Với trọng tâm thanh tra bao gồm các loại hình sản phẩm, thực phẩm, kết quả thanh tra đã phát hiện 95.218 cơ sở vi phạm và xử lý 23.887 cơ sở. Trong đó có 6.499 cơ sở bị xử phạt hành chính bằng hình thức phạt tiền và 62 cơ sở bị đình chỉ hoạt động.
Năm 2013, thanh tra Bộ Y tế đã tiếp nhận 120 lượt người với 651 đơn khiếu nại, tố cáo tại Phòng tiếp công dân của Bộ Y tế. Theo đó, nội dung chủ yếu là khiếu nại, tố cáo về lĩnh vực khám chữa bệnh, với 40 vụ việc; khiếu nại, tố cáo về lĩnh vực hành chính là 4 vụ việc và về các lĩnh vực khác là 21 vụ việc…
Năm 2014, Thanh tra Bộ Y tế sẽ tiến hành thanh tra toàn diện các cơ sở y tế hành nghề y, dược ngoài công lập tại 5 thành phố lớn là Hà Nội, Hải Phòng, Đà Nẵng, Tp Hồ Chí Minh và Cần Thơ; tiếp nhận và triển khai hiệu quả đường dây nóng của Bộ Y tế; thanh tra toàn diện công tác bệnh viện tại 3 bệnh viện trực thuộc Bộ Y tế; thanh tra công tác quản lý nhà nước về giá thuốc, đấu thầu thuốc tại sở y tế 4 tỉnh, thành phố...