Theo lịch công tác tuyển sinh năm 2013, thí sinh bắt đầu nộp hồ sơ đăng kí dự thi từ ngày 11/3/2013 và kết thúc vào 17h ngày 19/4/2013. Tuy nhiên, theo Thông tư Liên tịch mới ban hành thì mức thu lệ phí thi đã tăng lên 105.000 đồng/hồ sơ và có hiệu lực từ ngày 25/4, khi đó đã hết hạn nộp hồ sơ đăng ký dự thi.
Điều này đang gây khó khăn cho các trường trong việc thu lệ phí, thu mức cũ hay mức mới… Để tạo điều kiện thuận lợi cho việc thu, nộp lệ phí tuyển sinh theo đúng quy định của Thông tư đã ban hành, Cục Khảo thí và Kiểm định chất lượng giáo dục hướng dẫn cách thu, nộp lệ phí tuyển sinh như sau: Thí sinh nộp hồ sơ đăng kí dự thi phải nộp lệ phí tuyển sinh theo quy định tại Thông tư liên tịch số 21/2010/TTLT/BTC-BGD&ĐT ngày 11/2/2010 của Liên tịch Bộ Tài chính - Bộ Giáo dục và Đào tạo (Thông tư cũ). Phần chênh lệch lệ phí tuyển sinh được quy định tại hai Thông tư nêu trên, các đại học, học viện; các trường đại học, cao đẳng trực tiếp tổ chức thu trong ngày thí sinh làm thủ tục dự thi tại trường.
Như vậy, trước mắt thí sinh chỉ phải nộp 80.000 đồng/hồ sơ (đây là mức thu cũ bao gồm cả lệ phí đăng ký dự và lệ phí thi). Khi dự thi, thí sinh sẽ nộp tiếp phần chênh lệch là 25.000 đồng