Theo quyết định này thì Đoàn thanh tra do ông Cao Trường Sơn, thanh tra viên chính, Trưởng phòng Thanh tra Bộ làm Trưởng đoàn cùng 6 thành viên khác có trách nhiệm thanh tra hoạt động quản lý tại Tổng Công ty Thủy sản Việt Nam - TNHH MTV và một số đơn vị thành viên, đơn vị trực thuộc. Thời hạn thanh tra là 30 ngày, giao Chánh thanh tra Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tổ chức giám sát Đoàn thanh tra theo quy chế giám sát, kiểm tra hoạt động Đoàn thanh tra ban hành kèm theo Quyết định số 2861/2008/QĐ-TTCP ngày 22/12/2008 của Tổng Thanh tra Chính phủ.
Về nội dung thanh tra là xét từ Báo cáo số 291-BC/ĐU ngày 25/9/2012 của Đảng ủy Tổng Công ty Thủy sản Việt
Hậu quả dẫn đến việc Công ty cổ phần Aquafeed Cửu Long nợ Công ty cổ phần Công nghiệp Thủy sản 113 tỷ đồng (gồm nợ gốc và lãi suất) không có khả năng chi trả. Vì hiện tại Công ty cổ phần Aquafeed Cửu Long đang lâm vào tình trạng rất khó khăn, đã ngưng hoạt động gần một năm nay và đang chờ làm thủ tục giải thể.
Theo sổ sách kế toán thì đến cuối năm 2011 thì tổng số nợ phải thu của Aquafeed là hơn 135 tỷ đồng nhưng tổng số nợ phải trả lên đến gần 250 tỷ đồng. Tuy nhiên đây mới chỉ là phần xác định được vì số lượng nguyên liệu, chứng từ nhập kho, xuất kho và việc thanh toán tiền như thế nào trong 4 năm mua bán nguyên liệu giữa Công ty cổ phần Công nghiệp Thủy sản với Công ty cổ phần Biển Tây và Công ty cổ phần Aquafeed Cửu Long với tổng số tiền lên đến 800 tỷ đồng còn chưa được làm rõ. Cuối cùng là việc Tổng Công ty Hải sản Biển Đông cho Công ty cổ phần Công nghiệp Thủy sản vay 21 tỷ đồng trước khi hợp nhất, thủ tục cho vay chưa đầy đủ và không hợp pháp. Khoản nợ này hiện tại cũng không có khả năng thu hồi vì tình hình tài chính của Công ty cổ phần Công nghiệp Thủy sản đang trong giai đoạn hết sức khó khăn. Tổng số nợ mà công ty này đang gánh là khoảng trên 140 tỷ đồng nhưng khoản nợ phải thu chỉ có 137 tỷ đồng mà hầu hết là nợ khó đòi.
Bên cạnh đó, thời gian vừa qua, hàng chục cán bộ, công nhân viên Công ty cổ phần Công nghiệp Thủy sản (Seameco) đồng loạt ký vào đơn cầu cứu gửi Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về việc cứu nguy cho công ty này trong giai đoạn hiện nay.
Theo nội dung đơn cho biết, trước khi cổ phần hóa vào năm 2007, Seameco từng là đơn vị nòng cốt của Trung tâm cơ khí của ngành Thủy sản khu vực phía Nam, được ghi nhận trong chiến lược cơ khí của ngành Thủy sản đã được Nhà nước phê duyệt. Đây là đơn vị có năng lực đóng sửa tàu nhỏ hàng đầu trong nước, đặc biệt là tàu đánh bắt cá. Thế nhưng chưa đầy 3 năm kể từ khi cổ phần hóa Seameco rơi vào khủng hoảng, nợ chồng chất, lời giả lỗ thật. Nguyên nhân, theo tập thể đảng viên và cán bộ công nhân viên ở đây là do họ đã “cả nể”, cả tin, mất cảnh giác đã không phát hiện ra sự thao túng của một nhóm lợi ích cá nhân đã đẩy Seameco đến chỗ tan rã. Trong đó “nhân vật chính” là ông Nguyễn Hữu Lộc trong thời gian còn làm Chủ tịch HĐQT Tổng Công ty Hải sản Biển Đông và Công ty cổ phần Công nghiệp Thủy sản
