiều sâu phương thức thu này là cần thiết. Đối với doanh nghiệp (DN), giảm bớt thời gian, chi phí giấy tờ trong việc thực hiện thông quan hàng hoá XNK.
Thông quan hàng hoá cũng được nhanh chóng và thuận lợi hơn. Với cơ quan Hải quan, thu được tiền thuế nhanh chóng, đầy đủ, chính xác, kịp thời vào NSNN. Từ đó, dữ liệu nhận từ kho bạc tương đối kịp thời, đầy đủ, chính xác, giúp công tác quản lý thuế thuận lợi và hiệu quả, giảm bớt áp lực về nhân lực tham gia quản lý thu NSNN.
Chính vì thế, những trường hợp cưỡng chế nhầm cũng không còn xảy ra. Hiện nay, một số ngân hàng có chương trình “Thu thuế XNK online” đối với DN XNK. Ngay sau khi khách hàng nộp thuế XNK, thông tin nộp thuế sẽ truyền sang Kho bạc Nhà nước để hạch toán thuế, đồng thời truyền sang cơ quan Hải quan để thông quan hàng hóa. Như vậy, không những giảm bớt thời gian, công sức cho việc nộp thuế, mà còn giảm thời gian lưu kho bãi, giải phóng hàng hóa nhanh chóng, giảm thiểu tối đa chi phí phát sinh ngoài ý muốn.
Với lợi ích kép đem lại trong việc phối hợp thu NSNN qua ngân hàng đã đa dạng hóa các hình thức nộp thuế, giúp người nộp thực hiện nghĩa vụ nhanh chóng, thuận tiện hơn. Với ưu điểm là dữ liệu nộp thuế của khách hàng được kết nối trực tiếp với hệ thống thông tin liên ngành của Bộ Tài chính, Kho bạc Nhà nước, Tổng cục Thuế và Tổng cục Hải quan, ngân hàng có thể truy vấn thông tin về số thuế/tờ khai hải quan của khách hàng được chuẩn xác.
Từ đó, ngân hàng thu thuế và hạch toán thông tin nộp thuế của DN đến các cơ quan liên ngành một cách chính xác, kịp thời và nhanh chóng. Riêng đối với các khoản thuế phải nộp định kỳ, DN chỉ cần ký hợp đồng sử dụng dịch vụ thu thuế tự động là có thể yên tâm về nộp thuế đầy đủ, đúng hạn. Lợi ích đem lại đã rõ, tuy nhiên cho đến thời điểm hiện tại khả năng cung ứng dịch vụ đối với cộng đồng DN XNK chưa cao, thông tin về số thuế đã nộp mới chỉ dừng ở mức xét thời hạn nộp thuế hoặc thông quan, giải phóng hàng.
Việc sử dụng dữ liệu của các ngân hàng mới đang dừng ở bước xét ân hạn thuế, tạm giải phóng hàng mà chưa được hạch toán vào chương trình kế toán thuế nên việc thanh khoản nợ thuế các tờ khai chưa thực hiện online. Thông tin tờ khai nợ thuế phi mậu dịch chưa có trong hệ thống. DN sau khi đã nộp thuế tại các ngân hàng không kiểm tra được thông tin trên hệ thống tại các chi cục hải quan để xét thời hạn nộp thuế hoặc thông quan, giải phóng hàng.
Để triển khai mở rộng phối hợp thu NSNN với các ngân hàng thương mại, đáp ứng mục tiêu thực hiện thanh toán điện tử đến cuối năm 2013 đạt 70-80% Cục Thuế XNK đã đề xuất mở rộng và nâng cấp Cổng thanh toán điện tử để đáp ứng yêu cầu khi vận hành hệ thống thông quan tự động VNACCS/VCIS. Trong đó, bổ sung các chức năng cho Cổng, cho phép thanh toán tất cả các khoản thu của ngành Hải quan (hiện tại chỉ thanh toán thuế, lệ phí)
