Tổng cộng, công tác chống thất thu qua giá và kiểm tra sau thông quan trong năm 2010 của Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh đã thu về 310 tỷ đồng cho ngân sách và phát hiện 3.600 vụ vi phạm, gian lận thương mại.
Để quản lý khoản tiền hoàn thuế hằng năm cho DN tăng mạnh khi chỉ trong vòng 5 năm trở lại đây, số tiền chi trả hồ sơ đề nghị hoàn thuế hằng năm đã tăng gấp gần 3 lần. Cụ thể, ngành Thuế đã thực hiện hoàn thuế cho khoảng 90.000 hồ sơ hoàn thuế của DN với tổng số tiền lên tới 143.000 tỷ đồng. Đây là khoản chi rất lớn, vì vậy ngoài việc thực hiện thủ tục nhanh chóng để tạo điều kiện cho DN sớm đưa vốn vào quay vòng, vượt qua tình hình khó khăn hiện nay, ngành Thuế cũng đẩy mạnh quản lý với lĩnh vực này. Nếu các DN khai báo lỗ vượt quá số vốn điều lệ sẽ bị kiểm tra ngay khi có quyết định hoàn thuế.
Những DN nào không giải trình được vướng mắc trong hồ sơ, hồ sơ hoàn thuế sẽ được chuyển qua diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau. Trường hợp xác định có dấu hiệu vi phạm về thuế, hồ sơ sẽ bị ngưng giải quyết cho tới khi có kết luận thanh tra…
Đặc biệt, những DN đề nghị hoàn thuế có hoạt động mua bán với công ty mẹ, công ty liên kết không theo giá thị trường, cơ quan thuế sẽ tập trung làm rõ căn cứ xác định giá thị trường, lấy đó làm cơ sở để xác định số thuế VAT đầu ra, đầu vào được khấu trừ rồi mới được hoàn thuế