Kết luận thanh tra chỉ rõ, qua kiểm tra, xem xét nội dung tại 18 dự án trong đó 16 dự án sử dụng đất và 2 dự án khai thác khoáng sản, Thanh tra Chính phủ phát hiện 7 dự án có hạn chế, thiếu sót, vi phạm về công tác quy hoạch như phê duyệt quy hoạch chưa đúng tỷ lệ, chưa điều chỉnh quy hoạch chung, chỉ tiêu quy hoạch chưa phù hợp với quy hoạch cấp trên hoặc quy chuẩn xây dựng. Dự án có quy mô trên 5ha nhưng không lập quy hoạch chi tiết 1/500, không bố trí nhà ở xã hội.
5 dự án gồm: Trung tâm liên hợp du lịch và thể thao sân golf 54 lỗ hồ Yên Thắng; Khu du lịch sinh thái hồ Đồng Thái; Bến xe khách phía đông TP Ninh Bình; Nhà máy chế biến gỗ cao cấp tại xã Xích Thổ, huyện Nho Quan; Khu dân cư Bình Minh, huyện Nho Quan; Khu công nghiệp Gián Khẩu; Khu đô thị mới phía bắc TP Ninh Bình và huyện Hoa Lư.
7 dự án có hạn chế, thiếu sót, vi phạm trong xác định tiền sử dụng đất, thuê đất, chưa xác định bổ sung tiền thuê đất (điều chỉnh quy hoạch chi tiết, tăng diện tích sàn), chậm nộp tiền thuê đất, không điều chỉnh đơn giá thuê đất sau khi hết chu kỳ ổn định 5 năm, miễn giảm tiền thuê đất. Cụ thể gồm các dự án: Trung tâm liên hợp du lịch và thể thao sân golf 54 lỗ hồ Yên Thắng; Trung tâm thương mại dịch vụ Tân An; Chợ đầu mối tổng hợp TP Ninh Bình; 3 cụm công nghiệp (Gia Vân, Gia Phú, Khánh Thượng); Bến xe phía đông TP Ninh Bình.
Thanh tra Chính phủ cũng phát hiện tại 5 dự án (Chợ đầu mối tổng hợp TP Ninh Bình; Khu kinh doanh dịch vụ tổng hợp Hà Thành, Phước Lộc; Nhà hàng và cơ sở sản xuất các sản phẩm phục vụ du lịch, xã Vân Giã, huyện Gia Viễn; Kho xăng dầu Hà Anh; Nhà máy chế biến gỗ cao cấp, xã Xích Thổ, huyện Nho Quan), chủ đầu tư nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất nông nghiệp khi chưa có văn bản cho phép của cơ quan có thẩm quyền. Dự án Bến xe khách phía đông TP Ninh Bình chưa thực hiện chuyển mục đích sử dụng đất đối với một phần diện tích.
Tại Khu công nghiệp Phúc Sơn do Công ty CP - Tổng công ty Đầu tư phát triển Khu công nghiệp Phúc Lộc làm chủ đầu tư, Thanh tra Chính phủ phát hiện UBND tỉnh Ninh Bình chấp thuận chủ trương đầu tư và Ban Quản lý các khu công nghiệp cấp chứng nhận đầu tư cho 4 dự án thương mại, dịch vụ không phù hợp quy hoạch chi tiết, chưa đảm bảo quy định của Luật Xây dựng, Luật Đầu tư. Chủ đầu tư dự án hạ tầng Khu công nghiệp chưa hoàn thành nghĩa vụ tài chính, chưa được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất nhưng đã cho nhà đầu tư thứ cấp thuê đất. Ban Quản lý các khu công nghiệp cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư cho các nhà đầu tư thứ cấp thực hiện 6 dự án trong khu công nghiệp chưa đảm bảo hồ sơ theo yêu cầu. Kết luận thanh tra nêu rõ, Sở Xây dựng tham mưu UBND tỉnh Ninh Bình phê duyệt danh mục dự án sử dụng đất có lựa chọn nhà đầu tư đối với một số dự án đô thị không đúng thẩm quyền, vi phạm Nghị định số 30/2015/NĐ-CP.
Thanh tra Chính phủ yêu cầu rà soát, xử lý đối với những vi phạm nêu trên. UBND tỉnh Ninh Bình tổ chức kiểm điểm làm rõ trách nhiệm và xử lý nghiêm theo thẩm quyền. Ngân hàng Nhà nước (trường hợp cần thiết, phối hợp với các bộ ngành liên quan) kiểm tra, rà soát việc chuyển nhượng, xác định giá chuyển nhượng 66.842.700 cổ phiếu (75% vốn sở hữu) tại Công ty PV-Inconess từ Công ty TNHH MTV quản lý quỹ Vietinbank sang TCG Land liên quan đến Dự án đầu tư xây dựng Khu du lịch sinh thái hồ Đồng Thái và Dự án Trung tâm liên hợp du lịch và thể thao sân golf 54 lỗ Hồ Yên Thắng. Đảm bảo việc xác định giá cổ phiếu và việc chuyển nhượng theo đúng quy định của pháp luật.
Về xử lý kinh tế, Thanh tra chính phủ yêu cầu UBND tỉnh chỉ đạo cơ quan chức năng kiểm tra, rà soát, xử lý theo quy định đối với hơn 246 tỷ đồng bao gồm các nội dung sau: Nợ tiền bảo vệ, phát triển đất trồng lúa của 48 dự án, số tiền 50,795 tỷ đồng; nợ tiền sử dụng đất, thuê đất của 79 dự án, số tiền 194, 19 tỷ đồng.
Họp báo thông tin liên quan đến sai phạm dự án đê biển Tây 
Nhiều sai phạm tại dự án khai thác cao lanh hơn 100.000m3/năm 
