Tuy nhiên, thanh tra tài chính xác định, việc ký kết hợp đồng mua, bán điện của một số công ty và EVN còn chưa kịp thời dẫn đến xác định giá bán điện theo giá tạm tính. Có công ty chưa kê khai thuế GTGT theo quy định; việc điều chỉnh hợp đồng chưa thống nhất giữa các công ty; việc điều chỉnh giá mua điện cũng chưa thống nhất đối với tất cả các công ty bán điện cho EVN.
16 công ty được thanh tra có tổng sản lượng điện bán cho EVN năm 2011 chiếm 91,3% tổng sản lượng điện của 30 đơn vị bán cho EVN, đồng thời chiếm 40,45% tổng sản lượng điện mua của EVN năm 2011 và đại diện cho 04 loại hình sản xuất điện (thuỷ điện, nhiệt điện than, nhiệt điện dầu và nhiệt điện khí). Tổng sản lượng điện sản xuất năm 2011 của 16 công ty là gần 32,7 tỷ kWh, đạt 80,84% sản lượng theo công suất tối đa của các Nhà máy. Tổng sản lượng điện bán cho EVN cũng ở mức trên 28,7 tỷ kWh, đạt 91,36% sản lượng theo kế hoạch mua điện của EVN