Tại buổi đối thoại, Cục Thuế TP đã "gỡ" vướng mắc cho 28 câu hỏi gởi trước của các doanh nghiệp, đồng thời giải đáp trực tiếp những thắc mắc của các doanh nghiệp tham gia buổi đối thoại.
Vướng mắc của đại diện Công ty CP dược phẩm Việt Hà (phường 15, quận 10): Luật thuế TNCN quy định không đánh thuế lao động có thu nhập dưới 9 triệu đồng bắt đầu từ tháng 8, nhưng mức 9 triệu đồng là chỉ tính trên lương hay bao gồm tất cả các khoảng khác như: Thưởng, điện thoại, xăng xe… Đại diện Cục Thuế cho biết, theo quy định thu nhập tính thuế là tính các khoản thu nhập trong năm. Do đó, ngoài lương thì các khoản khác nêu như trên đều phải tính thuế.
Một số doanh nghiệp cũng cho rằng, mặc dù Cục Thuế TP Hồ Chí Minh cũng đã tổ chức rất nhiều buổi đối thoại để tháo gỡ vướng mắc cho doanh nghiệp trong lĩnh vực thuế. Tuy nhiên, những buổi đối thoại như vậy cũng chỉ tháo gỡ được phần nào của doanh nghiệp.
Có doanh nghiệp bức xúc vì đã kiên trì kiến nghị "tháo gỡ" khó khăn, vướng mắc từ năm 2008 cho đến nay nhưng cũng chưa có kết quả. Như Công ty TNHH Xây dựng & Môi trường Phú Thái (phường 3, quận 4), đại diện doanh nghiệp này cho biết, doanh nghiệp có cửa hàng kinh doanh bán lẻ xăng dầu tại quận Tân Phú. Thời điểm tháng 5/2008, doanh nghiệp có xuất hóa đơn doanh số bán hàng cho khách hàng mua, lấy hóa đơn hơn 137 triệu đồng. Còn số lượng doanh số khách vãng lai khoảng gần 630 triệu đồng, do Giám đốc công ty đi công tác nên kế toán để xuất vào tháng sau. Tại thời điểm tháng 6/2008 công ty xuất hoá đơn doanh số bán hàng cho khách vãng lai của tháng 6/2008 là 817 triệu đồng và cộng doanh số khách vãng lai của tháng 5/2008 là gần 630 triệu đồng. Tổng cộng gần 1 tỷ 447 triệu đồng. Sau đó việc xuất hàng của các tháng tiếp theo bình thường.
Theo doanh nghiệp, việc sai sót của doanh nghiệp đã nhanh chóng khắc phục ngay kỳ kế tiếp và đã kê khai đóng thuế vào kỳ 6. Cuối tháng 10/2008, đội kiểm tra thuế của Quận Tân Phú đến kiểm tra lập biên bản xử phạt doanh nghiệp về nội dung: Phạt hành chính về ghi chép, cập nhật số sách chứng từ số tiền 7,5 triệu đồng. Đồng thời, Trưởng đoàn kiểm tra yêu cầu doanh nghiệp tách doanh số ghi trên hóa đơn (doanh số trước thuế của tháng 5 và tháng 6/2008 riêng ra) và ra quyết định doanh nghiệp phải đóng thuế VAT và phạt 100% tiền VAT.
Từ những vấn đề trên, doanh nghiệp thắc mắc: Tại thời điểm tháng 10, đội kiểm tra thuế của quận đến kiểm tra thì doanh nghiệp có bị xử phạt không? Việc chẻ doanh số trên cùng 1 hóa đơn thành 2 kỳ báo cáo thuế là đúng hay sai? Nộp thuế VAT là theo doanh số, nhưng tháng 5 doanh nghiệp đã xuất vào tháng 6 (tháng 10 đoàn mới đến kiểm tra), vậy khoản phạt đó ghi chứng từ ra sao? Một doanh số mà doanh nghiệp phải đóng thuế 2 lần là có đúng không…?
Từ năm 2011 đơn vị chuyển về hoạt động tại quận 4, doanh nghiệp đã đặt vấn đề về công nợ với Chi cục Thuế Tân Phú từ 4 năm qua và yêu cầu phối hợp trợ giúp nhưng Chi cục Thuế quận 4 đã ra quyết định cưỡng chế doanh nghiệp. Như vậy việc cưỡng chế của Chi cục Thuế quận 4 là đúng hay sai? Tại sao Chi cục Thuế quận 4 và Tân Phú không tổ chức họp tháo gỡ cho đơn vị. Doanh nghiệp cho rằng, nếu Chi cục Thuế quận Tân Phú tổ chức tháo gỡ hay cưỡng chế đơn vị từ 2008 thì đơn vị đã không tốn công sức chờ và kiên trì kiến nghị tháo gỡ từ đó đến nay.
Về trường hợp này, ông Lê Tư, Cục Thuế TP Hồ Chí Minh cho rằng, Cục thuế TP cũng đã làm việc với Chi cục Thuế quận Tân Phú, Chi cục Thuế quận 4 và làm việc với cả doanh nghiệp. Tuy nhiên, những vấn đề mà doanh nghiệp chưa rõ thì Cục Thuế TP sẽ cân nhắc, sớm giải quyết trong thời gian tới