Theo đó, Ban Chỉ đạo Chương trình EMCC gồm 11 thành viên do Phó thủ tướng Vũ Văn Ninh làm Trưởng Ban Chỉ đạo.
Các nhiệm vụ chính của Ban Chỉ đạo là: giúp Thủ tướng chuẩn bị và triển khai thực hiện Chương trình EMCC. Chỉ đạo các Bộ, ngành và các cơ quan hữu quan nghiên cứu, đề xuất nội dung của những hành động chính sách đưa vào Chương trình EMCC phù hợp với Kế hoạch Phát triển KT - XH của đất nước trong từng thời kỳ; xây dựng và thực hiện kế hoạch triển khai cụ thể nhằm bảo đảm hoàn thành các hành động chính sách trong Chương trình EMCC; thảo luận và thống nhất với Ngân hàng Thế giới và các nhà tài trợ về các nội dung có liên quan, các biện pháp giải quyết trong quá trình xây dựng và triển khai thực hiện.
Ban Chỉ đạo trình Thủ tướng phê duyệt Khung Chính sách của Chương trình EMCC phù hợp với mục tiêu của Chương trình EMCC theo từng năm và phù hợp với Kế hoạch Phát triển kinh tế - xã hội của đất nước trong từng thời kỳ. Ban Chỉ đạo chỉ đạo công tác phối hợp giữa các Bộ, ngành và các cơ quan hữu quan trong quá trình xây dựng và thực hiện Chương trình; chỉ đạo công tác điều phối giữa các nhà tài trợ trong việc hỗ trợ thực hiện các mục tiêu và trọng tâm của Chương trình EMCC…
Ban Chỉ đạo Chương trình EMCC làm việc theo chế độ kiêm nhiệm. Cơ quan thường trực của Ban Chỉ đạo là Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, chịu trách nhiệm đảm bảo các điều kiện hoạt động của Ban Chỉ đạo và có quyền sử dụng bộ máy của mình để tổ chức thực hiện nhiệm vụ được giao.
Trong Quyết định cũng nêu rõ việc phân công công tác và nhiệm vụ cụ thể cho các thành viên Ban Chỉ đạo Chương trình EMCC. Giúp việc cho Ban Chỉ đạo Chương trình EMCC có Tổ công tác kỹ thuật Chương trình EMCC do Vụ trưởng Vụ Hợp tác Quốc tế, Ngân hàng Nhà nước Việt